在這種形勢下，反對與美開戰的山本五十六終於“順應潮流”，搖身一變成為日本法西斯發動太平洋戰爭的急先鋒。於是，山本那雙禿鷲般銳利的眼睛一下子便盯上了美國太平洋艦隊的大本營——珍珠港……
凝眸珍珠
1941年1月7日，日本豐後海峽佐伯灣風平浪靜。但是，一個野心勃勃的戰爭計劃正在醞釀成熟，太平洋上烏雲翻滾，山雨欲來。
在四萬噸級的“長門”號旗艦上，日本帝國聯合艦隊司令長官山本五十六海軍大將在艦橋甲板上來回地踱著步，從臉上的表情看，他似乎正在思索著一件極其重要的大事。過了一會兒，山本走到艦身的護欄邊，跟一個正在搬運繩索的水兵要了一支煙。
平常極少抽煙的山本點燃了香煙，憑欄遠望，透過佐伯灣平靜的海麵，遠方的太平洋煙波浩淼，海天一色。山本五十六深深地吸了一口煙，緊鎖的雙眉擰成一個倒“八”字，眉宇之間透著一股陰森森的殺氣。
他出神地凝望著海天相接的盡頭，不知過了多久，突然之間，他似乎想到了什麼，眉頭上的那個倒“八”字漸漸舒展開來，化成了一絲不易覺察的獰笑，山本猛地把香煙拋向大海，口中一邊決然地說著：“吾意已定，吾意已定！”一邊抽身走向艦隊司令官指揮艙。走到桌旁，山本迅速地拿出紙筆，開始奮筆疾書。大約過了半點鍾，一封致海軍大臣及川古誌郎的《關於戰備的意見書》便寫成了。
這就是著名的“山本上書”，正是它揭開了醞釀已久的太平洋戰爭的序幕。
毫無疑問，山本五十六是挑起太平洋戰爭的第一人。但同時，大量的史實證明，山本五十六在當時又的確是反對同美國開戰的主要代表人物。既然反對同美開戰，但同時又第一個挑起了與美國的戰爭，山本五十六這種自相矛盾的做法確實讓人有些費解。但這種矛盾卻與山本的性格非常吻合。
在海軍大學學習時的山本五十六。山本第一次在日駐美大使館供職期間，對美國工業情況考察後，就日本是否應同美國交戰一事講過如下一段話：“僅看看美國的汽車城一底特律發達的汽車工業和一望無際的得克薩斯油田，便不難得出這樣的結論：憑日本的國力，根本不能與美國為敵，同其抗衡。”
1940年9月，日本政府已經開始醞釀對美戰爭，山本對此感到十分憂慮，他多次同一些政府官員就此發生激烈的爭論。他還向政府遞交了一份正式的意見書。在意見書中，山本五十六寫道：“日美間發生戰爭，對我們日本帝國來說，意味著為自己樹立新的更強大的敵人，使帝國陷入新的危機。如果蘇俄和德國乘機擴張勢力，又有哪個國家能夠有足夠的力量去阻止他們的擴張行動呢？……同美開戰，我國必然大傷元氣，難道我們所要追求的目標就是為了圖一個虛名？”
在日本計劃同德、意法西斯結盟的過程中，山本五十六也多次表示了反對的意見。就在日本與德意結盟前夕，山本找到了海軍大臣及川古誌郎。
“請大臣看看這些資料！”山本把一疊文件“啪”地扔到及川的桌子上，一臉陰沉。及川古誌郎還從來沒見過山本的情緒如此激動。
“直到去年8月（1939年8月），也就是我任次官時，從計劃院的物資供應計劃看，有80％的物資都來源於英美的勢力範圍。如果日本與德、意締結了同盟條約，勢必要失去這一來源。那麼，我們用什麼方法來彌補這一損失呢？”
麵對山本五十六的火氣，及川又能說什麼呢？他隻好安慰地說道：“山本君，在三國結盟一事上，你我都左右不了，政府和天皇已做出了決定，我們隻能執行命令了。”
此後不久，山本在給日海軍駐中國艦隊司令官島田繁太郎的信中寫道：“從日德意軍事同盟條約締結前後所發生的一係列事情及後來的物力動員計劃情況來看，政府在很多問題的處理上，都是前後矛盾的。”
山本心中對於日本天皇和政府短視的做法是很不屑的，但是，他身上流淌的是一個日本武士的血液，“效忠思想”在山本的內心深處是根深蒂固的。在日本與德意簽訂同盟條約後不久，山本前往拜見了近衛文磨首相，他滿腹憂慮地說：“如果日美非打不可的話，在開戰的半年或一年中，日本海軍可以奮戰一番，並有信心爭取打勝，如果戰爭持續下去，以至拖到二年三年，那我就毫無把握了。”此時山本對政府的不滿情緒已經煙消雲散了，他無奈地繼續對首相說：“三國同盟條約已經締結，聯合艦隊也隻有破釜沉舟背水一戰。盡管如此，我還是懇切希望政府能設法回避同美交戰。”
應當認清的是，山本五十六的“反戰”絕不是由於他對和平的愛好，而是出於他對戰爭形勢老奸巨猾的分析，目的是為了更加有效地服務於日本法西斯的侵略戰爭全局。山本“反對同美國開戰”是想避免樹立“新的更強大的敵人”，使日本的侵略擴張政策半途而廢。