這位新任海軍部助理部長從一開始就企圖走在前麵。在他就職兩天以後，當丹尼爾斯離開華盛頓時，他半開玩笑地對記者們說：“今天有一位羅斯福在職。你們還記得上次有一位羅斯福擔任同樣的職務時發生了什麼事情嗎？”他無緣無故地提醒人們美西戰爭爆發前兩個月西奧多·羅斯福給杜威的那幾道挑起戰爭的命令。在以後的七年半的時間裏，富蘭克林·羅斯福常常和上司意見分歧，而且很少設法掩蓋他的反感。奇怪的是，丹尼爾斯心甘情願地容忍這個魯莽的年輕人。甚至更加令人吃驚的是，羅斯福很快就領悟了他的工作在政治上的重要性。
按照傳統，助理部長的職務是管理性的工作。即使在1913年，這項工作也很繁重，那時，聯邦政府的大部分機構規模很小，而且工作效率低下；不到二十年以前，範德比爾特家族的人用於農業和林業的經費比美國政府花在這方麵的錢還要多。然而，美國海軍的任務既繁重龐雜，範圍又很廣泛。它在幾十個造船廠和海軍設施裏雇用文職人員，並維持一支相當龐大的艦隊。羅斯福是海軍部的惟一的助理部長。他負責管理文職人員，處理海軍軍官和文職官員之間的棘手的關係問題，還要協助編造海軍的預算。但是，他的興趣很廣泛。他過去一直說：“我插手每一件工作。法律並不禁止我這樣做。”
據說，官僚政治並非英雄用武之地。它可以用一大堆規定、慣例和手續，用上級的勢力和下屬的順從所形成的無窮盡的層層約束，來使一個人受到壓抑而變得毫無生氣。它本來可能使羅斯福受到壓抑，因為他對管理一個龐大的機構毫無經驗。但官僚政治卻沒有能壓抑他。他始終沒有從他的工作中獲得像他的“特德叔叔”所獲得的那種戲劇性的效果。但是，從一開始——隻有一個例外——他就顯示了他做政治管理工作的才能。這種能力在以後的歲月裏對他頗有幫助。
這個例外涉及他的上司。對於約瑟夫斯·丹尼爾斯其人，這位來自達切斯縣名門望族的年輕人用了許多年的時間才有所了解。丹尼爾斯在南北戰爭時期出生於北卡羅來納州。他在那些同煙草和鐵路利益集團進行鬥爭的農民和政治家中間長大成人。他在大半生中擔任一家小城鎮報紙的編輯，是一個布賴恩主義分子、和平主義者、禁酒論者和農業改革的激進派。他那細長的黑領結、樸實的麵孔和農民式的禮貌舉止，使人絲毫看不出他是一個精通政治藝術和政治家手腕的人。
丹尼爾斯是羅斯福在其政治生涯中遇到的惟一的一位行政上司。這個年輕人對這位長者待人接物的方式感到焦躁；他認為丹尼爾斯是他平生所遇到的“最滑稽可笑的鄉下佬”，在社交界的朋友們麵前模仿這位部長的言行來取樂，而且給他寫了一些極不得體的備忘錄。隻是由於丹尼爾斯的寬宏大量和他對羅斯福的喜愛——如這位長者所說的“一見鍾情”——才把這位助理部長保留了下來。此外，丹尼爾斯承擔了任何—個部的首腦所麵臨的主要任務一和國會保持良好的關係。羅斯福就一大堆次要的問題同參議員和眾議員們打交道。但是，丹尼爾斯要和國會山那些給海軍撥款的權勢人物進行談判，這都是緩慢而艱難的工作。
海軍的將領們當然都喜歡羅斯福；但他們卻瞧不起部長——那位特別拘謹的衛理公會教徒。他們感到，威爾遜開了一個殘酷的玩笑，任命他來做上司。這位年輕的助理部長喜歡艦船，說的是航海行話，以平等的態度待他們，而他的妻子也對他們的妻子友好相待。年輕的羅斯福對海軍鳴禮炮十七響向他致敬表示讚賞，而且自己還特別設計了一麵助理部長旗，要求在他在艦上時懸掛。對於這些情形，這些將領們可能暗地裏發笑。但他們也欽佩他的領航才能，他能夠引導高速驅逐艦通過坎波貝格島和大陸之間狹窄的海峽。
然而，羅斯福和海軍將領們之間的主要聯係已超過了個性相近的範圍。他一開始就是一個主張建設“強大的海軍”的人。一位朋友在他就職後不久寫信對他說：“我希望，你‘穿上軍裝’以後，不會像海軍大臣溫斯頓·丘吉爾爵士那樣，被建設一支強大的海軍的熱情衝昏了頭腦，為這件事垮的海軍部長可真不少。”但是，羅斯福立即表示他支持建設一支“強大而有作戰能力的海軍”。丹尼爾斯本人讚成擴大海軍，可是，羅斯福的熱情卻超過了他的上司。
關於建立一支強大的海軍的主張，最強大的有組織的壓力來自美國海軍同盟。這個組織主要是由鋼鐵界、海運界和金融界的大企業家控製的。羅斯福就職後不到一個月，就向美國海軍同盟的全國大會發表“關於建立強大的海軍”的演說。他說：“這不是一個戰爭與和平的問題。我想在海軍內部主張仲裁與國際和平的人同其他的行業中一樣多。但是，我們正麵臨一種情況——我們的國家過去曾經決定要建立一支艦隊，而且戰爭仍然可能發生。”這篇演說的內容沒有超出威爾遜的思想體係。但是，羅斯福在幕後卻對美國海軍同盟暗送秋波，這和國務卿布賴恩乃至丹尼爾斯本人所奉行的和平主義形成強烈的對比。例如，為討論美國海軍同盟全國大會的計劃而召開的一次全體會議是在羅斯福的辦公室舉行的，而且同盟請他主持會議。