瑪雅人既然已經在很久以前就創造了燦爛的人類文明，那麼現代的人類文明為何又失去了瑪雅人的行蹤呢？瑪雅人這種“從天而降”的文明，為何在一刻之間就消失了呢？瑪雅人為何突然背棄文明，又回歸原始呢？
公元830年，科班城浩大的工程突然宣告停工。公元835年，帕倫克的金字塔神廟也停止了施工。公元889年，提卡爾正在建設的寺廟群工程中斷了。公元909年，瑪雅人最後一個城堡，也停下了已修建過半的石柱的工程。
這時候，散居在四麵八方的瑪雅人，好像不約而同地接到某種指令，他們拋棄了世代為之奮鬥追求、辛勤建築起來的營壘和神廟，離開了肥沃的耕地，向荒蕪的深山遷移。
現在我們所能看到的瑪雅人的那些具有高度文明的曆史文化遺址，就是在公元8世紀至9世紀間，瑪雅人自己拋棄的故居。如今的專家學者們徜徉在這精美的石雕和雄偉的構架麵前，在讚歎、惋惜之時，又陷入深深的困惑之中。
瑪雅人拋棄自己用雙手建造起來的繁榮城市，卻要轉向荒涼的深山老林，這種背棄文明，回歸蒙昧的做法，是出於自願，還是另有其它原因？
史學界對此有著各種解釋與猜測。譬如說：“外族侵犯、氣候驟變、地震破壞、瘟疫流行，都可能造成大規模的集體遷移。然而，這些假設和猜測都沒有說服力。首先，在當時的情況下，南美大陸還不存在一個可以與瑪雅對抗的強大民族，因此，外族侵犯之說站不住腳。氣象專家幾經查閱，仍在公元8世紀至9世紀間，南美大陸沒有災難性氣候驟變的記載，同樣，瑪雅人那些雄偉的石構建築，有些已倒塌，但仍有不少曆經千年風雨仍然保存完整，因此地震災難之說可以排除。
至於瘟疫流行問題，看來很有可能。然而，在瑪雅人盤踞的上萬平方公裏的版圖內，要大規模地流行一場瘟疫，這種可能性是很小的。再說瑪雅人的整體遷移，先後共曆時百年之久，一場突發性的大瘟疫，絕無耗時如此長久的可能性。
有的人從部分祭司雕像被擊毀，統治者寶座被推倒的現象上，做出階級鬥爭的推測。階級鬥爭的確在瑪雅社會中存在並出現過，但這種情況是局部的，隻在個別地方和城市發生的，而瑪雅人的集體北遷卻是全局性的。
有人試圖從生態角度解開瑪雅人大遷移的謎。譬如認為瑪雅人采取了某種不恰當的耕種辦法，破壞了森林，土地喪失了肥力等等，造成生存的困境被迫大遷移。可是不少學者在考察中發現，瑪雅人在農業生產上卻表現出頗為先進的跡象，他們很早就采取輪耕製，出現了早期的集約化生產，這樣既保證了土地肥力不致喪失，又提高了生產效率。因而，試圖從這個角度解開謎題的嚐試也是行不通的。
還有一些專家想像力更豐富，他們認為要尋找瑪雅人搬向深山的原因，可以先反過來看看他們怎樣選擇自己定居的故土。我們已知的這些瑪雅人最古老的城市，都不是建設在河流旁。埃及和印度的古代文明，首先發祥於尼羅河與恒河流域，中國古代文明的搖籃則在黃河和長江流域。河流不僅給這些早期的都市帶來灌溉和飲水方麵的便利，同時又是人員與商品交往最初的通道。從各民族的早期曆史來看，他們的文明都離不開河流。
瑪雅人偏偏把他們那些異常繁榮的城市，建築於熱帶叢林之中，這又意味著什麼呢？
以提紮爾為例子。從這個瑪雅人的城市到洪都拉斯海灣的直線距離為109英裏，距坎佩坎海灣僅161英裏，到太平洋的直線距離也才236英裏。瑪雅人對海洋是十分了解的，在他們的城堡廢墟和文化遺址上，大量的珊瑚、貽貝和貝類動物製品，可以證明這一點。那麼，他們最初的城市為什麼不修建在河流邊，或者海灘旁，而要選擇與世隔絕的叢林莽障之中？其後的大遷移，不向河沿岸和海邊轉移，偏偏要移至更為荒涼的深山之中？這種現象的確讓人無法猜測。
提紮爾就是一個位於深山中的城市。為解決這個人口眾多城市的飲水與灌溉農作物的需要，他在城周修建了13個水庫。這水庫的總容量達214500立方米，在古代修建這樣的工程，其艱苦是可以想像的。但讓人難以想像的是，這些聰明絕頂的瑪雅人為何會在這種條件艱苦的地方安邦築城，而不去尋找一處較為方便，更符合生命邏輯的地方呢？
這雖然包括那些後來匆匆停下進行過半的工程，倉促地收拾行裝，扶老攜幼，舉族遷移的瑪雅人。他們曆經長途跋涉之苦，最終隻得絕望地在北方建立一個新王國。他們再次按照曆法預先規定的日期，開始修建他們的城市、神殿和金字塔，而絕不重返故土。
這一切的一切，都是為什麼呢？全世界的科學家也同人們一樣，茫然不知。