會議過後，傅斯年即委派北大教授陳雪屏與鄭天挺由昆明趕往北平，接收北京大學校產，為學校複員做準備。當陳鄭二人抵達北平，首先遇到的就是一件頗感頭痛的麻煩事。1937年盧溝橋事變之後，北京大學教職員工與學生倉皇南下，占領北平的日軍利用原北大的校舍和來不及遷運的圖書設備，又成立了一個偽“國立北京大學”，並招生開課，對中國青年進行奴化教育。當時未隨校南遷，仍留在北平並漸漸墮落為漢奸的湯爾和、錢稻孫、鮑鑒清等原清華、北大教授，先後出任偽北大“總監督”和“校長”等職，魯迅之弟周作人和著名古器物與古文字學家容庚等沒有南遷的原北大、燕京大學教授也相繼下水，周作人出任偽北大教授兼文學院院長，容氏出任文學院教授。此次陳雪屏北上途中，又接到國民政府教育部命令，令其接收北平日偽各校的學生，辦理北平臨時大學補習班等事宜。總體方針是不管是真北大還是偽北大，全部照單接收，然後把教職員弄到一起辦學習班，鑒別之後再做是否錄用的決定。但這一點與傅斯年的想法大相徑庭，因而導致抵達北平做接收的陳鄭二人不知如何是好。
傅斯年向來最痛恨不講民族氣節的儒生文士，對他的先祖傅以漸當年沒有率領梁山一帶的英雄好漢參加抗清複明運動，揮動花和尚魯智深遺贈的月牙鏟，或天殺星黑旋風李逵喝了宋江端來的毒酒砰然倒地後遺落在家鄉的黑鐵銅頭板斧，來個“驅逐韃虜，恢複中華”，且還參加了滿清入關後首次鄉試、殿試，得中順治朝狀元並做了滿清王朝的高官大員，一直耿耿於懷，深以為恥。對與自己同一時代的親朋故舊、同事友好，在民族危亡的緊要關頭，不顧名節和民族大義，甘願為日本小鬼子驅使的大小知識分子更是深惡痛絕，恨不得立即將其擒獲，按入老虎凳灌一頓辣椒湯，或幹脆推出轅門斬首而後快。據傅斯年研究專家王汎森對存在台北史語所的“傅斯年檔案”整理研究，發現許多細節都與傅氏具有強烈的民族主義情緒有關，比如他特意收集一小袋有關鄭成功墳墓、祠廟的照片，並在其中一張照片背麵題道：“民族主義者鄭成功起義的地點是南安縣東文廟。”
又如他在抗戰勝利後馬上寫信到北平問文天祥祠是否無恙，後來當他為開除日據時代北大“偽教員”一事與北平教育界鬧得不可開交時，請視察北平的蔣介石與自己同遊文氏祠，並合照於“萬古綱常”的匾額之下。這種民族主義情緒還表現在更細微之處，如傅斯年在記筆記時，將有關中亞曆史者列為“虜史”；又如傅氏讀淩廷堪《校禮堂文集》，作者主張以曆史上幾個胡人政權為正統的文字時，便寫了不少眉批痛斥淩氏。此外，還將民族主義情緒發展為對教會學校的排斥與競爭。當年傅斯年與陳寅恪等竭盡全力耗巨資購買從故宮流出的明清內閣檔案，其中一個很大的原因就是怕這批珍貴資料流落到燕京大學，尤其是日本人之手。更有甚者，傅斯年曾說過，寧願中國赤化，也不願做日本的殖民地。而在史語所大舉校《明實錄》時，曆史學者吳豐培來函建議參校日本的善本，傅氏回答說，“即使日本有善本也不用”。[47]
正是內心存有這樣一股強烈的民族主義情緒，1945年10月底，傅斯年由重慶飛往北平處理北大事宜，陳雪屏等人到機場迎接，傅走下飛機第一句話就問陳與偽北大教員有無交往，陳回答說僅限一些必要的場合。傅聞聽大怒道：“‘漢賊不兩立’，連握手都不應該！”[48]當場表示偽校教職員堅決不予錄用，全部都要屎殼郎搬家——滾蛋。同時表示要請司法部門將罪大惡極的儒林敗類捉拿歸案，打入囚車木籠，來個“斬立決”等。
蝸居在北平的偽教員們聞聽傅斯年擺出一副秋風掃落葉式的無情模樣，既驚又怕，特別是按照陸軍總部“征調”偽敵人員服務辦法，已經進入補習班任教的偽北大教授，更是惱羞成怒，不僅四處鼓噪，還企圖渾水摸魚，負隅頑抗。偽教授們經過一番密謀，暗中聯合起來以罷課相要挾，不承認自己屬於偽敵人員被“征調”，而是國立北京大學永久的合法教授，並糾集起來共同向時任國民黨北平行營主任的李宗仁請願，強烈要求入主複員後的北大，繼續擔當傳道授業解惑、萬世不朽的人類靈魂工程師。為表示自己的正統與合法性，偽北大教授、古器物學家容庚於11月7日北平《正報》發表了致傅斯年的“萬言書”，借此抗議並為自己的行為辯護。書曰：