在重慶期間，國共兩黨整個談判過程幾經周折，充滿了激烈的政治鬥爭。鬥爭的焦點是軍隊和解放區問題。
在軍隊問題上，國民黨處心積慮地要取消中國共產黨領導的人民軍隊，中國共產黨在長期的革命鬥爭中深深地認識到，沒有人民的軍隊便沒有人民的一切。但為了爭取和平，共產黨在談判中做了必要的讓步。中國共產黨提出公平合理地整編全國軍隊，表示中共領導的軍隊可以大量削減。當時人民軍隊人數已超過100萬，共產黨方麵提出改編為48個師，而當時國民黨的軍隊為263個師。但國民黨方麵斷然否定中共的提議，苛刻地要求“中共軍隊之組編，以12個師為最高限度”，甚至要求共產黨“交出軍隊”。其後共產黨又進一步作出讓步，同意國民黨263個師，共產黨43個師，比例接近7∶1。國民黨方麵提出軍隊將編至140個師，中共方麵提出可相應改編為20個師，雙方軍隊比例仍為7∶1。經過共產黨多次讓步與力爭，國民黨方麵才表示“可以考慮”。
關於解放區問題，中國共產黨提出解放區民主政府的存在是革命發展的結果，它受到人民的支持和擁護。從談判一開始，共產黨方麵就提出“承認解放區及一切收複區的民選政府”，但國民黨方麵則表示“承認解放區絕對行不通”，將解放區斥之為“封建割據”。爭論最激烈的軍隊和解放區問題一直懸而未決，談判一度陷於停頓。
為使談判獲得進展，中共方麵先後做過多次讓步。10月上旬，談判獲得進展，毛澤東表示國共雙方在一起商量團結合作、和平建國問題具有重大的曆史意義，強調“和為貴”，一定要用和平的方針來解決兩黨的爭端。10月10日，國共雙方代表王世傑、張群、張治中、邵力子和周恩來、王若飛共同簽署了《政府與中共代表會談紀要》，即《雙十協定》。《紀要》就和平建國的基本方針、政治民主化、國民大會、黨派合作、軍隊國家化、解放區地方政府等12個問題闡明了國共雙方的見解。其中有的達成了協議，有的未取得一致意見。國民黨方麵接受了中共提出的和平建國的基本方針，承諾要堅決避免內戰。
重慶談判的內容比較務虛，提出堅決避免內戰，但不好操作。唯一可操作的就是召開政治協商會議，兩個問題爭論激烈，軍隊國家化，政治民主化。解放區自衛戰爭的勝利和國民黨統治區反內戰運動的高漲，迫使國民黨政府按照《雙十協定》的要求召開政治協商會議。
戰場、談判桌遙相呼應
國共還在重慶談判期間，武裝衝突就已不斷。東北、華北是中共戰後戰略的重點。平漢、平綏和津浦鐵路沿線早已戰火紛飛。毛澤東在兵力處於劣勢的情況下，鼓勵大家不要怕。我們希望和平統一中國，但是蔣介石來勢凶猛，對我們的壓力很大，除抵抗之外，別無他法。不打肯定被消滅。我們主張和平，但不屈服於武力，打而勝之的可能性很大。國共雙方一麵在戰場上彰顯自己的軍事優勢，另一方麵在談判桌上唇槍舌劍，戰場上的勝敗，會增加或削弱談判桌上的籌碼，而為爭取社會輿論與人心，談判不得不繼續，而且為戰爭所不能代替。
國共雙方在華北發生大規模軍事衝突的時候，國共交涉暫時中斷，國共兩黨在政治、軍事上重新對抗，談判無法繼續。激烈的武裝衝突和國內劍拔弩張的氣氛，引起了社會各界的擔憂。國內中間黨派及各方力量強烈呼籲繼續和談，美國一直希望中國能夠和平解決內部爭端。美國於1945年12月，再次派馬歇爾將軍來華，作為美國總統的特使，調解處理國民黨和共產黨之間的關係。
1946年1月，美國馬歇爾將軍、國民黨代表張群、共產黨代表周恩來組成三人調解小組，調解國共軍事衝突。
中國共產黨不希望再開戰事，但國共兩黨絕無組織聯合政府、和平共存的可能。將中國共產黨的軍隊國家化，將中國共產黨的部隊編入國民黨軍隊的建製，要共產黨繳械，是在讓共產黨自尋死路。毛澤東說：“和談是另一次戰爭的政治準備。”戰爭初期，共產黨在軍事上並沒有占據上風，便往狗嘴裏扔扔骨頭，投其所好。