在顯宗方麵，宗喀巴大師在阿底峽大師的《菩提道炬論》之“三士道”為理論基礎上，以中觀應成派為正宗，以印度月稱的佛學思想為依止，著《菩提道次第廣論》，概括了三種士夫修學佛教顯宗的整個進程。其中，特別是在“止觀”的修學方麵，宗喀巴大師從修止的條件、程序、方法、要點和成就的標準等方方麵麵，提供了一套精深的理論和方法。
在密宗方麵，宗喀巴大師著《密宗道次第廣論》，對密宗的修習過程作了詳細規定。特別是規定了不管是修顯宗還是修密宗，都必須遵守戒律。
在思想見解方麵，這一派的理論核心是“緣起性空”。也就是說，一切萬法都是緣起性空、假名安立，由知自性本空而知諸法緣起，由了知緣起之力而了知自性本空。所以，要通達中道實相，就必須證悟緣起性空之理，從而才可以斷除人法二執，不起惑業，最終達到不生不滅的圓滿境界。
在教法方麵，格魯派提倡經、律、論三藏不可偏廢，而戒、定、慧三學又必須全麵修習。同時，還要具備方便智慧雙運之道和空性大悲的覺悟。格魯派製定了顯宗的必修教材——五部大論，即《因明論》《般若論》《中觀論》《俱舍論》《律論》。格魯派僧眾在修習佛法時，對大乘佛教中提倡的諸如菩提心、六度、十地等佛教修習次第或綱目也極為重視。
（三）嚴謹係統的教學體製
格魯派寺院教育共同的特點是重視學修次第，嚴格遵循宗喀巴大師製定的學製，先顯後密的學修次第和循序漸進的學習程序。經過數百年的發展，形成了一整套嚴謹係統的教學體製，其中又以顯宗的學經製度和學位製度獨具特色。
在此摘錄桑吉紮西在《藏傳佛教格魯派的學經辯經和學位製度》一文中關於拉薩三大寺的學經製度和學位製度的相關介紹如下，以供了解：
甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺經過數百年的發展，形成了一整套嚴謹係統的教學體製，並一直沿習至今。三大寺的寺院管理和教學製度基本上一致，基層單位一般都由"拉基"、"紮倉"和"康村"三級管理機構組成。
寺院的重要事務一般由所有紮倉的堪布和各執事人員組成的"措欽衝堆"，即所謂的全體會議負責處理。寺院日常事務的最高管理機構是"拉基"，它是由各個紮倉堪布和卸任的堪布"堪蘇"組成的機構。拉基以下是紮倉，一個寺院通常由兩個以上的紮倉組成，紮倉又可分為顯宗紮倉和密宗紮倉。其實，紮倉是一個相對獨立的機構，並不一定受拉基的管理。每個紮倉設有一個堪布，負責管理紮倉的學經等日常事務。紮倉的堪布一般須由精通佛典並獲得格西學位的高僧擔任。堪布任期各寺並不相同，哲蚌寺為6年，色拉寺和甘丹寺為7年。康村是三大寺按照僧人籍貫劃分的基層機構。
紮倉是每個寺院裏學僧們學經的主要場所。哲蚌寺由顯宗學院果莽紮倉和洛賽林紮倉、密宗學院阿巴紮倉、顯密學院德央紮倉等四個主要紮倉組成。甘丹寺由降孜和夏孜兩個顯宗紮倉組成。色拉寺由顯宗學院吉紮倉和麥紮倉、密宗學院阿巴紮倉組成。
格魯派寺院共同的特點是嚴格遵循宗喀巴大師製定的學製，即先顯後密的學修次第和循序漸進的學習程序。格魯派顯教學製大體可分為13級和15級兩種，如哲蚌寺分15級，而色拉寺、甘丹寺、塔爾寺和拉卜楞寺分13級。
一個初入寺院的學經僧人叫"紮巴"，進寺後須舉行拜師儀式，要找兩位教師，一位是生活教師，一位是文化教師，前者負責生活起居，後者教授寺院規章製度和基礎文化知識。待學僧達到能拚寫讀誦佛經的水平時，他要在"曲熱"辯經台背誦出《曲熱那卡頌》、《東比納卡解》和《曲覺饒色》三種經文後，經過教師的推薦，才有資格轉入顯宗學院13學級的第一個學級學習。此時的學經僧人被稱為"貝恰瓦"。作為一個聞思顯教的學經僧"貝恰瓦"，需經過13個級別的漫長學習過程。每一級別皆須經過刻苦的學習並通過相應級別的辯經考試，方可晉升到上一個級別繼續學習。
顯教教材基本上是固定的五部大論：即法稱的《釋量論》、彌勒的《現觀莊嚴論》、月稱的《入中論》，以上各需學修2年；其後是功德光的《戒律本論》，需學修5年；最後是世親的《俱舍論》，沒有限定年限。這五部大論都是印度大乘佛教論師們的重要著述。當然，作為一名格魯派學僧還要學習宗喀巴大師的《菩提道次第論》等格魯派大師們的其他論著，如克珠傑和賈曹傑的經論注疏等。