吳晗的擔心很快成為事實，因校委會出台的規定，同樣牛氣哄哄，自認為校長是老大、自己是老二，甚至與老大平起平坐的清華會計科科長，一查登記簿，沒有吳晗的大名，於是斷然決定不發給工資。吳晗解釋說自己原是清華的教授，幾個月前才竄出清華溜到了解放區，為革命拋頭顱，灑熱血，很不容易，沒有功勞也有苦勞，沒有苦勞也有疲勞，清華應該發給自己離校期間的工資作為苦勞或者疲勞的報酬和獎賞雲雲。但會計科長堅持讓吳去找主持清華校務的馮友蘭，隻要馮簽字認可，會計科就照辦，否則，說你曾受到列寧、斯大林接見，於蘇聯莫斯科紅場那旮旯溜回來也沒用。吳晗對馮友蘭自是露出不屑一顧的態度，表示堅決不理那塊洋鹹菜。如此這般，雙方你來我往地較起勁兒來。任憑吳晗如何搖頭晃腦地來回比畫，唾液飛濺地加以解釋，那位牛氣衝天的會計科長心中隻有馮友蘭而沒有吳晗，其態度咬鋼嚼鐵般生硬，毫無通融的餘地。爭得急了，會計科長嘴裏大聲叫嚷道：“原來是什麼，不見得現在是什麼，原來蔣介石還是總統，現在不是下野了嗎？原來汪精衛是國民黨領袖，現在不成為漢奸了嗎？”吳晗聞聽，知道這位會計科長壓根就沒有把自己這位即將登上政治舞台的紅色人物放在眼裏，盛怒中臉漲成紫黑色，嘴裏嘟囔著別人聽不清楚的狠話，揚長而去。
很快，吳晗在中共接收委員會上就清華的登記問題做了慷慨激昂的發言，大意是：“清華規定，凡是從解放區回來的都得登記。我不了解‘登記’這個名詞的新的含義，大概新的含義是對於有問題的人才稱為‘登記’。”[23]吳晗的發言引起了中共接收大員的高度重視，認為清華校方主持者對到解放區的革命師生不懷好意，甚至產生敵意，遂拿出對付敵人的辦法對付這些先進的革命者，這成何體統？於是，中共文管會派出大員到清華追查責任，作為校委會主席的馮友蘭自是首當其衝，成為追查和斥責的對象。向來口吃的馮友蘭依舊是支支吾吾說不清楚，弄了個灰頭土臉，最後懵懵懂懂地挨了一頓警告和拐彎抹角的敲打。
未久，隨著解放軍入主北平並穩住陣腳，中共文管會負責人錢俊瑞到清華宣布：派吳晗為軍代表，主持清華校務。待南京被解放軍占領之後，清華大學校務委員會奉命改組，由葉企孫出任主任委員，吳晗為副主任委員兼文學院院長兼曆史係主任。馮友蘭被一腳踢出領導者圈外，免去本兼各職，專任哲學係教授，一下便垮了下來。待馮氏東山再起，並緊跟高舉，擠入“四皓”之列，成為江青卵翼下名震海內的“梁效”一員，則是十七年之後的事了。那時的吳晗不鬥自垮，最後被弄上了絞刑架。這個結局，算是為馮友蘭出了一口埋藏在心中發酵得太久且有些酸臭的惡氣。
1949年11月，時任清華大學軍管會副代表、文學院院長兼曆史係主任吳晗受中共高層之命到蘇聯訪問。回國途中，聽到無線電台廣播自己當選為北京市副市長的消息。吳在丁零當啷的火車上沒事偷著樂的同時，按照官場老規矩，立即給周恩來總理發了一封電報表示婉拒，謂自己想“繼續從事史學研究和教育工作”雲雲。周恩來接電，也按照老規矩，以“勸進”的方式出麵與吳談話。吳晗經過三天三夜的思考（如果是三個小時，顯然是少了，不成體統），懷著救斯民於水火的信念和“為顧大局”的胸懷，答應就職。——這種古代留傳下來的“勸進”方式，在吳晗身上，頗有點《聖經》上說的猶太教徒掃羅（保羅）最後歸教的故事。而日後的吳晗對中共的狂熱追求，以及“加入黨組織”的堅忍不拔之誌，可謂比掃羅還掃羅。
自出任北京市副市長之後，吳晗搬到市政府高大威嚴的樓宇中寬敞明亮的辦公室辦公，一直被吳晗架空、名義上的清華校委會主任葉企孫，這時才算正式成為清華園的一把手。