孔孟儒學“以宗法為根據，忠孝為本原，立君父為至尊無上之體”鄧實：《國學微論》，《國粹學報》1905年。第2期。是中國專製製度的精神支柱。學生們痛恨專製，勢必導致對儒學的鄙棄批判，“鑒於中國政治之弊，以為中國之政治，皆受孔教之影響也，而革教之問題以起”。他們指出：孔教在三方麵對社會產生了惡劣影響，“一則區等級而判尊卑”，“一則薄事功而尚迂闊”，“一則重家族而輕國家”。警鍾：《論孔教與中國政治無涉》，《萃新報》第4期。儒教的政略隻有“趨逐劣種侵陵之法，無抵拒文明種人之策”，因此，必須“去其輔王室之積習，而改為國民參政之資格，國民自治之主義”，否則“無以對內而望國步之改良，亦無能對外而為獨立自尊國民之望”《論中國普通教育之基礎》，《蘇報》1903年。3月10日。。他們進一步揭露孔教與皇權的關係道：“那些民賊為什麼這樣尊敬孔子呢？因為孔子專門叫人忠君服從這些話，都是很有益於君的，所以那些獨夫民賊喜歡他的了不得，叫百姓都尊敬他。”並告誡人們不要被統治者尊孔子為“至聖”“那種放屁的話惑住”，號召國民“做現在革命的聖賢，不要做那忠君法古的聖賢”君衍：《革命書——法古》，《童子世界》第31號。。以革命英雄觀反對封建忠孝觀。他們把孔子從神壇上趕下來，宣稱隻要是追求真理，“即孔子亦可背焉”《黃岩學界》，《蘇報》1903年。6月17日。。眾所周知，戊戌期間維新派在思想上以孔子為護身符，這種利用傳統思想的外殼來宣傳新型政治主張的做法，雖然減少了一些阻力，卻給封建內核留下存身之地。學生們從正麵展開對孔子的批判，並且深入到儒學的社會本質，在中國曆史上具有深遠意義。
學生們對於經史辭章等舊學也表示輕蔑，認為“學必求其有用”，如果“終日咿唔，絞耗腦汁，以治博士家言”，則“轉妨吾業”。這使衛道士們如喪考妣，驚呼：“經也，史也，詞章也，中國數千年。學界之精華，畢萃於此，學者一旦顧輕蔑乃爾！”《讀南皮尚書建置存古學堂劄文》，《江西官報》乙巳第1期。為了開通下層，學生們還注重應用白話文，提倡“文言革命”，指出：“今日變法，以開民智為先，開民智莫若文言革命。”“以中國今日而論，文言革命一事，乃一最要關鍵。”《教育學會演說》，《文言報》第2號。直隸大學堂學生編寫官話字母書數冊，“一則可為教育普及之基，一則可為語言統一之助”。《直隸學務處呈複核議官話字母請實力推行文並批》，《湖南官報》第842號。這些都有助於文學形式的變革。
提倡女權，興辦女學，在這時也蔚然成風。由原南菁學堂學生丁初我等人創辦的《女子世界》，成為宣傳女權的重要陣地。他們反對封建宗法製度，倡言“革命！革命！！家庭先革命！！！”初我：《女子家庭革命論》，《女子世界》第4期號召發起“女界革命軍”，“脫男子的羈絆，複女界的權利”天醉生：《敬告一般女子》，《女子世界》第1期。。各地學生與開明人士一道，組織不纏足會，把解除束縛視為“光複故體”《放足紀念》，《女子世界》第11期。。他們說：“欲再造吾中國，必自改造新世界始；改造新世界，必自改造女子新世界始。”初我：《〈女子世界〉頌詞》，《女子世界》第1期。作為國民之母，婦女隻有首先獲得解放，具備國民資格，才能強健民心國魂。他們進而把家庭革命與政治革命相聯係，指出：“今日非處專製壓製下不必言革命，非處再重專製下更不必言女子家庭革命。”“政治之革命由君主法律直接之壓製而起，女子家庭之革命由君主法律間接之壓製而起，其原因同。”初我：《女子家庭革命論》，《女子世界》第4期。
在這些宣傳的鼓動下，青年。女子踴躍入學。杭州、長沙女學堂均因報名人數大大超過招生數而增加名額。湖北女學堂原設保姆、師範兩班，張之洞以“教育青年。婦女，易啟背逆之端”《女學裁撤》，《女子世界》第3期。為由，下令裁撤師範。學生們另立公學，以相抵製。上海務本學校女生不少已年。近30，“有一個嘉興學生，年。紀四十多了，領著女兒媳婦，也到上海讀書”。常州女士張羅蘭：《圖書館演說》，《女子世界》第3期。1905年。該校學生達155人。蔣維喬參觀務本女校後，不禁讚道：“美哉！中國女權當於是興起乎！”《鷦居日記》壬寅十月十一日（1902年。11月10日）。許多男生相約不娶纏足女子，並動員自己的妻子姊妹及親屬入學讀書。