高盧戰爭獲得的巨大聲望，讓人在羅馬的龐培感到不安。再加上西元前53年，東征帕提亞的克拉蘇戰敗身亡，三頭政治不穩，元老院順勢拉攏龐培。前49年，元老院向凱撒發出召還命令，命令凱撒回羅馬，凱撒回信表示希望延長高盧總督任期，元老院不但拒絕，還發出元老院最終勸告，表示凱撒如果不立刻回羅馬，將宣布凱撒為國敵。
凱撒帶軍團到國境線盧比孔河(rubicon)。羅馬法律規定，任何指揮官皆不可帶著軍隊渡過盧比孔河，否則就是背叛羅馬。凱撒思索半天之後，講出一句名言，“渡河之後，將是人世間的悲劇；不渡河，則是我自身的毀滅。”於是，他帶著軍團渡過盧比孔河。凱撒的舉動震動龐培以及元老院共和派議員，他們沒想到凱撒竟然如此大膽，急忙帶著家當逃離意大利半島。於是，凱撒不流血進入羅馬城，要求剩餘的元老院議員選舉他為獨裁官。
接著，他征討西班牙、希臘，在公元前48年的法爾薩拉斯(pharsalus)會戰中徹底擊敗龐培，並追擊龐培到埃及。埃及人為了討好凱撒，讓他支持現任國王托勒密十三世，刺殺龐培之後，將龐培的人頭獻給凱撒。然而，凱撒卻宣布埃及王位由托勒密十三世與他的姐姐克利奧佩脫拉(cleopatra，即埃及豔後)共享。此舉惹惱埃及人，爆發亞曆山大戰役。凱撒帶領的第六軍團艱苦抵抗埃及軍，再加上援軍到達，徹底擊敗埃及軍，托勒密十三世陣亡，克利奧佩脫拉登上埃及王位。遺憾的是，在會戰期間，凱撒士兵所發射的火箭命中亞曆山大城的大圖書館，六十多萬本書毀於一旦。在亞曆山大戰役結束後，凱撒與克利奧佩脫拉進行一次為期兩個月的尼羅河之旅，接著征討破壞與羅馬之間協約的潘特斯王國，勝利之後，他給元老院寫一封信，裏麵隻有三個字，“veni，vidi，vici(我來、我見、我征服)。”
前46年，凱撒回羅馬之後，再次召集軍隊，攻打逃至北非與努米底亞王猶巴結成同盟的龐培餘黨，於塔爾索斯會戰中獲得完全勝利。之後，凱撒回到羅馬，進行長達十天的凱旋式。