1913年3月宋教仁被暗殺，蔡鍔通電譴責，“痛切陳詞，聲與淚並”。但他堅決反對用兵，主張宋案應由法庭解決，嚴禁軍人幹預。他說宋教仁“生前於南北意見極力調和，若令身後惹起南北惡感，恐九泉之下亦不心安”。內戰迫在眉睫之際，黃興曾派密使請他出兵討袁，手書“寄字遠從千裏外，論交深在十年前”一聯相贈。他不僅致電黃興、李烈鈞、陳炯明等極力勸阻，指出“討袁”理由不成立，依據臨時約法，如果大總統有謀叛行為，應由參議院彈劾；政治上有過失，則由國務院負責。何況臨時政府將要結束，馬上就要選舉正式總統，屆時袁沒有獲選，卻倚仗特別勢力不退職，那時可用武力對付他（等到袁世凱稱帝，他在《討袁檄文》裏把暗殺宋教仁定為袁的第七大罪）。他和浙江、四川都督聯名致電袁世凱及各省都督，進行調停，力勸動兵。他還聯合四川、貴州、廣西都督發表通電，反對戰爭，說如有人發難，將視為公敵，並表示要堅決捍衛民國。
蔡鍔的態度往往讓人不解，其實，他的態度很明確，他隻忠於民國，而不管是誰當政，反對任何人以任何借口動用武力挑戰共和原則。
“二次革命”終於爆發，雖然蔡鍔也曾派兵入川，但他一直把這次戰事看作“同室操戈，兄弟鬩牆，相煎太急，隱恨良多”。“同種相殘，殺機大啟”，“非國家之福”。他是始終反對內戰的，所以他反對袁為將士授勳，認為這樣做無疑是“獎勵殘殺同胞”。
等到袁鎮壓了孫、黃等人的武力反抗，把整個民國變成囊中之物，幾乎隻剩下遠在西南邊陲的雲、貴等省還沒有被北洋軍所控製。蔡鍔曾聯合黔、桂等省試圖居間調停，主張雙方罷兵，用法理解決，當然為袁所忌。
1913年10月，袁世凱發出大總統令：“雲南都督蔡鍔疊電因病請假，著給假三個月，來京調養。”10月上旬，蔡鍔辭去雲南都督，動身進京。早在6月中旬，他給梁啟超的電文裏就說“久欲來京與袁總統麵商各政要，並與各方人士接洽。惟因滇事重要，未敢即行”。由此看來他進京未必是被迫的。袁曾同意他的同鄉熊希齡的提議由他任湖南都督，但他進京以後袁卻再也不提起了。
作為曆史轉折關頭舉足輕重的風雲人物，手握兵權的蔡鍔盡管離開了雲南，但他的舊部、他兩年來一手訓練的滇軍還是唯他馬首是瞻的，在雲南依然有潛在的勢力。在北京的兩年間，袁世凱表麵上對他優禮有加，先後給了他一連串的官銜，如政治會議委員、參政院參政、將軍府將軍、陸海軍統率處辦事員、全國經界局督辦等，還幾乎每天召見，說是磋商政要，其實是防他有變，召他進京本意也就是“檻虎於柙”，袁曾對曹汝霖說過蔡鍔有才幹，但有陰謀。
從《蔡鬆坡集》可以看出，這二年多他沒有發表什麼政見，也虧他沉得住氣。期間留下的主要是經界局的文件，他深知讓他到經界局是敷衍他，但他認為正經界、清田賦也是治國要政，很想有所建樹。不長時間（從1915年1月22日任事到7月22日呈文給袁世凱）就編印了《中國曆代經界紀要》、《各國經界紀要》兩巨冊。從中也不難看出他辦事的認真、踏實、細致和嚴謹。大約隻有這個經界局與政治離得最遠，他可以無所顧忌地做點事。
1915年8月，要求袁世凱稱帝的輿論已甚囂塵上，先有“籌安會”，後有“全國請願聯合會”，甚至還出現了妓女請願團、乞丐請願團等。蔡鍔一方麵風花雪月，韜光養晦，終日沉湎於八大胡同以迷惑袁的耳目。一方麵領銜簽名支持帝製，包括蔣尊簋、孫武、唐在禮、蔣作賓、蔣方震、張一爵、陳儀等12位將軍都簽了名。“主張中國國體宜用君主製者署名於後八月二十五日昭威將軍蔡鍔”三行字是蔡鍔的親筆，使袁對他深信不疑。因此，後來袁的統率辦事處才會責問他為什麼反複無常，他坦然答複：