戰國時期，各個忍者族群僅僅受雇於人，沒有固定的組織、國家。當時的忍者為了存活，甚至連姓氏都不能隨便透露。忍者和平民的平均壽命隻有三十歲左右，導致平均壽命大副下降的重要原因之一是：連幼小的孩童也要上戰場，而大量的孩子就這麼輕易地死在了戰場上。
當時，最為強大的兩個族群——森之千手一族和團扇宇智波一族，曆史的淵源賦予了兩大種族無法擺脫的宿命，兩大族群無休止地交戰著。長久的戰爭，使兩大族群疲憊不堪。作為兩大家族的成員，宇智波一族族長之子——宇智波斑同千手一族族長之子——千手柱間就這樣因緣巧合的相遇了。殘酷的戰爭，給世界，也給這兩個宿命的家族帶來了巨大的創傷，斑有四個兄弟戰死，柱間的兩個兄弟也因戰爭夭折。
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一次偶然的相遇，兩個並未透露出自己姓氏的少年，兩個對戰爭同樣厭惡但卻不得不站在對立麵的年輕忍者，通過一次簡單的對話，開始了兩人糾葛的交集。當時的兩人，擁有著同樣的理想，但對於理想卻有著不同的理解，二人經常站在河的對岸，交換著自己的想法，千手柱間提出用簽署協議和設立同盟的方法來結束戰爭，宇智波斑認為和平需要堅持自己的意誌和足夠的力量，否則一切都行不通，於是整日和柱間修煉和談論關於未來的話題。
兩人通過打水漂、爬山、對練、嬉戲的方式逐漸建立起了深厚的友誼，二人的羈絆隨著時間的流逝不斷加深，兩個孩子甚至談論著將來建立村子的話題。
但這一情況終究被雙方的父親發現，千手柱間接到從斑身上獲取宇智波一族情報的任務，對應的，宇智波斑也接到相同的任務，兩人都不願意執行這樣的任務，在會麵時各自在石頭刻上字，隔著河互打水漂暗示對方撤離。但埋伏著的雙方父親、兄弟（千手一方是父輩千手佛間和弟弟千手扉間，而宇智波一方是父輩宇智波田島和弟弟宇智波泉奈）都不肯罷手，在幾乎同一時間向對手發起了進攻。
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斑與柱間不得不走向對立麵，斑也不得不斬斷和柱間的羈絆，雙眼開啟了單勾玉寫輪眼，兩個曾經在一起討論著未來的人，就此走上了完全對立的方向。從那以後，兩人日複一日年複一年不停地在戰鬥，不知不覺間，二人都成為各自族群的首領，每次交手後兩人的實力都幾乎不相伯仲。
後來在一次戰鬥中，千手扉間使用“飛雷神斬”重傷了宇智波泉奈，導致宇智波泉奈傷重不治。臨死前，泉奈將自己的雙眼獻給了哥哥，讓斑繼承自己的力量守護宇智波，而斑也因此意外地開啟了永恒萬花筒寫輪眼。
戰爭的天平漸漸地傾向於千手一族，形勢慢慢變得對宇智波一族不利，越來越多的族人選擇了屈服，但是身為族長的斑還是堅持抵抗到底。為了守護對弟弟的承諾，宇智波斑決定拚死一搏，單槍匹馬對千手柱間發起了挑戰。經過一天一夜的漫長爭鬥，斑第一次倒下了，柱間提出兩大族群就此停手，共同建立忍者村以換取和平的想法，但斑要求柱間必須選擇自殺或者殺死其弟扉間，才能相信他們。情誼深重的柱間毅然選擇自殺，並告誡其弟扉間要以維護和平為大任，斑被柱間的誠意打動，阻止了柱間自盡，兩大族群就此罷鬥，曾經戰鬥了無數次的千手和宇智波終於首次結成了同盟。