接下來陳明在雞籠港待了幾天，原本是想好好休養半個月，然後再出發去粵贛交界的信豐縣守株待兔，救下三月初四在此隕落的李成棟的，順便在這半個月的時間裏，組織成型一小隻新式戰艦。
現在閩粵兩省沿海和以前不同了，以前東南沿海，有海盜之王鄭芝龍坐鎮，東南沿海根本沒有另一股較大的海盜勢力相抗衡，可是鄭芝龍都被滿清軟禁了兩年之久，鄭芝龍遺留下來的勢力，除了一部分跟隨他降清的之外，另一部分被鄭彩給繼承了下來。
但此時以鄭彩為首的鄭氏集團，早已不複當年榮光，鄭氏集團再也無法控製整個東南沿海，各地海盜蜂擁四起，有些是陸匪做了海盜，有些則是原本苟延殘喘的海盜招兵買馬發展壯大而成。
由於這兩年閩粵兩省戰亂不斷，所以許多海島紛紛接受南明和滿清的招安，從海盜頭子搖身一變成了水師總兵，為明清兩方朝廷而戰，不過這些海盜毫無信義可言，大多都是牆頭草，哪邊勢大倒向哪邊，但平時劫掠海上商船的事倒是從沒停下來過。
海上局勢緊張，陳明再也不敢像以前那樣，幾艘海船就敢衝到東南沿海地區去幹一票大的了。
好在沈廷揚給他造了五艘十丈長的虎船，還有三十多艘鶴船，裝備上陳明繳獲的西班牙和葡萄牙人的火炮四十二門，還有他原本的三十四門火炮，一共七十六門火炮。
這樣的陣容，足以橫掃除了鄭彩的主力艦船之外的其餘所有海盜了。
但是正月份陳明在湖廣地區鬧了那麼大一出事情，大路上的不明真相的文人們一邊倒的開始口誅筆伐陳明，這讓坐鎮琉球本島的陳子龍大為光火，一直傳訊讓陳明回去給他一個交代。
陳明沒辦法隻得灰溜溜的駕船回去，挨了陳子龍和一眾秘密從江南跑來的士紳一頓訓斥，最後陳明再三保證自己不會衝動的挑明身份鬧事，又賠了不少小心，說了不少好話，才將這些惱怒不已的士紳給勸了回去。
其實這些士紳是心向陳明的，否則不會憑著暴露的危險，跑來琉球勸諫陳明，他們想要發動他們自己的力量，將這次輿論給鎮壓下去，但是陳明為了大局著想，沒同意。
安撫好複社成員之後，陳明便秘密調動了五百名精銳水軍士兵去了東番島的雞籠港內，然後他又借口要去雞籠港監製新式戰艦的製造，向陳子龍告別。
陳子龍有了何騰蛟一事的前車之鑒，雖然有些疑心陳明又要做一些秘密行動闖出大禍，但是他畢竟根基不如陳明深厚，察覺不出陳明的秘密動作，雖然他極力勸諫陳明坐鎮琉球本島，居中調度備戰起兵一事，不過陳明還是以各種千奇百怪的理由給拒絕了。
陳子龍勸說不過，隻得無奈放陳明離去，陳明走之前特意讓陳子龍去送行，然後隻帶了極少數的護衛，又帶了日本和尚長壽大師和支倉長河去了雞籠港，這也是向陳子龍示意，自己想搞事也沒兵力之意。