除了各國忍村之外，這次事件受到影響最大的便是根部，木葉普通村民對這個部門不是很了解，但是由於火影輔佐團藏在木葉政壇的活躍，絕大多數忍者都知道這個部門的職責。
如今剛剛被繩樹執掌三個月的暗部發現了各國針對木葉的陰謀，並一舉將潛入的間諜一網打盡，而被團藏高調宣稱一直在不為人知的地下默默守護著木葉的根部卻沒有任何作為，甚至讓大量間諜潛入並大搖大擺地建立情報網絡而不自知。兩相對比之下，根部看上去就像隻會打嘴炮一樣，知情人士紛紛調侃，稱根部潛伏得實在是太深，以至於自己都看不見地麵上的情況了。
聽到這些議論之後，團藏深感恥辱，卻無法反駁，這幾年他將大多數精力都用在擴張與培養根部成員之上，以至於對木葉內部的監視工作有些疏忽。
之前各國使團集聚木葉談判期間，團藏正在一門心思地蘊釀他的全麵戰爭計劃，更是命令根部大量人員在村內散播輿論，所以並沒有插手對各國使團的監視，而是將這種沒有油水可撈的苦活累活交給了暗部。
如果讓他發現談判期間各國使團曾經在木葉內與間諜取得聯係，一定會趁機發難強行將各國使團捕捉，這樣一來合談計劃就會徹底破裂，整個木葉都會被他強行綁上戰車，他的戰爭計劃就一定可以順利進行了。
在得知整件事的真相之後，團藏為自己錯失良機感到懊惱不已，同時將對他隱瞞一切的三代與繩樹給恨上了。
可是他知道這種暗地裏的交鋒是不能挑明的，就像他之前散播言論，試圖利用輿論來綁架繩樹與木葉一樣，隻要沒有越過底線，雙方就不會撕破臉，將事情放在台麵上。
與團藏完全相反的是，三代火影現在的心情非常好，對於繩樹策劃的這次行動也非常滿意，不僅將隱藏的危機盡數解決，而且沒有造成任何傷亡事故，最重要的是群眾輿論一片叫好。
暗部是屬於火影的嫡係力量，由於部門性質的特殊性，所有一切信息都會進行保密，不管獲得了多大的功勞做出了多大的犧牲，都不會有人知道。
對於這些默默付出的無名英雄，三代火影一直心懷愧疚。
而這次任務由於情況特殊，無法做到完全保密，使得整個暗部半公開式地出現在群眾的麵前，雖然身份依舊沒有開公無法獲得個人榮譽，但是整個暗部在木葉的形象已經發生了巨大的改變。
經過這次事件之後，暗部依然保持著神秘，但是卻不像原來一樣讓人恐懼排斥，而是能如同其他忍者一樣受到群眾的尊重與愛戴，如今這份神秘想反而使暗部多了一種別樣的魅力，引得眾人探究議論甚至崇敬。
而這一切都是繩樹帶來的，他以天行者的個人魅力，給暗部打上了獨特的烙印，雖然具體形象任然模糊不清，但是整體印象卻是積極向上的。
所以這次“除蟲”行動之後，三代火影已經徹底肯定了繩樹的領導能力，決定不再過問插手暗部的任何具體事務，徹底將整個暗部都交給繩樹全權處理，而他本人隻需要與繩樹溝通便可。