可能是由於這個階段過於順利，使得美國海軍上下被勝利衝昏了頭腦，於是在全麵海戰中，美國海軍沒有了開戰初期那種兢兢業業的態度，整個作戰計劃製定出現倉促，以及漏洞百出，並且對下層軍官的反對意見置若罔聞。而
雖然在作戰中，兩艘遠東海軍航空母艦被美軍擊沉，可實際上，隻有一艘遠東航空母艦被擊沉，另一艘受了輕傷，所以這艘被美軍宣稱擊沉的航空母艦，又從海底浮了上來，參加了下一階段的海上戰役，打了美國海軍一個措手不及。
第二情報戰的全麵失敗，在二十世紀的戰爭中，情報戰和信息戰已經成為製約戰爭勝利的主要因素之一，在這次海戰中美軍首先取勝的王牌就是事先破譯了遠東海軍的部分密碼，可是在戰役爆發的後期，美軍就沒有全麵了解遠東海軍的具體作戰計劃和作戰部署。
第三美軍在作戰計劃上的錯誤，首先，美軍犯了分散兵力的錯誤，這次海戰雙方的艦隻很多，所以就不應該分開，可是美軍最後卻被分為相互不能直接支援的六支艦隊，將2艘主力航空母艦用於遙遠的北方海域，使得在中途島方向主要靠美軍第十七艦隊的4艘航空母艦，這4艘航空母艦上一共有艦載機467架，可以說美國集中了自己的全部力量，而遠東海軍全部可用於中途島方向的飛機達到1235架，在數量上反而占了優勢。
而這個任務存在根本的矛盾，要知道在首次進攻中途島以後，那裏對遠東海軍來說就是雞肋，再繼續發起大規模的進攻意義不大，而美軍卻還在防禦遠東海軍空襲中途島，並且為登臨作戰做火力準備，這就嚴格限製美軍艦隊的行動自由。
另一個任務就是確是與遠東艦隊接觸並殲滅的計劃，這一點事要求美軍艦隊根據情況，采取完全的機動行事，由於沒有指明哪個優先，使得美軍艦隊最後無所適從，被迫在兩個波次的飛機上，裝載了完成不同任務的彈藥，後來因為更換彈藥延誤了作戰時機，延誤了最好的戰機，並且遭受了滅頂之災。
不過值得讚賞的是，美國海軍的作戰觀念的十分領先，美國艦隊在對珍珠港進攻時，雖然擊沉了遠東海軍很多主力戰列艦，反而使得他們放開了手腳，建立了以航空母艦為核心的特混艦隊，其他艦隻都圍繞保護美軍航空母艦，而遠東海軍雖然之後運用艦載機取得了中途島空襲的勝利，可美國海軍中大炮巨艦政策的擁護者還大有人在。
最後一點就是雙方在軍事科學技術和工業經濟實力的差異，美軍在科學技術上落後於遠東，第一個明顯的證明就是雷達技術的應用，當時遠東海軍艦隊的主力戰艦都已經裝備了雷達，在美軍機群沒有到來的時候，就發現並預先做好戰鬥準備，而美國艦隊沒有裝備雷達，所有警戒全靠觀察員的目測。