世宗死後，穆宗即位，穆宗還不錯，可惜短命，七年就死了。他死後，神宗即位，就是萬曆皇帝。神宗可真神啊，就幹一件事——數錢，整天盤在炕上數錢。這就是朱元璋給他子孫的遺傳基因，整個一個土財主。你看人家李後主、宋徽宗，雖然做皇帝不合格，但在中國藝術史上閃耀著不滅的光輝。看明朝這幫皇上，真讓人無語。神宗皇帝好像一輩子就出過一回紫禁城，上昌平十三陵看看自己的墳地，一看修得挺好，在地宮裏開了個宴會慶祝一下喬遷之喜就回來了，繼續數錢。他在住的宮殿後頭挖一個大坑，埋上300萬兩銀子。他比較肥胖，整天在炕上盤著，左腿萎縮了。每天晚上，太監攙著他一拐一拐的，到坑邊兒看看，我的銀子還在嗎？還在，能睡得著覺了，不然睡不著覺。最後，銀子全讓太監偷光了。
為什麼十三陵考古先刨他的墳呢？因為他的墳——定陵裏邊好東西多。長陵怕有《永樂大典》不敢刨。別的皇上沒他東西多，他一輩子攢錢，什麼都往自家拿。某地方發現煤了，他派個鎮守太監去，把錢弄宮裏來。另一個地方絲綢不錯，派個鎮守太監，弄宮裏來。皇宮裏邊的銀子，發黑變脆氧化，國庫裏邊除了耗子屎什麼都沒有。那時候跟後金努爾哈赤打仗，國庫裏沒錢，大臣請皇上開內帑[3]。皇上說不成，這打的是國仗，憑什麼開內帑啊！給國家打仗，憑什麼讓我掏錢？我不掏。沒錢你加稅，讓老百姓多交點兒稅不就行啦，我就不掏這錢。大臣說，這江山都是你的。皇上說，江山我沒看見，銀子我看見了。幾千萬兩藏起來，年年給百姓加稅，老百姓能不造反嗎？
張居正改革
到了明朝中葉，貴族大地主兼並土地的情況相當嚴重。全國納稅的土地約有一半為大地主隱占，拒不繳稅，嚴重地影響了國家收入。穆宗隆慶元年（1567年）底戶部統計，太倉僅存銀130萬兩，而應支官軍俸銀135萬、邊餉銀236萬、補發年例銀182萬，三項總支出計需銀553萬兩。以當時的現銀當之，隻夠三個月的開支。京倉存糧也隻夠維持在京官軍的月糧兩年多。明王朝的財政拮據到了可怕的地步。蒙古、女真時常入寇邊塞，在南方，叛亂時作。黃河屢次決口，動輒漂縣數十。社會矛盾激化，農民起義接二連三地發生。明王朝處於危機四伏的境地。
明穆宗在位的時候，大學士張居正因為才能出眾，得到明穆宗的信任。穆宗臨死前，遺命張居正等三個大臣輔政。明神宗即位不久，張居正成了內閣首輔。在明神宗萬曆年間，連續十年擔任內閣首輔。為挽救明朝統治的危機，他從軍事、政治、經濟等方麵進行整頓，尤重於經濟改革，企圖扭轉嘉靖、隆慶以來政治腐敗、邊防鬆弛和民窮財竭的局麵。
他采取的措施主要包括：
在內政方麵，他首先整頓吏治，加強中央集權製。張居正創建了“考成法”，嚴格考察各級官吏貫徹朝廷詔旨的情況，要求定期向內閣報告地方政事，提高內閣實權，罷免因循守舊、反對變革的頑固派官吏，選用並提拔支持變法的新生力量，為推行新法作了組織準備；並且整頓了郵傳和銓政。他的為政方針是：“尊主權，課吏職，行賞罰，一號令”和“強公室，杜私門”。
在軍事上，為了防禦女真入寇邊關，張居正派戚繼光守薊門，李成梁鎮遼東，又在東起山海關、西至居庸關的長城上加修了“敵台”3000餘座。他還與韃靼俺答汗之間進行茶馬互市貿易，采取和平政策。從此，北方的邊防更加鞏固。在二三十年中，明朝和韃靼沒有發生過大的戰爭，使北方暫免於戰爭破壞，農業生產有所發展。萬曆七年（1579年），張居正又以俺答汗為中介，代表明朝與西藏黃教首領達賴三世建立了通好和封貢關係。在廣東地方，派兵剿滅了惠州府、潮州府、瓊州府的叛亂，嶺表悉定。這對安定各地人民的生活和保障生產正常進行，發揮了積極作用。
在水利方麵，萬曆六年（1578年），張居正推薦、起用先前總理河道都禦史潘季馴治理黃河、淮河，並兼治運河，很快取得了預期的效果。萬曆七年二月，河工告成，河、淮分流。黃河得到治理，漕船可直達北京。
在經濟上，整頓賦役製度，扭轉財政危機，這是張居正改革的重點。他認為，賦稅的不均和欠額是土地隱沒不實的結果，所以要解決財政困難的問題，前提就是勘核各類土地，遂於萬曆八年十一月下令清查全國土地。在清查土地的基礎上，張居正推行了一條鞭法，改善了國家的財政狀況。