楊博士看著天啟帝被人被人救起，也感應到了徐福在天啟帝身上埋下的亡域之力正在緩慢發作。天啟帝經過這次驚嚇與受寒，表麵上是落下了病根，多方醫治無效，身體每況愈下。
朝廷下旨去招醫仙徐大山進宮，徐大山避而不見，躲得遠遠的。
尚書霍維華進獻一種“仙藥”，名叫靈露飲，說服後能立竿見影，健身長壽。朱由校依言飲用，果然清甜可口，便日日服用。飲用幾個月後，竟得了臌脹病，逐漸渾身水腫，臥床不起。
八月，朱由校在乾清宮召見內閣大臣、科道諸臣，下招說魏忠賢、王體乾對皇帝忠心耿耿可以用來商議國家大事。並且封魏忠賢的侄字魏良棟為東安侯。朱由校預感到自己來日不多，皇後張嫣在楊博士的勸說下力勸天啟帝將皇位傳給朱由檢，還將奶媽客印月的惡一一述說。
朱由校不信，張嫣無奈招出這是楊博士的主意，朱由校病榻上深夜見楊博士，楊博士陳其利害，最終說服天啟帝。
天啟帝便召五弟信王朱由檢入臥室，說：“來，吾弟當為堯舜。”命他繼位，次日，召見內閣大臣黃立極，說：“昨天召見了信王，朕心甚悅，身體覺得稍微好些了。”八月十一日，朱由校駕崩於乾清宮。信王朱由檢隨即（八月二十四日）登基，年號崇禎。
張嫣求楊博士帶走她，帶她回家，楊博士告訴張嫣，國破之日將來接她回家。
崇禎元年（1628年）二月，皇太極親再察哈爾，到九月時吞並了察哈爾及哈喇慎之故地。林丹汗僅據有宣府邊外以西的河套和土默川一帶。十月，林丹汗組織兵馬反撲被皇太極的槍兵重創，無果而反。
林丹汗與皇太極的戰鬥持續了多年，察哈爾核心力量西遷以來，林丹汗一直以武力威脅各族，讓他們老老實實的聽話，並且支持他的戰爭，但他不知道無形之中得罪了大多數部族族長，使他陷入孤家寡人的境地，離他的夢想也越來越遙遠。
漠西和漠北原本就不臣服林丹汗，漠南諸部則在林丹汗的打擊下紛紛投靠皇太極。林丹汗與崇禎2年完全平定了右翼，得富庶的右翼故地，但由於常年戰爭，使得林丹汗的土地上“畜牧匱乏”，各部流離失所。加上“塞外霜早, 顆粒無收兼厲疫盛行”，蒙古諸部幾入絕境。而各部的抵抗也大大削弱了察哈爾部本身的力量。
皇太極意識到了林丹汗的弱點，開始讓細作混入察哈爾部族去散播負麵情緒，離間各族。
皇太極看抓住這點，經過長時間的圍堵絞殺之後他決定發動對林丹汗的決戰，徹底滅掉林丹汗，以斷南征之憂。
1631年四月，皇太極就已經準備討伐林丹汗，在科爾沁部的勸說下推遲。1632年三月，皇太極第三次親征察哈爾林丹汗，傳令歸順大清的蒙古各部速率部來會。四月，科爾沁、紮魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的台吉會於西拉木倫河岸，總兵力約10萬。
此時，鑲黃旗兩個蒙古人偷馬逃出，將大軍壓境的消息報告給林丹汗。當時林丹汗駐帳於宣府邊外，聽說後非常震驚，於是率眾西奔。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，五月下旬進駐三娘子城，得知林丹汗已渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。
林丹汗的結局如同曆史上一樣，亡命青海，逃難過程中部眾大量流失，1633年四月，兩翼大總官塔什海、虎魯克寨桑投降後金。六月，巴達西寨桑等5個頭目率千餘戶投降。同時又缺少糧食，甚至到了“殺人易食”的地步。1633年，林丹汗多次攻掠明邊，1634年，更是連續在三、四、五月出兵僅僅是為了糧食。
林丹汗在青海時，多次派人進入大明境內尋訪楊博士，試圖讓楊博士把他送回霸主地位，但這一切都是徒勞無功。
與此同時，林丹汗還與漠北外喀爾喀的綽克圖台吉、西藏的藏巴汗、康區的白利土司月頓多吉結盟，因為他們都不信仰黃教，所以被稱為“反黃教聯盟”。林丹汗試圖利用這個聯盟東山再起。可是天不逐人願，1634年夏秋之際，林丹汗因天花死於青海大草灘，結束了叱吒風雲的一生