當時順治帝年齡太小，外事俱由多爾袞主持，內事都由孝莊處置。多爾袞誣陷肅親王豪格舉止放蕩，將他去職幽禁在宗人府，豪格的妻子美貌，多爾袞就將她留在自己府中。與多爾袞同居輔政王之位的濟爾哈朗，很知趣地將權利拱手相讓，但是多爾袞疑心重重，把濟爾哈朗降為郡王，排除在決策層之外。多爾袞依靠兩白旗，籠絡正紅旗，安撫了鑲紅旗，分化了兩黃旗，打擊了兩藍旗，勢力如日中天。為了廢掉皇帝，多爾袞還有意讓福臨荒於教育，致使他十四歲親政的時候，還不識漢字，福臨的皇位岌岌可危。
孝莊在多爾袞的步步緊逼下，隻得以柔克剛，處處隱忍、退讓，委曲求全。她不斷給多爾袞戴高帽、加封號，以使多爾袞不能廢帝自立。起初，她加封多爾袞為叔父攝政王，緊接著又加封皇叔父攝政王，允許他麵見皇上無需跪拜。每逢慶賀大禮，多爾袞與皇帝一起，接受文武百官跪拜。這才最大限度地滿足了多爾袞覬覦皇位的野心，稍微化解了孝莊母子的危機。
曆史往往給後人留下一些迷霧和疑團。孝莊皇後下嫁多爾袞一事便是清史研究中的一大疑案。
太後下嫁之說最早引起史家關注的是明朝遺民張煌言的十首《建夷宮詞》，其中有一首說：
上壽觴為合巹尊，
慈寧宮裏爛盈門。
春官昨進新儀注，
大禮恭逢太後婚。
張煌言此詞寫於順治七年（1650年），孝莊皇後的寢宮在慈寧宮。詞中“春官“是指禮部官員，這首詞的意思是說慈寧宮張燈結彩、喜氣盈盈；昨天禮部呈進了擬定的禮儀格式，為太後舉行婚禮，對大清祖製禮儀加了新的解釋。當時清宮的太後有兩位。一位是正宮孝端文皇後，當時年近50歲；一位是孝莊文皇後，當時37歲。如果太後舉行婚禮顯然是指孝莊太後下嫁多爾袞之事。主張太後下嫁說的還有其他一些“證據”，其一，多爾袞尊稱為“皇父攝政王”，當與太後下嫁有關；其二，據蔣良騏《東華錄》記載，詔告多爾袞的罪狀中有“親到皇宮內院”罪行，似乎暗指多爾袞迫使太後與之為婚；其三，孝莊遺囑康熙不要將其與皇太極合葬，似有難言之隱；其四，滿族作為北方少數民族，素有“兄亡弟娶”的舊俗。
太後下嫁之事，正史沒有記載，這是不爭的事實。著名清史專家孟森先生早就撰有《太後下嫁考實》，針對太後下嫁說的各種證據，一一予以駁難。孟老先生認為，張煌言是明朝遺臣，對清朝懷有敵意，一直從事抗清活動，他的詩句很難說不是編造出來的故事，是對勢不兩立的大清王朝的誹謗之詞。皇太極死時，莊妃才37歲。莊妃是天生的麗人，皓齒明眸、似玉如花。而仰慕姿容、貪戀女色，又恰恰是多爾袞的特殊嗜好和追求。在世人眼裏，年輕貌美的寡嫂與雄才偉略的小叔子之間理應存在著“英雄美女”一類的情事，況且這也是現代影視文學作品刻意發揮的極好題材。慈寧宮是皇宮裏的“寡婦宮”，這也印證了中國的一句老話“寡婦門前是非多”。至於順治稱多爾袞為“皇父攝政王”，這裏的“皇父”是對多爾袞的尊稱，中國古代的國君稱老臣為“仲父”“尚父”的也不乏其例。清兵入關後，多爾袞帶領八旗子弟以摧枯拉朽、風掃殘雲之勢，橫掃大江南北，為大清立下了不世之功，順治繼承中國古代的文化傳統封多爾袞為“皇父”，也理所應當。況且，清宮“粉黛三千”，多爾袞即使亂宮，也不至於把這個“屎盆子”扣到“寡婦”孝莊皇太後的頭上。
迷霧並不難辨，疑團也非費解。孝莊皇後也不會因為迷霧和疑團的存在而失去她照人的光輝。