隨著他們三人對程序的逐步簡化，摩爾斯也完成了能夠讀取自己名字的編碼，取代了點劃傳輸文字數字編碼的方式，他開發了按字母表順序逐個點劃譯碼的方法。摩爾斯考慮到常用字的出現頻率，認為最常見的字應費去最少的傳輸時間。1838年1月24日，摩爾斯成功地在自己學校通過兩根5英裏長的電線傳送電碼。2月份，他把設備打包帶到費城，向費城富蘭克林學院科學委員會展示，該學院在評估新發明的工作上長期扮演著重要的角色。他們被打動了。展示的下一站是華盛頓，按當地報紙的說法，伴隨“電閃雷鳴般的敲擊聲”，首都掀起了電報機風暴。大家都爭相觀看這個新的奇跡，包括馬丁·範·布倫（Martin Van Buren）總統和他的內閣成員、國會議員、外交官以及大學生們。
考慮到電報機帶來的經濟效用受到人們的熱烈歡迎，1836年，國會通過表決簽署了某些國家發展規劃的準則，這一讓所有人都感到激動的發明結局對於摩爾斯則是無情的打擊。眾議院商業委員會主席弗朗西斯·史密斯（Francis O.J.Smith）對時政突然變得熱心起來，他提議撥款30000美元製造可以在50英裏遠的距離內使用的電報機。這並沒有得到什麼響應，因為當時經濟太蕭條了，而且一些國會議員阻止在這個當口審議這樣的事情。
史密斯恩賜式的鼓勵變得難以琢磨。史密斯是個好獻殷勤的年僅32歲的年輕律師，因其表裏不一，人稱“朦朧”史密斯。他在合夥人中私下占有1/4的股份（現在股份構成是摩爾斯9、史密斯4、維爾2、戈爾1），而且不肯宣布他持有的貨幣股份。在沒有對該項投資進行表決的情況下，史密斯出錢讓摩爾斯同自己一道去歐洲尋求投資，並在美國的推廣應用遲遲沒有結果（在1840年得以批準）的情況下尋求專利權的保護。在旅途中，摩爾斯遇見了另一位畫家出身的發明家路易斯·達蓋爾，他也在為自己的發明得到認可而努力，其發明成果是“達蓋爾銀版照相製版法”。由於不屬於法國授予專利權範圍，這趟旅行對推動電報機的改進毫無成果。不過由此也證實了史密斯是一個狡猾得讓人唾罵的合夥人。
摩爾斯對攝影技術的態度同他對純科學的追求如出一轍——在發現中獲得喜悅，並從中得到自己想要的東西。盡管他沒有興趣在神秘的感光乳劑和相紙上浪費時間，也沒有去揭開照相化學神秘的麵紗，可是他推動了攝影技術在美國的發展。回國後，他有了一架專為其製造的照相機，能運用銀版照相法拍攝相片，並同約翰·德雷珀（John Draper）教授一起開了一間照相室，還培訓了大約20名學生學習這種新的拍攝方法，其中有年輕的馬修·布雷迪。有人認為這門技術的應用會破壞繪畫藝術，他沒時間反駁這種說法。“藝術將會因這一發現而得到極大地豐富。”他寫道。憑借自身力量記錄著最微小細節的大自然“畫筆”，將會讓那些懶散畫家的塗鴉之作蒙羞，也會豐富藝術家的想象空間。同樣，他對電報機的主要貢獻在於，他有善於運用自己尚未完全明白的科學知識的能力。
在返回紐約的途中，摩爾斯在攝影術中發現了一些讓他稍感欣慰的東西，然而他此後進入了一個艱難的時期，沒有人提供資金來支持他的後續發明。摩爾斯不願意違背他的意願而去借錢搞發明，他寧可挨餓也不願舉債，他再一次孤獨地待在自己的攝影工作室裏。他再也無力為維爾發薪水，而維爾的家族企業也已陷入困境，戈爾隻得找了一份新的工作。如果當時已經知道將會過上5年漫長、貧困而失意的日子，或許勇敢的摩爾斯就不會堅持下去，然而靠著對上帝的信念，他一天天支撐了下來。雖然因焦慮而病倒了，但摩爾斯一直堅定地改進他的信號發送裝置，他還宣布信號能夠在水下傳輸。
摩爾斯認為自己並不是世界上第一個證明這個說法的人，但是對一個51歲還吃不飽的人來說，以他自己的方式來證明這個事實確實是一種成就。在10月的一天，他和一名助手一起劃船橫渡從紐約市區巴特裏到總督島的一大段距離，拉了一條兩英裏長的塗抹了瀝青、柏油和橡膠的電線。這花費了他們一整天的時間，到摩爾斯向市區發回清晰信號時已經到了晚上。即便如此，不幸還是隨之而來。第二天公開演示時，他發送並接收了一些文字，但停在港口的一條船的錨鉤住了電線，他不得不放棄演示，忍受眾人的嘲笑。
5年來，讓摩爾斯堅持不懈的是來自約瑟夫·亨利的鼓勵。摩爾斯曾問亨利，是否可以說自己“像一個初學者”。1839年5月的一天，他同這個了不起的風雲人物在普林斯頓一起度過了一個下午和夜晚，然後按亨利的意見改進他的電路和繼電裝置。1842年，當國會重新開始考慮電報機議案的時候，摩爾斯備好他的電線和電池去了華盛頓，同時還帶去了亨利的一封信，信上證明，摩爾斯的係統勝過由查爾斯·惠特斯通（Charles Wheatstone）和威廉·福瑟吉爾·庫克（William Fothergill Cooke）在英國取得專利的雙針式電報機。亨利告訴所有人，摩爾斯的機器是“我曾見過的最漂亮、最靈敏的儀器”。