事件的起因是南開大學外文係召開批判“俞平伯《紅樓夢》研究”的討論會上，以巫寧坤、李天生為首的幾位外文係教授，按規定批了一通俞平伯的錯誤思想，話題逐漸轉向了外文係領導人，對係領導專斷和不民主的作風以及學術水平低下提出了批評，同時對南開大學如何改進教學工作提出了批評性意見和建議。當時的穆旦也準備了發言稿，但他剛講了一句話，就被早已氣灌心胸、怒衝丹田的會議召集人厲聲打斷，不許其繼續講下去。穆旦見來勢凶猛，揣起發言稿起身離開了會場。巫寧坤等教授麵對召集人如此粗暴蠻橫大為不滿，指責其“這種做法不對，要讓大家把話說完”。[31]召集人眼看幾個書生竟敢當麵對自己不敬且還頂撞起來，怒發衝冠，用拳頭狠狠地捶著桌子將巫寧坤等幾人罵了個狗血噴頭，繼而起身離座，一腳將桌子踹翻，轉身走人。巫寧坤等幾位教授先是目瞪口呆，待慢慢回過神兒來，一個個垂頭喪氣地各自回家。當天晚上，南開大學把巫寧坤等參加會議發言的幾位教授定為“反黨小集團”。盡管穆旦隻說了一句話就被打斷並離開了會場，仍被以與巫寧坤等人過從甚密，且不懷好意地“準備發言”為由，羅織到“反黨小集團”之中。——這便是南開大學轟動一時的“外文係事件”。
這次事件帶來的後果是：巫寧坤與李天生被隔離審查，中途退出的穆旦在接受審查的同時，抗戰期間參加過“中國遠征軍”的曆史被重新翻出，並作為一種逆天大罪成為“肅反”的對象。當年的穆旦於野人山叢林中九死一生終於活著逃了出來，想不到事隔十年，他在野人山的光影裏複陷入另一個看不見、摸不著、再也逃脫不掉的羅網遍布的深山大澤。隨著“審查”不斷深入，穆旦由國民黨遠征軍的“偽軍官”和“蔣匪幫的英文翻譯”，晉升為曆史和現行的“雙重反革命分子”。當1955年大規模批判聲討“胡風反革命集團”運動興起時，南開文學院召開全院教職員100多人的大會，主持會議者聲色俱厲地宣布巫寧坤不僅是南開的頭號“暗藏的反革命分子”，而且是穆旦等人組成的“反革命集團”的頭目。主持者的話音落下，巫寧坤與穆旦被從人群中揪到“鬥鬼台”接受批判。正當一夥積極分子蜂擁而上，揪住巫寧坤與穆旦等人脖頸往“鬥鬼台”連拖加拉的混亂之時，另一夥積極分子跳上講台宣布在這個集團的背後，還隱藏著一批“反革命分子”，也要一同揪出來。在咄咄逼人的態勢和一片嘯叫聲中，一個曾任偽滿洲國皇帝溥儀翻譯官的俞姓俄語講師，嚇得當場昏倒在地，口吐白沫不省人事，隨後被人抬出扔到會場之外，以落後分子“裝死”處理。
繼這次行動之後，穆旦和巫寧坤因在芝加哥大學攻讀的經曆，又被“晉升”為“美國特務”，接下來是搜查凶殺武器和秘密電台等行動。對於這段經曆，周與良與巫寧坤皆有回憶文字傳世，據巫的回憶說：就在那位曾任偽滿洲國皇帝溥儀翻譯官的俞姓俄語講師當場昏倒的批判會結束後，他剛到家，就有三男一女破門而入，自稱是公安人員，還亮出一張“搜查證”。那個女的竟搜查已經有孕在身的巫寧坤的妻子李怡楷，並搜查已患糖尿病多年的老繼母的身。翻箱倒櫃地搜查，東西扔得滿地，並問巫寧坤有沒有手槍和別的武器、收發報機等。來者折騰了半天，沒有找到任何與“特務活動”有關的物證，感到很失望，便把巫的信件、地址本、筆記本、文稿等全部帶走。臨出門時，有一人還踹了巫寧坤一腳，警告讓其老老實實，不要自絕於人民。
當此之時，穆旦夫人周與良雖也有在芝加哥大學的求學經曆，但平時在校不顯山露水，實在沒有把柄可抓。更重要的，以她時任天津市副市長的父親為中流砥柱的龐大家族還沒有倒塌，且屬於光榮的“革命家庭”之列，校方一時無可奈何，其家庭成員的角色從周與良的大哥周一良的回憶中可看出一斑：“我們家大多數對他（南按：指穆旦）過去的情況都不夠了解，因此他每次到我們家來，當大家（兄弟姐妹十人中六個黨員，兩個民主黨派）歡聚在父母身邊，興高采烈，高談闊論時，他常常是向隅獨坐，落落寡歡。許多年中，我去天津，記得隻上他家去過一次。現在回想起來，那時我們對他的態度是非常不公正的，感到非常內疚。”[32]