7月18日早晨，巫寧坤登上了駛往香港的郵輪，同學好友李政道專程前來送行道別。就在二人相互道別的瞬間，巫寧坤突然有一種莫名的傷感和不祥之兆湧上心頭，一句話衝口而出：“你為什麼不回去為新中國工作？”李政道似乎沒太在意，笑笑說：“我不願讓人洗腦子。”[22]巫寧坤似有感覺，但沒有放在心上，也就一笑了之。令巫氏沒有想到的是，二人再度相會竟是20年後的北京飯店國賓館，作為諾貝爾物理學獎得主的李政道自是中國政要迎接的貴賓，而巫氏的身份則是一個剛從牛棚裏放出來“內部控製”的“牛鬼蛇神”。當然，這是後話。
巫寧坤於這年的8月中旬自廣州乘火車來到北京，與分別兩年多的趙蘿蕤見麵並順利進入燕大西語係任教。此時巫寧坤心中有一種忐忑不安、坐臥不寧的感覺，這種感覺絕不是由於對北京和燕大校園以及人事而來，而是發乎一種看得見又辨不分明、忽隱忽現的底色之中。或者說，當他風塵仆仆的身影進入北京城的那一刻，就有一種不祥的預兆衝入心頭，而使他突發這一預感的則是前往北京前門火車站迎接自己的趙蘿蕤。麵對書生們心目中仙女下凡般的一代美人趙蘿蕤，巫氏卻“不無好奇地看到，她的衣著起了很大變化。當年在芝大，她總愛穿一身樸實無華的西服，顯得落落大方，風度宜人。眼前她身上套的卻是褪了色的灰布中山服，皺巴巴，不倫不類，猛一看人顯得有些憔悴了，但風度不減當年”。[23]
巫寧坤到校不久，趙蘿蕤即安排其教授“英國文學史”和“高級英文作文”的四年級課程，並鼓勵試用馬列主義觀點講授英國文學史。不料幾個月後“知識分子改造運動”從天而降，北京市委工作組進入校園，要求“人人過關”，並且發動全校批鬥趙紫宸、陸誌韋，以及哲學係主任張東蓀，要求人人與他們“劃清界限”。[24]作為趙紫宸女兒和陸誌韋幹女兒的趙蘿蕤自是不能幸免，成為討伐批鬥的對象，又因為巫寧坤是趙從美國引薦而來，巫氏也就很難“過關”。其結果是所教的課程下馬，繼之在1952年全國院係調整中因燕大與北大部分科係合並而被掃地出門，“發配”到了南開大學。對於這段經曆，巫寧坤在回憶中說：“7月，蘿蕤來訪，向我傳達本係教師分配情況。五名教授中，她本人和其餘三位教授都去北大（南按：三人指俞大絪、胡稼貽、吳興華），唯有我的去處是天津南開大學。話一出口，她就忍不住放聲哭了起來。我明白她的心情。當初是她讓我放棄未完成的博士論文，萬裏來歸，而現在卻隻能讓我任人擺布，無可奈何，吉凶莫測，她怎能不感到由衷的負疚？當初，她滿懷信心，要壯大燕京的英語教授陣營，以芝大英語係為藍本建立一個優異的英語專業。如今她以稀有的才華構建的象牙之塔在狂風暴雨中化為灰燼，美好的夢想成為鏡花水月，她怎能不傷心欲絕？”[25]盡管趙蘿蕤傷心欲絕，無奈大廈已傾，除了“相顧無言，唯有淚千行”，夫複何言？
巫寧坤被當政者踢出燕大校園，於1952年11月秋風蕭瑟中，偕老繼母帶著簡單的行李由前門火車站乘車駛往天津，進入南開大學外語係任教。正是這段因緣，當巫寧坤得知當年的同學好友穆旦夫婦歸國的消息後，在校方缺乏師資急需用人的情況下，經巫氏牽線、校方與教育部批準，穆旦夫婦於1953年5月雙雙跨入南開大學的校門，穆旦出任外文係副教授，周與良為生物係副教授。這對年輕的夫婦算是所學有成，葉落歸根了。
穆旦夫婦任教南開之後，分配的宿舍與巫寧坤相鄰，經常相互串門聊天，從清華到燕京，從西南聯大到芝加哥大學，從提前歸國的陳夢家、趙蘿蕤，到遲遲觀望尚未決定動身的楊振寧、李政道等，另有南開大學的過去與未來……有的是回憶，有的是話題，有的是憧憬與夢想。歸國時的孤獨與寂寞消失殆盡，有的是在新的天地裏奮起的身影和理想。在這期間，因先前得到巴金夫婦的鼓勵和新形勢的需要，穆旦在授課之餘，加緊翻譯外國名著。繼1953年12月譯完季摩菲耶夫的《文學原理》之前兩部分《文學概論》《怎樣分析文學作品》，並由巴金主持的上海平明出版社出版之後，1954年2月，穆旦又翻譯並在平明出版社出版了蘇聯季摩莫菲耶夫的《文學發展過程》。之所以在如此短的時間內就完成了上述工作，是因為穆旦早在芝加哥大學時，就已經通讀了俄文原版並斷斷續續地做了一些翻譯筆記。上述三種文學理論著作的出版，立即引起了國內文學理論家的注意和好評，被許多高校作為文學概論課教材選用並受到師生的喜愛。