然而皮爾龐特為之傾注了最多心血的，還是作為英國國教一個分支的聖公會。宗教是他一切價值觀之間的共同聯係——美、秩序、社會等級製度、對往事崇敬的追憶、壯觀的慶典。作為紐約最具影響力的聖公會的非教職人員，他參加了該教會三年一度的大會，以及會議上關於教義所進行的那些深奧的辯論。宗教自然而然地與驅使皮爾龐特工作的道德結合在一起，成為他對美國商業慣例所表示出的憤慨的根本原因。他的外祖父是一位傳教士，祖父則是個好色的唱詩班成員。他父親的一些金融業的箴言，無不是以短小雋永的布道詞風格表達出來的。朱尼厄斯經常像一位失意的牧師說道："自我肯定或是感到上帝的允準，遠比世界上一切財富能帶來更大的喜悅。"11而皮爾龐特正是習慣於在華爾街23號中像教皇一樣剛愎自用，獨斷專行。
對皮爾龐特和範妮而言，星期日是奉獻給宗教活動的。他們去的是斯泰弗森特廣場上的聖喬治教堂。從1868年起，皮爾龐特就是這裏的教區委員了。星期日夜晚一般是唱讚美詩來度過的。為了使範妮滿意，皮爾龐特還參加了每星期三晚上聚會的門德爾鬆合唱俱樂部。在他的年輕時代，皮爾龐特的性格中有過分拘謹的一麵。但一般來說，他的宗教信仰並不能嚴格地約束其世俗行為。宗教是在更為基本的層次上影響著他，不管是在高亢振奮的宗教集會上大聲唱著頌歌，還是當他獨坐在昏暗的聖喬治教堂中傾聽著管風琴的音樂，他仿佛是被這宗教的儀典施行了催眠術一般，思緒陷入到深邃幽遠而又神秘莫測的夢幻之中。
皮爾龐特對於《聖經》抱著原教旨主義者的態度，相信字字句句皆為真理。他竟像一個孩子一般輕信，1882年他訪問了巴勒斯坦地區。這次訪問使他感觸頗深，他曾有書信給範妮，描述在耶穌的墓前他所經曆的強烈震撼："在那裏停放著耶穌曾躺過的屍床。我感到一陣無法抗拒的衝動，逼使我跪下地去，膜拜這聖靈。"12後來他曾告訴他的圖書管理員貝勒·達科斯塔·格林，說他相信《聖經》上的每一個字，包括約拿和鯨魚的傳說。一次，他和威廉·勞倫斯主教沿尼羅河順流而下，途中他準確地指出了摩西從蘆葦叢中被救出來的故址，並堅持說當初發生的一切和《聖經》上講述的情況完全一樣。皮爾龐特既然如此盲目輕信，那麼他對玄學秘術表現出強烈的興趣也就不足為奇了。多年以來皮爾龐特一直請星相學家伊萬傑琳·亞當斯用天宮星象為他占卜，事無巨細，包括政治事件乃至股票市場的漲跌。當皮爾龐特的兒子傑克出生時，伊萬傑琳預言說這嬰兒的星象中有一個主要的十字星座，這預示著蕭條——這預言不幸言中，1929年傑克執掌著銀行事務在大蕭條中慘淡經營。
1883年，33歲的牧師威廉·雷恩斯福德博士接管了聖喬治教堂，成為教區長。雷恩斯福德是一個相貌英俊的年輕的愛爾蘭人，受教於劍橋大學。作為教堂活動的財政後盾，皮爾龐特在對於他的任命中曾起過作用。雷恩斯福德是一位社會改革家，一位"社會福音"的激烈鼓吹者。他告訴皮爾龐特，隻有在教堂實行民主、對窮人開放的前提下，他才肯接受這一職位，皮爾龐特同意了這一條件："一言為定。"13之後他便彌補了教堂的財政赤字。雷恩斯福德後來果然將窮人們迎進了教堂的大門，使他們能免費坐在那裏的長椅上。而最終這兩位紳士過從甚密，乃至每個星期一他們都會在麥迪遜大街219號共進早餐。除此以外，摩根還建造了幾座新的教堂。
雷恩斯福德博士後來在試圖擴充教區委員會，並進一步使其民主化時，遇到了麻煩。這個委員會的成員們都是在摩根的"黑色書房"中開會。雷恩斯福德的想法與摩根那種"自掃門前雪"的慈善主義背道而馳。摩根斷然回絕了他的建議："我不希望看到教區委員會的民主化，我需要它保持原來的委員。這些人必須是我能在自己的書房裏召集起來的一群紳士。在這裏他們會坦然自若，拿出自己的錢來解決財政赤字的問題。"14他給雷恩斯福德去了一封信，意在辭去自己首席教區委員的職務。而這位年輕的教區牧師固執地拒絕了這一辭呈。此後的幾個星期裏，他倆仍然在星期一共進早餐，然而在用餐時卻都一言不發。在這些共度於飯桌旁的時光裏，摩根可能想起了自己的改革家的外祖父——皮爾龐特牧師被一群有錢人圍攻的情景。雙方僵持了好幾周之後，摩根邀請雷恩斯福德去為他即將開始的歐洲之旅送行。當他倆單獨在摩根的特別包廂裏時，摩根一邊擁抱雷恩斯福德，一邊說："雷恩斯福德，為我祈禱，為我祈禱吧。"15這場敵對便冰釋於這通俗鬧劇般的懺悔之中了。