如果我的真誠觸怒了他們，他們一定會想辦法將我摒棄於教堂之外，我並不畏懼他們的威脅，因為他們根本無權判決我。他們無法阻止我的心靈與信仰結合，他們能在此生剝奪我的幸福，但無法阻撓我未來的希望，我未來的希望是由耶穌基督賜給我的，他會做我的裁決者，裁決我和他們孰是孰非。
1763年，盧梭將他的《致畢蒙教皇書》交予出版公司付印，雖然他心中十分擔憂會受到迫害，但經由馬沙爾的鼓勵，他仍決定用本名發表。不出所料地，這篇文章受到強烈的批評。讀者寫給盧梭的信逐日增加，信中有支持也有反駁，寫信的人來自各種不同的階層，有辯論家，也有舞蹈老師。盧梭從這些信中了解到了外界對他的印象。
盧梭極想知道日內瓦民眾的反應，尤其是對他這篇《致畢蒙教皇書》的反應。雖然日內瓦當局對盧梭的言論極為困擾，但《致畢蒙教皇書》並沒有被列為禁書。不久後，盧梭給日內瓦當權者寫了一封信，信中聲明他願意放棄日內瓦的公民權。
不久，日內瓦當局即廢止了盧梭的永久公民權。盧梭深愛故鄉，但日內瓦連續給予他沉重的打擊，使他不得不放棄公民權。
1764年9月，盧梭接到一封革命者的來信，信中邀請他擔任製憲委員。這個消息迅速傳遍整個歐洲，格林及其他反對者立即發表聲明，聲明中說如果盧梭接受這個邀請，那就說明他是革命和國家獨立的煽動者。盧梭沒有接受這個邀請，但在給革命者的回信中，他表明了自己對平等民主的愛好和熱情。
1764年秋，日內瓦的杜金先生出版了《鄉村書信》，文中他強調了君主專製政體的重要性。盧梭針對他的觀點及政治立場予以反駁，同時出版了《山中書信》，他的思想和主張立即引起外界激烈的反響。
盧梭在文中曾辯解日內瓦當局對他的裁決，他有充分的理由為自己辯護，因為那次審判沒有事先提出警告，也沒有審訊，就將盧梭的書予以焚毀，並裁決盧梭有罪。
當時法院的裁決書有一段是這樣的：
這些書的作者（指盧梭）集合了所有能貶損及毀滅天主教基本原則的言論，在這些言論中他指控所有的政府。這些書以充滿誘人筆調的法文書寫，是極為危險且有損於道德的，而且這些書是作者以一個日內瓦公民的身份發表的。鑒於這些書的惡劣影響，法院不得不作出如下裁決……
法院以違反教規的名義裁決盧梭，盧梭在《山中書信》中答辯道：
我是作者，因為寫了這些書而被法院裁決，但是會有作家故意奉承自己嗎？一個人如果企圖行善也算有罪嗎？身為一位作家，我隻接受那些被基督承認的聖人作為我的審判長。
在這段激烈的爭執時期，盧梭接到一封從法國寄來的信，寫信者自稱詹姆斯·包塞爾，來自蘇格蘭。他在信中對盧梭表達了自己的欽慕之情，這使盧梭的心情舒暢了不少。後來，盧梭和包塞爾見過一麵，在座的還有馬沙爾先生，盧梭對包塞爾表達了自己對蘇格蘭人的好感。
盧梭的《山中書信》問世不久，1765年1月，市麵上出現了一本書，叫做《公民的情感》，書中極力抨擊盧梭的人格和思想以及他的道德觀。這本書的作者是伏爾泰和盧梭昔日的一位朋友。《公民的情感》風靡日內瓦，市民們對於書中描述的盧梭和戴萊絲將子女遺棄在孤兒院一事尤感震驚。盧梭與戴萊絲此時才感覺到民眾對他們的厭惡感是多麼深。
某夜，盧梭和戴萊絲上床就寢，到了半夜，盧梭被一陣突如其來的聲音驚醒，原來是有人用石頭砸他們的門窗。盧梭趕緊逃到廚房，這時正巧有一塊石頭穿破窗戶砸在他的腳上，他步履蹣跚地與戴萊絲躲在牆角。幸好鄰居及時報警，警察阻止了這場騷動。這件事情之後，盧梭覺得自己急需找一個偏僻之處隱居。