與樞密院同時成立的則是大明皇家陸軍軍校，主要分為炮兵工兵步兵和參謀四科，這種軍校算是樞密院的下屬部門。
實際上樞密院的改革是與軍校分不開的，新式的火藥和大倍徑長身管讓現在炮兵的射程已經超過了直瞄可以觀測的極限，必須要使用精確的測量儀器才能夠使用，原本想佛朗機炮、虎蹲炮那樣放於陣前直接開炮的方式已經沒辦法使用新式的遠射程火炮，而新式的武器、新的鋼筋混凝土材料以及新的作戰戰術，也催生著新式的軍事建築，工兵科也應運而生。
若是沒有軍校培養出的大批人才，樞密院的改革也就無從談起，而原本五軍都督府的左右都督、都督同知、都督僉事這樣的一二品的大員，也被朱由崧扔進了軍校，讓北海的那些軍官對他們進行現代新式戰術的學習。
明朝雖然政策強硬，實際上仍然是襲承了宋朝以文統武的政策，五軍都督府原本為樞密院，後來改名為大都督府，再後來卻被一分為五，由原本的“中樞機構”變成了處處受製於兵部的單純執行命令的機構，就連五軍都督府的都督官銜，此時也成了虛銜，而且人事任命都需要經過吏部認可。
此時朱由崧的軍校卻讓樞密院人才方麵不在受製於吏部，有了自己培養人才的機製，不過軍校對於那些武將來說，卻不是一件受歡迎的東西，在他們看來，軍校不過是那些北海係的人，搶奪他們權力的一種手段。
樞密院有了這些人從中阻撓讓樞密院的改製陷入了停滯當中，對此朱由崧也不得不親自予以關注。
“究竟是那些人在鬧？”
現在人總參謀部參謀長的張風府說道：“是右軍都督府右都督李如柏為首的一些人，他鬧得最凶，其他人不過是隨著起哄！”
原本朱由崧屬意的總參謀長是邵傑，不過因為邵傑跟李三才曾經有一段時間的合作，讓他出任總參謀長，必然會讓現在朝中日趨緩和的局勢，再次惡化，因此朱由崧不得不選擇了張風府，在謀略方麵，張風府自然也是及優秀的，不過在處理一些事物上麵，張風府還是不如邵傑圓滑。
朱由崧道：“李如柏？”
對於李如柏，朱由崧並不陌生，薩爾滸之戰當中，其他三路具全軍覆滅，而他卻僅僅喪師幾千，能夠全身而退的李家名將，日後自裁身亡的那個家夥。李如柏是李成梁的二子，李成梁長子李如鬆早逝，他就成了李家乃至整個遼東軍閥的代言人，遼東邊軍在李成梁的帶領之下，雖然開創了一時的輝煌，也開創了克扣兵餉豢養精銳家丁的政策，然後九邊各軍有樣學樣，造成了邊軍的糜爛和軍閥化。
李如柏鬧事，朱由崧並不奇怪，在李成梁時代，遼東已經形成了一個“養賊自重”的軍閥團體，遼東幾乎成了他們李家的私人王國，李成梁去世之後，朝廷雖然進行了一係列的改製，讓遼東重歸朝廷治下，不過對於遼東軍隊他們仍然沒有任何動作，或者說那些根本不懂軍事的文人意識不到遼東軍隊軍閥性質的變化。
這次改製，朱由崧設立的總後勤部和軍需官製度，直接切斷了高級軍官克扣軍餉的渠道，這就等於摧毀了豢養家丁的“李成梁模式”的基礎，遼東軍隊他們會同意才怪！
朱由崧冷笑道：“既然反對，就讓方大人和趙南星趙大人罷免他！”
張風府說道：“王爺，這樣做會不會激化與遼東邊軍之間的矛盾？”
朱由崧冷笑道：“放心，就算是激化了矛盾，他們還敢來進攻京師不成？”
“這倒不會，隻是對朝廷掌控遼東不利啊！”張風府憂心忡忡地說道：“現在北海的農具正在普及，大量佃戶失去了土地，北海如今已經有二百萬人，土地已經日趨飽和，若是沒有新的移民地點，恐怕回生亂子，遼東地廣人稀，土地肥沃，是最好的移民地點，若是沒辦法掌控遼東，那麼怎麼安置大量的移民？”
朱由崧點了點頭，說道：“你看得很遠，不過就算是我們結好遼東邊軍，遼東的事情也沒那麼簡單，李成梁的義子奴兒哈赤，如今已經快要統一建州女真，而這些年來，李成梁的去世和朝廷的爭鬥，卻給了家夥發展壯大的機會，遼東的事情最後還是要動武解決，此時沒必要對李如柏客氣！”
在朱由崧的授意之下，很快樞密院就向內閣和吏部提交了罷免李如柏的建議，對於樞密院的“建議”，內閣方麵早有準備，誰都知道，若想改革不罷免幾個礙手礙腳的家夥，還那叫什麼改革？