從曾國藩的日記看，其鑽研船山史論，均在征戰形勢危急、前途未卜的時候。據同治元年的記載：
十月二十七日：“閱王而農先生《通鑒論》數首，論先主、武侯、魯子敬諸人者。”
十月二十八日：“閱王而農《通鑒論》楊儀、楊資諸篇。是日接李世忠谘，九洑洲賊勢浩大，深以為慮。”
十月二十九日：“閱《通鑒論》何晏等篇。是日聞賊竄江北之信，又聞季弟病重、寧國糧路未通，為之憂灼，不能成寐。”
接下來十一月載有幾乎每日必讀的記載，多在“二更末”、“二更三點”夜間研修。而曾國藩很多精彩的軍事思想，如“以全軍破敵為上，不以占城池土地為意”、“多用活兵”、“少用呆兵”、“隔而不圍”、“圍而不打”等，也正是這個時期提出的。同治五年，曾國藩圍剿撚軍，又一次陷入“製敵無術”、“深為憂灼之境”時，又開始認真披閱《讀通鑒論》，是年七月六日始，至八月初三“凡三十卷閱畢”，並馬上接閱《宋論》，畢，又回頭重溫《讀通鑒論》。
船山在“兩論”中曾經指出農民戰爭的“敗亦走，勝亦走，無所不走”之靈活機動的戰術，打得湘軍、淮軍暈頭轉向，窮於應付。但曾國藩很快認識到撚軍“如蟻旋磨，忽左忽右”、“多打幾個圈圈”的特點，總結出撚軍作戰的“四長三短”。正如曾國藩所說：“讀史之法，莫妙於設身處地”，他把自己擺進去，審時度勢，尋求用兵治國的方法。
曾國藩治下的湘軍，以“紮硬寨，打死仗”聞名。曾文正的“多條理，少大言”，“不為聖賢，便為禽獸”，“莫問收獲，但問耕耘”說，被梁啟超譽為“其一生得力在立誌，自拔於流俗”，“曆百千艱阻而不挫屈；不求近效，銖積寸累，受之以虛，將之以勤，植之以剛，貞之以恒，帥之以誠，勇猛精進，艱苦卓絕”。其“非有人地獄手段，非有治國若烹小鮮氣象，未見其能濟也”。
曾國藩每次紮營，都以羅盤定方位，查各營所掘壕溝，用竹竿量驗。每營都步行親量，看是否已掘自一丈五尺。曾還親點各營兵勇之名，並每日傳見百夫長數人，了解軍情，記載其答問、批評。並察言觀色，辨識部下的品質、才能。其日記載有他對一些人的印象，如：樸實；眼圓而動，不甚可靠；語次作嘔；明白安詳，拙直，長工之才；等等。曾國藩知人善任，通過這種談話的方法，識別提拔了一大批能征善戰的名將。如劉鬆山原來不過一名“長夫”，後為統率大軍的名將。
曾國藩明確主張用兵之道，在人而不在器。”他在與其心腹幕僚趙烈文論軍事時說：“勝負不在形而在氣，在屢敗而無傷，亦有一蹶而不振，氣為之也。”左宗棠同樣強調指出，“蓋練兵之要，首練心，次練膽，而力與技其下焉者也”。與孫子兵法及船山所論如出一轍。
對於古稱“天塹”的長江天險，船山曾指出，江東之險，並不在眼前的浩浩大江，“江東之險在楚，楚之險在江與漢上流”，此為“得失之樞”。湘軍與太平軍決戰，故先拚奪武漢，“於武漢設立重鎮，則水陸東征之師，恃武漢為根本，大營有據險之勢，軍士無反顧之虞。軍火米糧，委輸不絕，傷痍疾病，休養得所”。
湘軍攻克九江之後，安慶爭奪成為湘軍與太平軍生死存亡的關鍵。曾國荃率領湘軍精銳，團團包圍安慶，深溝固壘，挖築雙層長壕，外層拒援軍，內層困守敵。太平軍為解安慶之圍，在英王陳玉成、忠王李秀成率領下，在湖北連破黃州、德安、孝感、隨州、雲夢、黃梅、蘄州等地，直撲武漢；在江西連破吉安、瑞州、吉水、新淦、永豐等地。曾國藩自己身陷祁門，幾次險遭被俘殺身之禍，但他始終咬緊牙關，不分安慶之兵，不撤安慶之圍。他以打死仗，“打掉門牙和血吞”的拚死之心，咬住關鍵處，曆時一年多的血戰，安慶攻克，太平軍自此陷入難以挽回的困境。此後，李秀成雖攻占了江浙大片土地，並再破江南、江北大營，卻仍然無補於安慶失守後的戰略大局，太平天國終被鎮壓。