隨後二人展開對決。水門懷疑“麵具男”可能是當年與初代火影交戰過的宇智波斑，而且是個極其危險的人物，必須阻止他。在經過兩個回合的交手後，水門分析出對手忍術的弱點並製定出克敵之策，使用飛雷神二段並以螺旋丸重創“麵具男”，並在“麵具男”身上留下了飛雷神術式。隨後水門使用契約封印解除了“麵具男”對九尾的控製，“麵具男”受傷逃走。
……
此時九尾仍然襲擊木葉，水門以飛雷神之術將自己和九尾帶離木葉村，同時將玖辛奈和鳴人帶至現場。水門認為“麵具男”將來一定會給忍界帶來腥風血雨，為了阻止他，水門決定讓鳴人成為九尾人柱力。水門將九尾的陰屬性查克拉以屍鬼封盡和自己一同封印入死神體內，陽屬性查克拉則以八卦封印封印到剛出生的鳴人體內，同時把自己和玖辛奈殘餘的查克拉一同封印入鳴人體內。在對鳴人留下最後的話語後，水門和玖辛奈便雙雙去世。
佩恩之戰的時候，被仇恨驅使的鳴人即將撕下對九尾的封印，這時水門出現在鳴人的意識空間，並告訴了鳴人自己便是鳴人父親。鳴人向水門訴說這些年的辛酸，而水門隻能對鳴人懷著歉意：“想以父親的身份道歉也不夠資格吧。”此後，水門將其讓鳴人成為九尾人柱力的原因以及十六年前“麵具男”控製九尾襲擊木葉的真相告訴了鳴人，並解除了鳴人對於忍界和平的疑惑，指引鳴人要自己去尋找答案。水門修複封印後，因查克拉用盡而消失。
第四次忍界大戰期間，佐助為了知曉宇智波一族的真相而把大蛇丸複活，並要求大蛇丸複活曆代火影。大蛇丸利用“屍鬼封盡·解”打開了屍鬼封盡，然後使四位火影以穢土轉生的方式複活。佐助自初代火影那裏得到了他想要的答案，決定守護木葉，於是和四位火影一同奔赴戰場。
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在最後的戰場，水門終於與兒子鳴人再會，與曆代火影並肩作戰對付十尾，期間發現了“麵具男”竟然就是帶土的事實。帶土在那之後便成為十尾人柱力，水門麵對這樣的帶土而陷入苦戰，由於陰陽遁術的緣故而失去右臂，於是和鳴人聯手與帶土對抗。在戰鬥中，水門兩次使用飛雷神拯救了忍者聯軍，避免了全軍覆沒。
之後鳴人在尾獸拔河中勝了帶土，帶土因而失去六道仙人的力量。卡卡西打算親手了結帶土，水門見狀上前加以製止，並指出卡卡西沒有及時從內心深處救贖帶土的錯誤。而帶土隨即遭到黑絕附身，與水門、卡卡西對峙；此時我愛羅和小櫻將因九尾被抽離而瀕死的鳴人送到水門之處，水門為了拯救鳴人的性命打算將自身的九尾陰查克拉傳輸給鳴人，卻遭到黑絕的阻撓，九尾也被黑絕奪取。隨後趕到的宇智波斑打算勸誘帶土重返自己一方，水門為阻止斑而進入仙人模式發動攻擊，但卻反而被斑切斷左臂。失去雙臂的水門難以再戰，不過仍然在一旁支援卡卡西以及隨後趕來的邁特凱的戰鬥，並在阿凱以八門遁甲之陣與斑進行殊死搏鬥之時與在場眾人製定戰術進行援護，更以飛雷神之術舍身替阿凱轉移斑的陰陽遁術攻擊，以使阿凱的攻擊奏效。