列寧在獄中用牛奶把傳單和秘密文件抄寫好後，便把草稿小心地毀掉。有些材料，如黨綱的詳細說明，一天之內抄不完，而且寫完之後，還要一邊思索，一邊不斷地修改和補充，所以不能馬上把草稿銷毀掉。後來，列寧利用他從事科學研究的聲譽，把草稿夾在他用工整字體寫滿統計數字和其他摘錄的紙張堆裏保存起來。他這樣做居然瞞過了檢查官兵的眼睛。有一次，一個憲兵軍官到他的牢房裏作例行檢查，把堆在屋角裏的一大堆書籍、表格和摘錄翻了一會，開了句玩笑：“今天太熱，不宜研究統計數字。”敷衍一下走了。母親和姐姐十分擔心列寧所處的危險環境，列寧不以為然，他曾開玩笑地對姐姐說：“我的處境比俄羅斯帝國的其他公民都好，因為已經不能再逮捕我了。”
列寧在獄中起草的秘密文件有《論罷工》、黨綱及詳細的黨綱說明。《論罷工》這本小冊子由其未婚妻克魯普斯卡婭顯影抄寫，交拉赫塔印刷所。在克魯普斯卡婭被捕後，黨綱的詳細說明由姐姐安娜抄寫。
克魯普斯卡婭與姐姐安娜保存秘密文件的用具是一張小圓桌。這是一張看似普通但設計巧妙的圓桌，它是根據列寧的意圖設計的。桌子很粗的獨腿有個特製的底盤，比普通的稍大一些，可以旋開，中間挖空了的地方能放許多紙卷。小圓桌起初由列寧使用，後來交給克魯普斯卡婭，他們被捕後，轉給安娜。一到深夜，安娜就把抄好的文件藏到裏麵去，把燈上烤過的那幾頁原稿小心地毀掉。這張小圓桌起了不小的作用，警察在搜查他們的住處時，都沒有識破其中奧妙，列寧起草的黨綱幸免於難。後來，由於底盤常常旋開，螺絲紋磨光了，才不再使用。
獄中的生活十分艱苦，特別是孤獨使人備受折磨。許多人忍受不了這種折磨，有的身體狀況每況愈下，有的得了精神失常症。列寧以頑強的意誌，盡量保持鎮定自若和精神愉快。列寧特別注意鍛煉身體，他堅持做體操，用冷水擦身，特別是每次做操時像虔誠的教徒那樣要做50次鞠躬禮，讓看守覺得不可理喻。同時，列寧在獄中嚴格地按自己的作息時間生活。他善於安排自己的生活，把日程安排得滿滿的。他的著作《俄國資本主義的發展》一書需要用的大量材料就是在獄中收集的。在獄中，列寧利用能“安靜”寫作的條件，認真研究了俄國資本主義的發展，並開始動手寫《俄國資本主義發展》的初稿。1897年初，列寧得知他將被流放西伯利亞時，有點“惋惜”地說：“還早呢，我還沒有來得及把必要的材料收集齊全呢！”
四、流放西伯利亞
1897年2月，列寧被判流放西伯利亞3年，受警察的公開監視。遙遠偏僻、荒涼寒冷的西伯利亞是當時沙皇政府流放“違法”分子的天然監獄，既省心，又經濟，而且漫長的押解路程極為難熬，有的人未到流放地就死在了路上。聽從友人的忠告，經過母親的努力，列寧獲準不經押解而自費前往，並且爭取到自己想去的米努辛斯克專區舒申斯克村。一則那兒比其他地區的環境好一些，二則流放到那裏的還有列寧的戰友格·馬·克爾日紮諾夫斯基和瓦·瓦·斯塔爾科夫等人。否則，沿途輾轉跋涉，會嚴重損耗列寧的體力和精力。在列寧獲釋的那天，彼得堡“鬥爭協會”的會員們歡欣鼓舞。
臨出發前，因母親有病，列寧在莫斯科停留了一周。利用這些時間，列寧連續兩個晚上出席了“鬥爭協會”的會議，批評了“青年派”的“經濟主義”傾向，和“鬥爭協會”部分成員馬爾托夫、克爾日紮諾夫斯基、瓦涅也夫、馬爾琴科、紮波羅熱茨等人留影紀念，同時還抽空到魯勉采夫圖書館去學習，收集了一些關於俄國資本主義發展的材料。
2月17日，母親、妹妹、姐姐和姐夫4人伴隨列寧從莫斯科動身，到達圖拉車站後，列寧和家人依依告別。之後，他要一個人前往流放地。3月16日途經克拉斯諾亞爾斯克。因葉尼塞斯克省公署未收到警察司關於列寧流放的任何指令，列寧在克拉斯諾亞爾斯克暫住了近兩個月。在這兒，列寧結識或遇到了不少社會民主主義者或政治流放者，彼此進行了交流。另外，列寧順便到當地商人、藏書家格·瓦·尤金私人圖書館進行了研究和查閱資料工作。
5月12日，列寧又開始動身前往流放地。1300俄裏的旅途是荒涼的，三天三夜的行程，看到的是皚皚白雪和滿眼的荒涼單調。列寧在給母親的信中寫道：我剛走過西伯利亞鐵路所經過的整個地區，單調得令人吃驚，到處是荒無人煙的草原。沒有房子，沒有城市，村莊很少，偶爾看到一片森林，其他全是草原。
5月20日，列寧到達流放地點舒申斯克村，被安置在農民孜裏亞諾夫的小屋裏。舒申斯克村離鐵路線600俄裏，地處偏遠，交通不便，是個不毛之地。19世紀30~50年代，十二月黨人曾被流放在這裏。從俄國中部來的郵件最少得半個月，全村沒有人訂報紙。列寧曾在家書中描述過這個村的荒涼情況：村子很大，幾條街道都非常髒，塵土很多，完全不是通常那樣的村莊。它在草原上，沒有樹木，甚至可以說是一片不毛之地。村子四周堆滿了牲口糞。這裏的人不把牲口糞運到地裏去，就那樣堆在村子周圍，所以要出村子，總得經過糞堆。村邊有一條叫做舒什的小河，現在河水已經變得很淺了。在離村子一俄裏到一俄裏半的地方，舒什河流入葉尼塞河。我常在一條最大的支流裏遊泳。