淝水戰後不久，東晉上下內外協和的局麵不幸消失了。太元十年，謝安去世，就以司馬道子領揚州刺史、錄尚書、都督中外諸軍事，大權都掌握在他的手裏了。他後來被改封為會稽王。
道子信任王國寶，也就是王坦之的兒子，謝安的女婿，謝安發覺他品質惡劣，不加任用。朝政濁亂，徭役繁重。
孝武帝太元二十一年（396年）九月，張貴人因恐色衰被廢，用被蒙住孝武帝的頭部，使他窒息而死，推說“因魘暴崩”。司馬道子昏庸糊徐，竟沒有追究。太子司馬德宗即位，是為安帝。安帝是晉朝第二個白癡皇帝，連冷熱饑飽都分辨不清，朝政自然更不必說。司馬道子和王國寶更加肆無忌憚，道子甚至把東宮的兵都讓國寶率領。
安帝隆安元年（397年），鎮守京口的兗、青二州刺史王恭派使者到江陵，與荊州刺史殷仲堪商議起兵討伐王國寶。這時桓溫的兒子桓玄正在荊州。玄字敬道，很有才氣。太元末年，曾被任為義興太守。他鬱鬱不得誌，登高望震澤（太湖），歎道：“父為九州伯（九州指天下；伯，霸主），兒為五湖長！”即棄官而歸。他在荊州閑居，很為殷仲堪所尊重。他勸仲堪與王恭同盟起兵，說這是齊桓、晉文的舉動。
司馬道子儒弱無能，聽得東西兩麵要同盟起兵，便把一切問題推在王國寶身上，責令他自殺，派人去向王恭謝罪，於是風波暫時平息。
道子的兒子元顯，年才十六歲（道子本人也不過三十三歲），他卻不肯罷休，說必須防備王、殷異動。道子就任命這個大男孩做將軍，讓他統率一部分軍隊。道子又結譙王司馬尚之及尚之的兄弟休之做心腹，一同籌劃對付王、殷的策略。
隆安二年（398年），王、殷果然再次起兵。道子害怕，不知如何是好，把事情都交給元顯，自己一味飲酒，逃避到醉鄉中去。元顯很有點勇氣，但不過是個沒有實際經驗的紈絝子弟而已。王恭軍的內部矛盾卻幫他解脫了這次危機。
王恭用的是北府兵。北府兵大將劉牢之不讚成起兵，又受元顯使者的遊說，把王恭抓起來，送到建康處死。其時，殷仲堪用楊佺期為前鋒，桓玄領第二撥隊伍，自己隨後，已經進逼建康。會稽王道子用桓脩（桓衝子）的計策，宣布用桓脩代殷仲堪為荊州刺史，任桓玄為江州刺史，楊佺期為雍州刺史。桓、楊大喜，要接受朝命。殷仲堪大怒，命將士退兵。桓、楊掌握不住所領隊伍，隻得仍與仲堪合作。朝廷無可奈何，把荊州還給殷仲堪。從此桓玄屯兵夏口，與殷、楊貌合神離。道子父子又渡過了第二次危機。
這年，東部還發生了天師道首領孫泰起事的事件。孫泰是錢塘（今杭州）人杜子恭的徒弟，做過新安太守，信奉他的人極多。他以討王恭為名起兵。會稽王道子使元顯把他誘殺。信徒們都認為他是屍解成仙。孫泰的侄兒孫恩逃到海島上，糾合死黨，準備報仇。
隆安三年（399年），荊州桓玄與浙東孫恩都強大起來，已不是司馬道子、元顯父子所能製服的了。以後，從北府兵中崛起的劉裕經過幾年的努力，先後消滅了這兩股勢力，東晉的實權也完全落到劉裕的手裏。
晉朝弄到如此地步，司馬道子、元顯父子不能辭其咎。司馬道子有病，而且每天都喝得大醉。元顯便讓朝廷解除他的司徒、揚州刺史官職，由他自己做揚州刺史。道子酒醒知道後，大光其火，但已毫無補救的辦法。
這個十八歲的權奸以廬江太守會稽人張法順為心腹，滿朝文武都怕他們兩人。當時東部各郡有許多原來的官奴，他們被免除奴隸的身份後，做了官吏士人的客戶（佃客之類）。元顯把他們征發到京師當兵，叫做“樂屬”。被征當兵的自然不“樂”，那些失掉客戶的官吏士人也都抱怨。這年十月，孫恩乘此機會，從海上起兵登陸，殺死上虞縣的縣令，進攻會稽郡的郡治。
會稽內史王凝之也信奉天師道。他得到孫恩起兵的消息後，不出兵，不布防，天天在府裏的道室中拜神念咒。屬員請他發兵，他說：“我已借到幾萬鬼兵，扼守各處要隘，不怕賊兵來犯。”等到孫恩兵近，鬼兵影蹤不見，他才準許部下出兵，然而已經來不及了。孫恩打破郡治，殺死王凝之。王凝之的妻子謝道蘊（謝安兄謝奕的女兒）是著名的才女，她拔刀出門，殺了幾個人，才被擒獲，孫恩倒沒有殺她。吳郡、臨海（今屬浙江）、義興（今江蘇宜興）的地方長官都聞風逃走。會稽、吳郡、吳興（今浙江湖州）、義興、臨海、永嘉（今溫州）、東陽（今屬浙江）、新安（今浙江淳安）八郡的黨徒，一時起兵響應，十來天中，發展到了幾十萬人。朝廷直接統轄的地區幾乎全部失陷，建康城內也有潛伏的黨羽，形勢緊張極了。
晉謝琰、劉牢之統兵鎮壓孫恩。孫恩所部都是烏合之眾，哪裏敵得過久經訓練的官軍。謝琰很快收複了義興、吳興，留屯烏程（今浙江湖州），使劉牢之繼續進軍，渡浙江（錢塘江），收複浙東各郡。
孫恩隻靠天師道煽動群眾，其實並無作為。他起初聽到八郡響應，洋洋得意，對部下說：“天下大局已定，我輩不久就可以到建康去了。”後來知道劉牢之軍到達江邊，才有點失望，但仍自欺欺人地說：“我占有浙東，還可以做個勾踐！”又過了幾天，知道劉牢之軍已經渡江，便老著麵皮說：“孤不以逃走為恥辱！”下令叫男女信徒二十多萬人跟著逃走，並沿途拋棄財物子女。官軍急於擄掠，追得慢了，孫恩才得以脫身，逃上海島。
孫恩起得快，敗得也快，然而事情並沒有完。劉牢之縱兵劫掠，士民大失所望。各處城裏的居民幾乎逃光，過了個把月，才慢慢地有人回來。官軍的暴行正是為孫恩的再起布下的種子。
這場為時短暫的戰役使一個人嶄露頭角，他便是後來成為南朝劉宋開國皇帝的劉裕。劉裕字德輿，小名寄奴，彭城人。《宋書·本紀》說他是漢朝帝室後裔，這種事誰搞得清楚，無非是以認個闊祖宗為榮而已。“尋根”是好的，但是以不恥貧賤為善。劉裕出身貧苦，種過田，捕過魚，賭輸了拿不出錢，被大族刁氏綁在係馬的樁子上，是個出自草莽的英雄。當時他在劉牢之部下隻做個參軍，有一次奉命率幾十個人打探敵情，遭遇敵軍幾千人，他率部迎擊，手下全部陣亡，他也從高處跌下。敵兵想下去殺他，他執長刀向上砍殺了好幾個人，奮身上去，大喊殺賊，殺得敵兵都不敢上前。劉敬宣見劉裕出去的時間太長，恐怕有失，領兵往尋，見他獨當幾千敵兵，無不欽佩，於是進兵殺敗了這支敵兵。劉裕從此成為名震一時的勇將。