印加人祟拜木乃伊之風也很盛行，這與崇拜祖先是密不可分的。人們常把木乃伊埋葬在用岩石鑿成的墳墓裏，木乃伊穿著盛裝，戴著首飾，旁邊放有日常用品以及食物和勞動工具。印加人對統治者的木乃伊崇拜尤為虔誠。所有印加王的木乃伊都被仔細地保存著。它們在廟宇裏受到崇拜。在盛大節日時，祭司抬著它們去遊行，以示神聖。印加人認為國王的木乃伊具有超自然的威力，所以，人們出征時常常把這些木乃伊抬到戰場上，以示祖先之威，相信戰爭定會因此取得勝利。
印加人還熱心於對自然力的崇拜，各種星辰和星座都被看做是神。印加人同樣崇拜地球和海洋。據傳說，兩個蛇形的神話人物能夠聯係宇宙中幾個不同的世界。一條叫做“亞庫瑪瑪”的蛇。到達地麵時就變成大河，經過天界時就變為閃電，它被認為是水神，威猛無比。另一條叫做“薩查瑪瑪”的蛇，有兩個頭，能直立緩行，像棵老樹。它到達天界時就變成彩虹，成為肥沃富饒之神。這兩個神都受到印加人的熱烈崇拜。
大地母親崇拜影響深遠，根深蒂固。大地母親叫帕查·瑪瑪。在奇楚亞語中，帕查就是土地，在今厄瓜多爾境內的印第安部落叫做“依圭”。大地母親崇拜是地方性的，在每個地方，人們都把大地母親當做自然界的女主人，無論土地的收成、駱馬的繁殖和經濟的繁榮，都取決於她。在專門的節慶時，人們用玉米和馬鈴薯做成類似婦女的形狀，來作為他們的保護神。
無論是圖騰祟拜、瓦卡祟拜，還是木乃伊崇拜、大地母親崇拜。它們都有共同的屬性，都是地方性的原始宗教，是地方部落意識的體現，也是安第斯山各地區人民的潛在意識。它們在印加向統一帝國的轉變過程中具有持久的影響力。
太陽神本是印加部落之神，後上升成為全國的主神，它在印加語中有幾個不同的名字：因蒂、維拉科查和帕查馬克。太陽神的形象，一般是人形，麵部如金盤，光芒四射。太陽神的三個名字反映了人們對它崇拜的不斷政治化的過程。印加人傳說中的祖先曼科·卡帕克是太陽神在太陽島中創造出來的，是“太陽之子”，神的使者，他享有印加的稱號，擁有最高權力。這是太陽神崇拜向王權神聖化方向發展的開端。
14世紀，即帕查庫蒂執政年代，是印加太陽神崇拜、王權神化的製度化階段。“帕查”在克丘亞語就是時間，“庫蒂”就是轉變的意思，所以，帕查庫蒂名字本身就含有改革者的含義。帕查庫蒂本人厲行宗教改革，並樹立新神，使王權進一步神化。這也可能是解決王權同太陽祭司教權衝突的結果，因為，據說專掌太陽神的祭司曾企圖限製王權。帕查庫蒂並非否認崇拜太陽神。但他宣揚說，一切神靈都是由無形的、永恒和萬能的主神創造的。“太陽神操勞得很好，早晨起來很早，照暖大地，晚上退走。可是如果沒有上帝即萬物之主——偉大的帕查馬克，那麼誰來指揮太陽神呢？”這樣，庫斯科神也獲得了至高無上的地位，有了新的含義。帕查庫蒂把庫斯科太陽神廟變成全印加的聖殿，增設新神帕查馬克的神位，確立起王權神化的政治製度。
帕查庫蒂增設新神的運動也可能是王權同地方貴族妥協的結果。相傳，他征服了秘魯盧杯河穀的部落後，發現了一個巨大的部落神褓祗，它是人們朝拜的聖地。他懂得要鞏固王權，特別是“薩帕”的大王之權，必須把這個聖地的神包括在自己的國教之中。因而，他給這個神取了一個克丘亞語的名字，並供養在宮廷神廟中。
印加的的太陽神崇拜與祖先崇拜有關。印加人廣為流傳的印加起源神話保留著祖先崇拜的痕跡。印加起源神話認為印加人的祖先是神，印加王朝是“太陽之子”阿亞爾四兄弟和瑪瑪四姊妹開創的。這四男四女是從庫斯科東南35公裏處帕卡坦普裏地方（起源之地）出來的，他們決定尋找一塊肥沃的土地，來建立代表他們的父親和保護人的太陽王國。這四兄弟的名字分別表示不同的意思：阿亞爾·曼科是首領之意，阿亞爾·烏丘象征生長胡椒的國土，阿亞爾·奧卡是反叛和抗拒權威的人，阿亞爾·卡奇則象征有鹽灘的海岸。四姊妹的名字也有不同意思：瑪瑪·沃利奧是生殖力旺盛的母親和照料家庭的主婦，瑪瑪·瓦科代表有男子氣概、勇於承擔責任的婦女，瑪瑪·科拉是生長在東部森林中一種野草的名稱，瑪瑪·拉瓦代表安第斯山區種植最多的農作物玉米。兄弟姐妹八人都將去瓦納考裏，在那裏播種太陽賜予的玉米。神話傳說認為，阿亞爾·卡奇是力氣最大的人，他一路上用單刀開山劈嶺，他的兄弟們因妒嫉他的巨大力量，設計陷害他。起初，卡奇中計被引進一個山洞裏，接著一塊巨石滾落下來，封住洞口。卡奇痛斥他兄弟對他的陷害，並祈求創造天地之神來援救他。後來，創造天地之神把他變成神鷹，讓他從山洞中逃出，飛往瓦納考裏山頂上，把他變成岩石。這岩石就是印加青年崇拜的最神聖的瓦卡之一。另一個兄弟阿亞爾·烏丘由於褻讀聖物而被變成石頭。這樣，隻剩下曼科和奧卡去庫斯科了，他們有一根太陽神賜給的金杖，是開辟通向庫斯科之路的聖物。在去庫斯科途中，曼科多次試圖把金杖插進地裏，但毫無成效，並引起奧卡對曼科的蔑視和反叛。曼科耐著性子，任其弟嘲弄，直到這根金杖插進了地裏，這就是適於人們生活和植物生長的濕潤之地——庫斯科。後來，曼科從地裏拔出金杖，打破了奧卡的頭顱，追使他服從太陽神和曼科的意誌。最後，阿亞爾·曼科同他妹妹瑪媽·沃利奧結為夫妻，曼科成為庫斯科的祖先和印加王朝的統治者，沃利奧則成為印加王朝的女祖先。印加起源神話通過庫斯科的發現過程，展現了太陽神崇拜同祖先崇拜的密切關係。