就在人類逐漸走向勝利的過程中，人開始憧憬美好的未來，社會的重心逐漸轉向棲息地的重建和人類的複蘇，原本因為繆弗特入侵的壓力而強行擰成一股繩的人類漸漸有了分歧，內部矛盾也開始一點點的加劇，派係鬥爭戰後劃分社會問題等等各方麵問題都讓人類迷失了原來的自己。
雖然戰勝了繆弗特，但是戰後的政府也逐漸淪為了政客們的舞台，他們巧舌如簧，拉幫結派，一些原本有崇高理想的仁人誌士被他們有意的邊緣化，迫於無奈，也繼而對政府的失望，很多人選擇隱退，這更加加劇了政府的墮落。
也在此時，本源教會換上了新的麵孔華麗登場，聖德賽斯教團四處遊走並且收攏那些短時間內因失去目標而不知所措的民眾，他們打著“博愛友善，人類至上”的幌子，明麵上進行各種慈善和救濟活動，暗地裏卻挑動爭鬥，滲透政府的領導高層，影響政府決策，使人類生活的政治環境日益惡化。
為了遠離政治上的鬥爭，也為了緩解人類戰後嬰兒潮導致的人口壓力，更為了重建和擴展新的人類生存區，很多團體和個人決定離開諾亞控製下的安全區，走進被戰爭折磨的千瘡百孔的廢墟。
那是一段用生命譜寫的人類複興之歌。
終於捷報傳來，第一個城市重建起來了，隨後，越來越多的人類城市獲得了重建。更多的人決定離開生活了幾十年的家園，從那裏走進遍布危機的荒野，移居到新建立的人類城市。
新曆16年，這是一個載入人類史冊的日子，因為這一年人類沒有被一百多年的末日戰爭壓垮，卻被自己的同胞弄得分崩離析。
就在這一年裏，聖德賽斯教團將原本諾亞控製下的人類生活區內所有的政敵都清理幹淨，徹底掌控了這個末日戰爭期間人類唯一的生存區。聖德賽斯教團將他命名為人類戰後的第一個超級城市太陽聖城古萊依摩亞，意思是永恒沐浴聖光的城市，並聲稱他為人類唯一合法政權。
這個舉動讓本就對聖德賽斯教團頗有怨氣的種種組織徹底憤怒，許多有深厚背景的大城市當即宣布自立，不接受太陽聖城古萊依摩亞的領導，否認他擁有對人類的最高統治權，人類戰後群雄割據的分裂時代開啟了。
在這個時代中，最響亮的名字無疑就是四大超級勢力：
太陽聖城古萊依摩亞
新人類天堂星空島
傭兵王城切爾羅德
商盟主城倫斯佩安
而在暗中，還有一股勢力，他們不像這幾個一樣龐大，但卻依舊不可小覷。這就是抵抗軍。
就在聖德賽斯教團逐漸掌控政權的時候，原先諾亞的領導班子一部分被腐化加入了聖德賽斯教團，一部分出走建立了新的勢力，一部分隱居幕後退出領導層，還有一部分決定成立抵抗軍。
抵抗軍是一個末日戰爭勝利後才逐漸出現在人們視野中的組織，他們大多都是原先諾亞的軍人和高級將領，其中不乏曾經戰功顯赫的高級將領。他們是諾亞抵抗聯盟的最初班底，是最忠實的諾亞戰士。
人類抵抗聯盟諾亞建立的初衷，是為了抵抗繆弗特的入侵，繼而將人類團結在一起，求同存異，建立一個包容一切，沒有隔閡的人類命運共同體，而末日戰爭的勝利果實現在卻被聖德賽斯教團盜取，他們決不能容忍。
由於戰爭需要平衡各方麵的勢力，集合全人類的力量以抵抗繆弗特，所以諾亞的決策層不斷的擴大，容納了越來越多的領導人，導致本源教會，就是現在的聖德賽斯教團有機可乘，抵抗軍就是為了修正之前的錯誤而建立起來的為了製裁聖德賽斯教團而成立的組織。
聖德賽斯教團當然不能容許這樣的行為，所以對抵抗軍實行了瘋狂的攻擊，對其他勢力可以適當的妥協，但是對抵抗軍就是完完全全的高壓政策，明麵上利用輿論進行誹謗，愚弄民眾；暗地裏不間斷的對抵抗軍進行迫害和打壓。
聖德賽斯教團勢力太大，抵抗軍的行動經由初期的正麵抵抗逐漸轉到了地下，雖然抵抗軍被聖德賽斯教團壓迫的幾乎無處容生，但也從未停止對他們自身理想的追求，他們是一群現代的證道者，為理想而奮鬥的人。
氣氛徒然間仿佛凝固了，莫斯沉默不語，洛金依舊笑著沒有說話，藍晶眉毛一挑，若有所思，岩石不愧被稱為岩石，還是一副萬年不化的木訥表情，無悲無喜。