一、又一次進攻的效果甚微
“利根號”巡洋艦上的那位姓名不詳的偵察機駕駛員也許會因為早晨的麻煩事而不勝煩惱，但他卻不能抱怨說那天早上過得平淡無奇。首先，“利根號”於5時才讓他升空，比原計劃晚了1小時。對於時間觀念很強的日本人來說，這實在令人惱火。其次，他在彈射起飛進入4號搜索區後才20分鍾就發現了敵情。他立即向“利根號”報告說：“發現浮出水麵的兩艘潛艇……離我起飛地點80海裏。”幾乎可以肯定，這兩艘潛艇中一艘是“格魯珀號”，另一艘大概是英國人在最東邊活動的“約魚號”。
起飛後不到1小時，他再次發現敵情，並通過無線電作了第二次報告：“敵機15架正朝你飛去。”南雲於5時55分收到這一警報。他所發現的也許是4時30分由“約克城號”起飛的10架搜索飛機，因為當時美國的攻擊飛機還沒有起飛。5分鍾後，山口也證實發現敵機。於是南雲下令各艦的戰鬥機升空。有關這批美機的情況真也罷、假也罷，反正此刻它們己銷聲匿跡、無影無蹤了，而且此後也：再無下文。
一名偵察機駕駛員一天之中發現2艘潛艇、1.5架”敵機，肯定會興奮不已。可是對“利根號”上的這位飛行員來說，這才是個開頭。7時28分，他完成了外向搜索任務開始返回時，發現一個重大敵情，立即作了如下報告：“發現10艘水麵艦艇，像是敵艦，距中途島240海裏，方位10°，航門1.50°，航速20多節。”
這個報告猶如晴天霹靂，在“赤城號”艦橋上引起巨大震動。草鹿暗自思忖：他們原來在那兒！
源田回憶說；“南雲和其他參謀人員都覺得我們上了當，放鬆了警惕，同時也不知道怎樣來正確地審度當時的局勢。”
“10膠水麵艦艇，像是敵艦”，這種報告措辭當然是不明確的。在這一海域的軍艦隻可能是敵艦。南雲自己的部隊處於中途島攻略部隊的最東側，可以推測，這10艘軍艦不是德國的，當然更不會是意大利的，所以隻可能是敵艦。情報參謀小野寬次郎海軍少佐把敵艦位置在圖上標出後，發現它們離自己的艦隊正好200海裏。查明敵艦隊中是否有航空母艦乃是頭等重要的事情。倘若沒有，對日本人就不構成威脅。它完全處於日本艦載飛機的攻擊範圍之內，可以暫時讓它逍遙自在地遊弋，等到第二波攻擊很快地把中途島那邊的事幹完後，再回來收拾它也不遲。
但是，如果敵艦隊中真有一艘或幾艘航空母艦，那就大不一樣了。草鹿首先考慮到：“在報告中提及的活動在那片海域的敵艦隊不可能沒有航空母艦，肯定在某個地方。”可是他知道日本人不會取消對中途島的進攻，因為他認為，發現這支美國艦隊並沒有改變當初促成作出此決定的種種考慮。同時，他也忘不了“兩隻兔子”的爭論以及其後的訓令；攻打中途島乃首要任務。
因此，南雲作出的決定實際上是一種折衷。雖然他同意按預定日程進攻中途島，但又不能對在附近活動的10艘敵艦掉以輕心，也不能坐等“利根號”上的偵察機去查明艦種。所以他在7時45分傳令聽屬部隊：“準備攻擊敵艦隊，沒有換裝炸彈的攻擊飛機不要把魚雷卸下。”2分鍾以後他又下令“利根號”上的4號機“查明艦種，保持聯係”。
從7時28分收到情報到7時45分下達命令，其間顯然有17分鍾耽擱。為此，南雲受到許多指責。南雲本人的報告明確地說，他於8時左右才收到來自“利根號”上的偵察機的報告。山口和草鹿都同意這一說法。但7時45分和9時49分的命令說明，事實上南雲在7時45分之前已經收到了報告。然而，要說南雲收到報告後15分鍾舉棋不定是沒有根據的。從那天早上早些時候附有發報時間的電文中可以看出，從發電到收電之間的耽擱曾達到，4-23分鍾。例如，上文提到的那架偵察機關於發現潛艇的報告是5時20分發出的，5時40分才收到；小川關於襲擊沙島的報告發報時間是6時40分，“赤城號”於7時7分才收到。如此看來，“赤城號”艦橋收到7時28分的報告很可能在7時40分左右。這樣，用以標出航向，召集幕僚研究討論，然後由南雲作決定、下命令的時間就隻有5分鍾。
此刻，“赤城號”和“加賀號”的魚雷機換裝炸彈的工作大概已完成了一半。作業隊卸下魚雷.裝上炸彈後，飛機重新被起吊到飛行甲板上。南雲急令這項工作立即停止時，2艦的飛行甲板上已停放了10-15架準備攻擊中途島的轟炸機。當然，在緊急情況下炸彈也可以用來攻擊艦艇，但其命中率和破壞力都遠不及魚雷。
不論這些神秘的敵艦在南雲及其幕僚的頭腦中占了多大的位置，問題是中途島迄今沒有就範。7時48分，“蒼龍號”發信號報告說：“發現敵機6-9架，方位320°。”
剛剛發現的這些美機是VMSB-241中隊SBD-2無畏式俯衝轟炸機的先頭韶隊，由中隊長洛夫頓·R·亨德森少校親自率領。按編製，亨德森手下有18架SBD-2機，但其中2架因發動機故障無法起飛。駕駛員中有10名調來才一個星期。新手比例較大，加之經常缺油，所以這段時間隻進行過一個小時的飛行訓練。亨德森知道需要訓練出一支過硬的部隊，可他沒有時間，所以就把這些人分成兩組。技術較熟練、訓練成績較好的在一組，新手分在另一組，由經驗豐富的分隊長來帶。