假設一種情況，一個大盒子裏要放數種口味不同的瓜子，不同口味的瓜子不能混放，還要能夠非常方便的計算出每種瓜子的重量，我們會怎麼做？
有這樣一種方法，在盒子裏做出很多大小相同，又相互隔離的格子，每個格子內能夠存放的瓜子的重量是一定的，假設是50克，我們依次把每一種瓜子放到這些格子裏，比如，五香味的占了五個完整的格子，第六個格子沒有占滿，我們要想知道瓜子的重量，隻需要把第六個沒占滿的格子裏的瓜子稱一下就可以了，如果對重量精度要求不高的話，我們甚至可以直接將最後未滿的格子中的瓜子也計算為50克，這樣的話，瓜子重量的計算就會更加方便快捷。
按照這種方法，其他口味的瓜子從第七個格子開始存放，通過數格子的方法測重，依此類推。
這時候，隻考慮有瓜子的格子，我們就有一個問題，在我們把所有的瓜子都放到盒子裏後，必然會有很多的格子並沒有被占滿，也就是空間的利用率不是百分百，那些未被利用而浪費掉的空間，我們可以將之稱為空間碎片。
計算機操作係統中，對磁盤文件進行管理的功能模塊叫做文件係統，不同的文件係統對磁盤文件的管理方式雖然是不一樣的，但是有一點是相同的，那就是所有的文件係統，在磁盤中存放文件的時候，都會把磁盤存儲空間劃分成大小相同的格子，這種格子在計算機專業中有一個術語，叫做磁盤扇區，給磁盤畫格子的過程，就是我們平時所常說的格式化。
和瓜子重量計算相似，文件係統對文件大小的計算，一般都是按照扇區為單位的，不滿一個扇區的，也會按照一個扇區進行計算。
和前麵講述的盒子裏放瓜子道理一樣，因為文件大小是隨機的，不可能正好是磁盤扇區大小的整數倍，所以任何文件係統對磁盤空間的利用率都不可能是百分之一百，那些無法利用的磁盤空間，就是我們常說的磁盤碎片。
雖然每一個磁盤碎片浪費掉的磁盤空間都非常小，但是我們知道，磁盤中的文件數量是極其龐大的，因此，磁盤碎片的數量也是極其龐大的，如此一來，數量龐大的磁盤碎片，對磁盤空間的浪費就非常可觀了，這些磁盤碎片不僅會造成磁盤空間浪費，還對磁盤讀寫效率有很大影響，這其中的原因比較複雜，這裏不再講述。
因此，任何文件係統，都會有一種機製對磁盤碎片進行處理，較為先進的文件係統，比如WindowsNT上使用的NTFS，對磁盤碎片的管理能力較強，能夠極大的減少磁盤碎片對空間的浪費，比NTFS更為先進的文件係統，甚至能夠隨著磁盤使用時間的推移，碎片越來越少。
然而，在微軟的操作係統Windows98上使用的fat32，卻是一種憋足的文件係統，這種係統對磁盤碎片的管理能力極弱，以至於隨著磁盤使用時間推移，碎片越用越多，然後不得不利用一些外在的磁盤碎片整理工具，對磁盤文件進行重新規劃安排，以達到減少磁盤碎片的目的。
我們通常認為磁盤碎片是無法被利用的，但是一些計算機高手，卻能夠通過某種高明的手段，對這些碎片加以利用，以達到其特殊的目的。
病毒感染磁盤文件，一般會導致磁盤文件體積增大，但是我們想像一下，如果病毒文件在感染磁盤文件時，不占用新的磁盤扇區，而是把自己存放在那些未存滿被感染文件數據的磁盤扇區中，而文件係統又是按照扇區為單位對磁盤文件大小進行計算的，會產生什麼結果？
這個很容易理解，這個時候，雖然病毒文件將自己寫入了文件中，但是磁盤文件的大小卻沒有改變，這種現象就像我們往一桶沙子裏到了一盆水一樣，水倒進去了，桶內沙子的體積卻沒有增加。