這時戰爭已經爆發，他感到忍無可忍。羅斯福到達華盛頓後，徑直前往海軍部。“在那裏，不出我之所料，我發現一切都處於靜止狀態，似乎對曆史上最可怕的戲劇即將開場這一事實毫不在意。”他在幾天後寫給妻子的信中說，他正在做真正的工作，而丹尼爾斯卻“被這一切搞得茫然不知所措，他非常親切，但非常悲傷”。他說，丹尼爾斯和布賴恩對歐洲大戰的含義的認識程度，就像四歲的埃莉奧特“對高等數學的認識程度一樣”。
這番話預示了羅斯福在未來的“保持中立”的幾個月中所起的作用。他支持海軍將領，極力要求加速擴大海軍，勸說威爾遜設立國防委員會，公開主張實行全麵的軍訓。他的熱情促使他采取了可疑的立場：他和西奧多·羅斯福、亨利·洛奇以及其他一些批評威爾遜政策的人保持聯係，甚至向共和黨人提供海軍秘密情報。共和黨便利用這些情報攻擊丹尼爾斯，指責海軍對戰爭毫無準備。
如果說羅斯福的熱情已經發展到不服從上級的地步，他的這種態度部分地也是由於他對將來的困難有比較現實的了解。戰爭爆發時，他認識到這可能是一場曠日持久的戰爭。他和他在金融界的一些朋友的看法不同，認為一個決心打仗的國家不會因為財力不足而縮短戰爭。他十分理解世界大戰對於海軍戰略的含義所在。他和海軍上將艾爾弗雷德·塞耶·馬漢長期保持通信。這位海軍上將告誡他不要把海軍艦隊分散在大西洋和太平洋。他知道一旦戰爭開始，無論在人力或物資方麵都需要大量的後備力量。為了處理重整軍備中那些棘手的、令人厭倦的瑣事，他一周又一周地辛勤工作。
1916年秋，羅斯福對他的上級說：“我們必須參戰。”丹尼爾斯不需要問究竟參加哪一邊。羅斯福一開始就傾向於協約國。在獲悉德國已經入侵法國時，他寫道：“為了避免一場曠日持久的戰爭，我希望英國參戰，同法國和俄國一起用武力迫使柏林實現和平！”他對比利時進行的“光榮的抵抗”感到歡欣鼓舞。威爾遜曾經求美國人不但在行動中而且在思想上都要保持中立。然而，在1915年初羅斯福傷心地對妻子說：“我隻知道我要做一些非常不合乎中立的事才能順利得到通過！”
羅斯福在戰備問題上采取這種咄咄逼人的立場，本來可能使他陷入易受攻擊的境地，但事態的發展給他解了圍。1915年5月“盧西坦尼亞號”被擊沉後，國務卿布賴恩辭職。他不讚同威爾遜對德國的潛艇政策提出抗議，他擔心抗議可能必須用戰爭來實現。一年以後，戰備活動全麵展開。這年通過的海軍撥款法案本來可使美國最終會建立一支世界上最強大的海軍。在1916年的大選中，政府加強了團結。羅斯福拋開了個人過去的一切懷疑，針對共和黨關於威爾遜和丹尼爾斯備戰不力的指責，熱情地為他們辯護。他在普羅維登斯發展的一次演說中宣稱：“總統的對手們利用了錯誤的引語和錯誤的轉述——甚至可以說是謊言，我用‘謊言’這個詞，因為這是一個‘羅斯福式’的好字眼。”
西奧多-羅斯福目睹威爾遜對德國采取“逆來順受”的政策感到怒不可遏，1916年6月拋棄了進步黨轉而支持共和黨候選人查爾斯·埃文斯·休斯。共和黨的隊伍重又團結起來。隨著選舉的日益臨近，他們覺得有把握在總統選舉中獲勝。第一次的選舉結果報告證實了這一預測。和威爾遜一樣，富蘭克林·羅斯福睡覺時滿以為休斯已經獲勝。但是，第二天來自西部的選舉結果截然不同。羅斯福在給妻子的信中激動地說：這是“我一生中最不尋常的一天。”最後的選舉結果報告表明，威爾遜獲得9，129，606張選民票，休斯獲得8，538，231張選民票，而選舉團的票數差額為277比254。
這位海軍部助理部長感到欣喜而且如釋重負，幾天後開玩笑說：“據傳我的一位著名的堂叔現在正忙於修訂他那本最著名的曆史著作《西部的勝利》。”
1917年1月9日，德皇在西裏西亞的一座城堡裏忐忑不安地主持了一次關係重大的皇家委員會會議。前一年，戰事的發展變得對德國及其盟國不利：協約國的戰線由於遭受沉重的打擊，雖然在凡爾登向後收縮，但是陣地仍然守住；在日德蘭半島海戰以後，德國海軍不敢再冒一次風險和英國人正麵作戰；協約國的封鎖正在削弱德國的經濟力量。軍事首腦爭辯說，隻有一條出路：進行不受限製的潛艇戰。兩年多以來，外交家們一直成功地抵製了這種極端的政策。他們的理由是，這樣做將會促使美國參戰。在這次會議上，軍方的主張取勝了。不久，在2月1日，向各潛艇艇長迅速發出指令，要求開始進行不受限製的潛艇戰。