一、第三階段作戰的設想——迎擊
曆時半年的瓜島激戰的結果，美日雙方都遭到巨大損失，然而美軍逐步得到恢複，其戰力與日俱增；與此相反，日本捉襟見肘，消耗幾乎無法補充。開戰以來僅僅1年零兩三個月，而海空戰爭的主客卻已易位。特別是在此種局部戰爭中作為海陸作戰主力的基地航空兵方麵，日軍處於嚴重的劣勢，而此前稍占優勢的艦載飛行隊，雖然反複派往陸上基地，但那已是杯水車薪。日本海軍作戰的前景上早已投下了暗影。
長此下去，積極攻勢作戰早已是希望甚微了。然而，從不敗的態勢來看，從阿留申群島西部到威克島、馬紹爾群島、吉爾伯特群島、臘包爾、新幾內亞北岸、印度尼西亞，馬來半島的一條防線依然存在。隻要固守這條防線，讓前來進攻的敵軍付出重大傷亡，從而贏得時間，日軍仍有恢複元氣的希望。打仗總是互有得失的，日方處境困難，對方同樣也有難處。特別是在攻守易位的情況下，美軍的戰線拖得越長，隨之而來的薄弱環節也就越多。如能抓住美軍的薄弱環節，出兵迎敵，進行決戰挫敗敵的銳氣，也許能開辟戰局好轉的路徑。基於這種想法，在第三階段作戰中，日本海軍雖決定采取守勢，但早期決戰的思想依然沒有放棄。
大本營海軍部在昭和十八年（1943）3月25日確定了“大東亞戰爭第三階段作戰中帝國海軍之作戰方針。”基於這一方針，海軍部對聯合艦隊、各鎮守府、各警備府下達了關於當前作戰的指示：
大海指第二○九號
昭和十八年3月25日
軍令部總長永野修身
對山本聯合艦隊司令長官的指示
一、大東亞戰爭第三階段帝國海軍之作戰方針見另紙第一部分。
二、聯合艦隊司令長官應以另紙第二作戰方針為依據實施作戰。
另紙第一項
大東亞戰爭第三階段中帝國海軍之作戰方針。
第一，對美英作戰
1.作戰方針綱要
第三階段作戰中，帝國海軍作戰目的在於殲滅東亞海域來攻之敵艦隊及航空兵，破壞敵之海上運輸線，與此同時，宜盡速確立帝國海軍自強必勝之戰略態勢，以此挫敗敵軍之銳氣。為此：
（一）空戰中應首先以盡速確立必勝態勢為目標；
（二）利用時機，以奇襲方式將美軍艦隊擊潰於其前進基地，
用攻擊或奇襲方式破壞美軍所需之戰略要點，將美軍之進攻企圖粉碎於未然，與此同時，設法誘敵艦隊出擊，乘機捕捉並予以擊潰；
（三）盡速加強戰略要地之防衛，如美軍來攻，則美軍應先發製人，在海上兵力與航空兵緊密配合下予以擊破；
（四）加強對美軍海上運輸之破壞，切斷敵兵力增援與補給，使其喪失戰鬥意誌；
（五）設法保障我海上交通暢通無阻；
（六）對敵人之空襲我本土宜嚴加戒備。
2.防備
防備任務之分配詳見下項，內線之防備應以反潛防空為主，外線之防備應以阻止敵之攻略和防空反潛二重點為主。為此，應特別注意同當地陸軍部隊保持密切聯係。防備任務之分配如下：
鎮守府、警備府部隊（海南警備府除外）負責所轄各警備區之防備；
第四艦隊負責南洋海軍區，“吉爾伯特”諸島、瑙魯、大洋島，大鳥島、大宮島及鳥島之防備；
第五艦隊負責阿留申方麵占領地區之防備；
東南方麵艦隊負責原英屬“新幾內亞”以東的南方占領地區之防備；
西南方麵艦隊負責原荷屬“新幾內亞”以西的南方占領地區之防備；
中國方麵艦隊負責中國沿岸占領地區之防備
3.海上交通保障
（一）鎮守府部隊、警備府部隊、中國方麵部隊，東南方麵部隊、西南方麵部隊、第四艦隊及第五艦隊依其所在地區對我國和中國之沿岸及占領地域之海上交通實行保護，必要時可派出適宜之部隊保護上述地區所麵臨海麵之海上交通。
（二）前項以外之外線作戰部隊在不妨礙其所承擔任務前提下，應從實際情況出發，在其所在海域實行反潛掃蕩，並與該地域之駐紮部隊實行配合。
4.運輸補給
（一）對外線墓地運送補給中應適當選擇艦艇，航路與時機，並應實行必要之海上與空中警戒，以期保證對外線部隊實行補給之安全。
（二）對於海島末端基地之補給，按實際情況可派潛水艇或其他艦艇實施之。
（三）對於外廓要地之陸軍部隊應盡一切可能運送補給。