麵對飛機不能降落和城門不開的混亂危險局勢，胡陳兩家隻好乘車返回東廠胡同暫住，等待第二天早晨再次行動。當晚，鄧廣銘到東廠胡同與陳寅恪話別，陳對鄧意味深長地說了下麵一段話：“其實，胡先生因政治上的關係，是非走不可的；我則原可不走。但是，聽說在共產黨統治區大家一律吃小米，要我也吃小米可受不了。而且，我身體多病，離開美國藥也不行。所以我也得走。”[36]
15日，平郊戰火蔓延，槍炮聲更趨雜亂緊急，清華園已成為共產黨的天下。蔣介石親自下達手諭派出飛機再次飛往北平，胡陳兩家趕至中南海勤政殿等候。守城司令傅作義下令城外部隊組織兵力向南苑機場攻擊，不惜一切代價奪回機場，完成“搶救學人”的計劃。經過兩個輪次的浴血苦戰，解放軍退縮，國民黨軍暫時奪回了機場的控製權。下午，南京派出的飛機冒著解放軍的炮火在南苑機場緊急降落，傅作義命人通知胡適等人立即前往登機。於是，胡陳兩家立即從勤政殿門前換乘傅總司令的座駕駛往南苑機場，而在胡、陳兩家前後陸續到達機場的尚有北大與清華的毛子水、錢思亮、英千裏、黃金鼇等著名教授。因時間緊張，被“搶救”南飛的教授大多除了手中幾件行李，再無他物，胡適的匆忙更使他在城內東廠胡同的家中遺落了數十年來與友朋弟子的大量通信以及日記等珍貴資料。十七八年後，其中的一些信件竟成為他早年提攜栽培的學生吳晗“投靠帝國主義洋奴、買辦、走狗”的一大罪證。在行前的匆忙慌亂中，胡適於14日給北大秘書長鄭天挺和湯用彤等人留下了一張便箋：
今早及今午連接政府幾個電報，要我即南去。我就毫無準備的走了。一切的事，隻好拜托你們幾位同事維持。我雖在遠，決不忘掉北大。[37]
這是胡適與他傾注了半生心血的北京大學的最後辭行，此一去竟成永訣，再也沒有回到這塊令他魂牽夢繞的古城舊地。在這天的日記中，胡適寫道：
昨晚十一點多鍾，傅宜生（南按：傅作義）將軍自己打電話來，說總統有電話，要我南飛，飛機今早八點可到。我在電話上告訴他不能同他留守北平的歉意，他很能諒解。
今天上午八點到勤政殿，但總部勸我們等待消息，直到下午兩點才起程，三點多到南苑機場。有兩機，分載二十五人。我們的飛機直飛南京，晚六點半到，有許多朋友來接。
兒子思杜留在北平，沒有同行。[38]
此次南行，胡適為時人和後世留下的懸案頗多，其中之一便是小兒子胡思杜為何獨自留在北平。因胡適日記中隻有一句簡單記載，其他流傳的資料又無直接證據加以釋解，致使胡思杜自殺之後，成為言人人殊的不解之謎。
金陵王氣黯然收
當胡適、陳寅恪及其家眷與毛子水等教授乘坐的飛機抵達南京明故宮機場時，王世傑、朱家驊、傅斯年、杭立武、蔣經國等前往迎接。對這一不可多見的曆史性場景，隨行的《申報》記者做了如下報道：
胡適夫婦抵京
【本報南京15日電】北大校長胡適及夫人，十五日下午六時三刻自平乘空運大隊專機飛抵首都，同行者有名史學家陳寅恪教授闔家，前平市副市長張伯謹夫婦及北平英文時事日報社長王雲槐等。按總統日前曾遣專機於十四日赴平迎胡氏南來，然以故都局勢陡緊，機場不能使用，致專機未克降落，乃延至十五日始完成是項使命。胡氏下機後，與蒞臨機場歡迎之王世傑、朱家驊、蔣經國、傅斯年、杭立武等握手寒暄。據雲：平市軍情十五日已趨鬆弛，人心頗為安定，旋即偕夫人赴總統府方麵預為準備之寓邸休息，入晚除朱家驊等往訪，談平市教育界情況外，甚少賓客，且因旅途疲勞，就寢頗早，亦未外出。
就在胡適、陳寅恪等人飛南京的當天，國民政府行政院第29次會議通過，正式免除台大校長莊長恭職務，任命傅斯年為國立台灣大學校長並公示。對於這份公示，傅斯年並未理會，仍將全部精力用在“搶救學人”的奔波中。眼見與胡適同飛南京的學界名流太少，第二天，傅斯年再擬一快函代電，通過航空係統由平津路局轉致北大秘書長鄭天挺，急切要求對方再做努力。函曰：
天挺：
空運隊可即派兩架機到平，兄前信中所開三批名單，作一次走，又中航機亦可能到平，其他可走者，應即準備勿延，與剿總聯絡，務即辦好送斯年。
此頁乞轉北大鄭秘書長天挺或清華梅校長！
弟 傅斯年
一、今日（十六）中航五架大部空歸，想校方未接頭好，可惜之至，以後必須先集中，每人隻能帶隨身行李，剿總協助，如協助胡校長是必須的！
二、通知時請千萬勿猶疑，猶疑即失去機會。
三、必須事先集中，與中航聯絡好。
四、凡北大鄭秘書長、或清華梅校長、或師大袁校長出證之搭客（教授及眷屬）均不必在北平付款，在京由教育部直付。