遭受一頓皮肉之苦的劉文典並未服氣，蹦著高兒大罵了一通蔣氏是一個軍閥狂徒之後，卷起鋪蓋離皖赴京返北大繼續任教。欲乘輪東下之際，安大師生、當地群眾與省政府官員近千人到長江碼頭送行，省府代理主席孫孟戟拉著劉氏的手滿含歉意地說：“雖在縲絏之中，而非其罪也。”[10]這是孔子當年談到被官府捉拿到牢獄的弟子公冶長時說過的話，意思是其人雖然被關在牢獄裏，但這並不是他的罪過，後來孔子把自己的女兒嫁給了公冶長。孫氏此言當然沒有把女兒嫁給對方之意，但對劉文典不計名利得失，敢於和蔣介石拚上一家夥的膽魄與精神深感敬佩，遂以孔子之言示之。——令劉文典沒有想到的是，正因了這一段傳奇經曆，他的聲名一夜間傳遍國內，為天下儒林士子所重。
就在抵達上海等待赴京的短暫間隙，劉文典專程拜謁了他的老師章太炎。1927年5月，章氏被上海市黨部臨時執委會指名為國內第一號學閥，呈請國民黨中央加以通緝。此時的章太炎因對國民黨與蔣介石不滿，在同孚路賃寓閉門杜客，對國事、學術俱保持緘默，隻是偶爾憋不住罵幾句蔣介石“罪魁”以泄胸中憤懣。當他聽畢劉文典當麵怒斥蔣介石“新軍閥”等事件始末，神情大振，當即抱病揮毫，書寫了“養生未羨嵇中散，疾惡真推禰正平”對聯相贈。贈聯借用漢末狂士禰衡擊鼓罵曹的典故，對蔣介石的專橫獨裁進行了抨擊，內中透出對弟子所表現出的疾惡如仇精神的讚許。
到達北平後，劉文典於1929年5月21日會見了“少年同門，中年同事”，即同為章太炎門下弟子，並在北大任教的魯迅，就有關軍閥的所作所為“談了一通”（《魯迅日記》）。據劉文典回憶說：“老友重逢，欣然道故，真有說不出的高興。我拉一把椅子，坐在他的藤椅邊，說了半天的話。他平日很健談，但是很少發笑，這一次談到廣東軍閥考察他的思想時那種愚笨的很滑稽的情形，也撐不住發笑了。”[11]就是這次會見，劉文典詳細談了自己在安徽大學與蔣介石衝突的細節和內幕，對其表現出的精神風骨與氣節，魯迅深表欽佩，事隔兩年都念念不忘。1931年12月11日，魯迅在左聯主辦的刊物《十字街頭》，以佩韋的筆名發表了《知難行難》一文，內中說道：“安徽大學校長劉文典教授，因為不稱‘主席’而關了好多天，好容易才交保出外，老同鄉，舊同事，博士當然是知道的，所以，‘我稱他主席！’”以此諷刺赴南京謁蔣介石的胡適等人的軟骨症。一時間，此文風傳學界，搞得“我稱他主席”的胡適大栽臉麵。[12]
劉文典在北大任教兩個月後，又接受清華校長羅家倫聘請，出任清華大學國文係教授，與陳寅恪成為同事，同時在北大繼續兼課。1931年8月，因朱自清休假出國，劉文典代理中文係主任，成了陳寅恪的直接上司。此後八年間，劉文典繼續進行古籍校勘工作，發奮著述，成果頗豐，先後完成《三餘劄記》《莊子補正》等著作，在學術界又引起一陣不小的震動，堪稱國學領域唯一可與陳寅恪過招並有一拚的重量級大師。
鐵蹄下的書生骨氣
關於劉文典在北大和清華任教時的性格、神態，錢穆與周作人已有勾畫，大體是不差的。錢氏文中所說的劉文典“晚年喪子”一事，發生於1931年著名的“九一八”事變之後。
麵對日軍大舉侵占中國東北領土，進逼華北，張學良軍隊不戰而退，東北淪陷，舉國悲憤，學界更是群情激昂。北平青年學生為敦促國民黨政府出兵抗日，除罷課結隊南下向政府請願，還發起臥軌請願行動。時劉文典的長子劉成章正在北平輔仁大學讀書，欲參加臥軌行動，回家請示後，得到了劉文典支持。作為教授的劉氏認為在中華民族生死存亡的非常時期，若非采取一些極端辦法，不足以令高高在上的黨國領袖和軍政大員醒悟並認識到下層民眾的力量。當時北平已進入了滴水成冰的嚴冬季節，身體羸弱的劉成章因在雪雨交加的曠野裏連夜行動，饑寒交迫，不幸身染風寒，不治而亡。
劉文典失子之時為42歲，正是人生的鼎盛時期，算不上錢穆所說的“晚年”。中年喪子，給予劉氏精神上的打擊可想而知，在極大的悲憤憂傷中，原本就較單薄的身體漸漸垮了下來。後來，隨著馮玉祥發起的“長城抗戰”事起，劉文典似乎又看到了一線救亡圖存的希望。國難家仇使他強打精神，每次上課都要給學生講一段“國勢的阽危”，並以自己兩度留日的親身感受和對這一民族曆史的觀察研究，告訴弟子們日本對中國的險惡用心及曆史背景，號召學生們趕快起來研究日本，以便找到這一民族瘋狂無忌的根源、症結與“死穴”，在未來抗戰中給予致命的打擊。與此同時，極具血性的劉文典懷著國破子亡的悲憤心境，夜以繼日地翻譯與日本有關的資料，有時竟通宵達旦工作。據一位學生回憶：“有一天上國文課時精神萎靡得連說話都幾乎沒有聲音，說是因為昨晚譯書到夜裏三時才休息。我當時聽了劉先生的話，眼淚真要奪眶而出了。”[13]