異次元空間開啟了，從裏麵走出來了一個黑影，忽然，它快速飛向天邊黑洞，一頭鑽了進去。
反轉世界裏，帕魯奇亞正和帝牙盧卡扭做一團，破壞死光滿天飛舞，這時，那黑影飛出，一瞬間，兩隻精靈倒下了。黑洞裏又飛出一隻貓形精靈，這就是夢幻，它飛到黑影麵前，叫了幾聲，隻見黑影說到：“他來了嗎？想不到千年彗星，這麼快就到了。天洛，這個世界能否存活，就靠你了。千年前的事，你還怪我嗎？”夢幻點了點頭，黑影又說到：“夢幻，走吧，記得把帕魯奇亞和帝牙盧卡帶走。”說完，黑影就飛走了，夢幻連忙跟了上去。
時空倒流一千年前，神殿中，創世神阿爾宙斯正和天洛聊天，“黑暗之魂快複活了，需要光明之力才能再次封印它。”阿爾宙斯對天洛說。“既然這樣，那就封印它唄”天洛回答道。“可是，現在隻有你才能封印它”阿爾宙斯緊張地望著天洛，生怕他不同意。天洛點了點頭，離開了。阿爾宙斯默默地自言自語：“天洛，對不起了，雖然我們是朋友，但為了神奇寶貝世界，我也沒有辦法了”
黑暗之魂即將衝破封印，阿爾宙斯和天洛來準備封印它，天洛用光明之力擋住了黑暗之力，這時，黑暗之魂說道：“天洛，你封印了我，你也會死的”天洛驚奇地看向阿爾宙斯，阿爾宙斯正為難到看著他，對他說：“對不起了”然後用幻術強行把他大了進去。天洛狠狠地說“阿爾宙斯，你竟然騙我！”然後消失在黑暗之輪中。阿爾宙斯說：“一千年後，你將回來，再次來到這個世界。”
現在，一千年到了，天洛重現，將再次開始他的旅途。