作者們麵臨的主要難題還在於，至少還有另兩本更占優勢的書要同時出版，堵死了他們的市場。結果，阿西莫夫－波依德－沃克課本隻賣出了幾百本，成了一次小小的慘敗。阿西莫夫為這本書費盡了心血；甚至不辭勞苦地編寫了極為複雜的索引，最後換來的隻是在學院裏的一小點人為的安全。對他而言，與出版《空中卵石》、創作《繁星若塵》、《太空洪流》的輝煌相比，這本書簡直不值得一提。
1951—1952年間，阿西莫夫曾認真考慮過要換一個地方教書，他覺得學院給他的待遇不好。他希望學院能給他開工資，而不是從雷蒙教授的研究基金中撥給他錢。與此同時，他還希望能晉升為助理教授。
1951年底，在沃克教授的幫助下，阿西莫夫成功地擺脫了對雷蒙研究基金的依賴。之後，他又承受了18個月的壓力，才晉升到助理教授的職位。
為了讓學院將他的名字列入工資單，他威脅要辭職。盡管一些教授們不喜歡他，但沃克知道他是一個好教師，並且，包括校長福爾克勒在內的一些比沃克職位更高的人，已預見到阿西莫夫日益增大的名氣是他們的一項資產。
持反對意見的有雷蒙博士及沃克博士的上司查爾斯·基福博士，而持認同意見的隻有校長及他的一些直接下屬，如無實權的比爾·波依德和稍微有些影響的沃克教授。兩派之間交戰了數年。1955年夏天，阿西莫夫終於晉升為生物化學助理教授，實現了他為之奮鬥的夙願。這是他學術生涯中的一個重要裏程碑。這不僅使他有了職稱，同時還意味著他將享有學院的終生學術職位，除非他犯了大錯。
如果不是沃克教授於1956年11月從係裏辭職，而由一位年輕的外來戶馬洛特·西奈克斯接任的話，可能一切仍將沿著有利於阿西莫夫的方向發展。
西奈克斯是個和善的人，但經驗不足，並且初來乍到，不願與頂頭上司基福博士發生衝突。西奈克斯接任時，基福與雷蒙已公開顯示他們對阿西莫夫的敵意，甚至明確表示希望他滾蛋。在此之前，由於那本生物化學課本的緣故，每逢基福為了一些雞毛蒜皮的小事挑起事端時，沃克總是站在阿西莫夫這一邊為他說情，而現在，阿西莫夫與基福之間再無調停人了。雷蒙又擔起了後衛之職，雙方擺開了爭鬥的架勢。
與此同時，由於阿西莫夫的晉職及隨之而來的職稱，夫婦便開始考慮購買自己的住房。自然，這個主意是傑特魯德先提出來的。無論他們在銀行裏存了多少錢，艾薩克可能永遠也不會想到要買房子。但一旦想明白了，他覺得這個主意很不錯。他考慮到，盡管與基福、雷蒙有衝突，但晉職已穩固了他的地位，況且他的寫作事業一帆風順，財源滾滾而來。
即便如此，他們還是過了一段時間才開始將想法付諸行動。阿西莫夫夫婦漫不經心地一邊看房子，一邊考慮著他們所能支付的價錢。不知何故，他們從未找到合適的房子，也從未正式與人簽過約。
1955年，艾薩克的弟弟斯坦利在婚前買了自己的住房。他們的父母也在這一年裏退了休，靠積蓄度日。艾薩克這才感到自己落後了。1956年，阿西莫夫夫婦終於在西組頓找到了房子。西紐頓是個整潔的中產階級聚居的郊區，住戶大都是些商人和學者。購房花去了他們23，000美元。
艾薩克一反常態，提議直接從存款中取錢購房。他們已存了35，000美元。當時，他們已有了兩個孩子，而且艾薩克在波士頓大學的事業並非蒸蒸日上，因此傑特魯德反對在這個時候花去2/3的存款。結果，他們申請了15，000美元的貸款，其餘的用現金支付。1956年2月，他們遷入了新居。
說起來可能有點奇怪，艾薩克以前從未自己住過一幢房。他總是與家人一起住在公寓、店鋪上層的屋子或宿舍裏。在他36歲時，他終於有了自己的房子。這時他已結了婚，有了兩個孩子，還獲得了助理教授的頭銜，並出版了一係列小說。
這幢房子共有三間臥室，一間兼做餐廳的客廳，一個大廚房及一個大花園。最令人滿意的是，頂樓已改造成了兩間屋子，正好可作為辦公室。搬入後不久，艾薩克便開始收拾頂樓。他將打字機擱在屋子一端的架子上，寫字台擺在U形拐角處，而裝得滿滿當當的文件櫃則占據了另一端。他做了幾個書架，擺放參考書及不斷增多的自己所著的各種不同版本的書。同時，他還收藏刊有自己作品的各類雜誌的合訂本。到1957年，他已收集了27本合訂本。
阿西莫夫發現早上不必等郵件了。一裏地外有個郵局，早上8點就開門，他可以開車去那兒親自將退稿與信件取回辦公室，這至少可省出一個小時的工作時間。
這一習慣使阿西莫夫不久就在鄰居中贏得了工作狂的盛名。不管天氣是好還是壞，他每早必定出現在郵局門口，這成了記者們津津樂道之事。
50年代中期，阿西莫夫的家庭生活和諧美滿，寫作事業一帆風順，但在學院裏的處境卻一天不如一天。失去了沃克庇護的他得直接麵對基福，兩人很快便展開了一場決鬥。
1956年，全國心髒研究所請阿西莫夫寫一本關於血液的學術論著。他們提出以補助金的方式為他支付稿酬。阿西莫夫則建議將補助金撥給學院，他需要時再動用。研究所似乎更願意直接把錢給阿西莫夫，但阿西莫夫卻決定將利用寫此書時所收集的一些資料，同時用來寫一本與血液有關的商業性著作，以此來擴大他的創作量，這也是他與一位占有極大市場份額的出版商之間的一筆交易。研究所同意了他的計劃，並且將錢撥給學院。阿西莫夫認為，他為研究所寫的這本書是高品位的學術論著，有助於提高學院的聲望，學院不該反對他在工作的空餘時間裏寫自己的那本商業書。
誠實的秉性很快便給阿西莫夫帶來了麻煩。他認為自己在從事這一寫作的同時，還捎帶著幹私活賺錢，因此不該再去支取撥給學院的那筆錢——撥給他第一年的補助金是2500美元。到1957年底，這筆錢已在學院的保險箱中呆了近一年時間。一天，全國心髒研究會寫作計劃的負責人打電話給阿西莫夫了解著作的進展情況，剛對阿西莫夫的工作表示滿意時，聽到阿西莫夫順口說出自己分文未支，他又嚇了一跳。這位官員告訴阿西莫夫，他的過分誠實將給研究所帶來麻煩，因為這牽扯到納稅等種種問題。他希望阿西莫夫為研究所著想，盡快支取這筆錢。
阿西莫夫徑直找到基福，要求將錢支取出來。令他震驚的是，基福拒絕了他的要求。阿西莫夫當時便被激怒了。他雖然不需要這筆錢，但這筆錢是他的，他隨時可以動用。
事情很快演化成原則問題。
基福的理由是，阿西莫夫是利用工作時間寫書的。但這並不是事實。阿西莫夫意識到，基福是想利用此事激怒他，迫使他辭職。如果他辭了職，就將失去職稱。阿西莫夫可不會上這個當。他很清楚，沒有極為充分的理由是不能隨便解雇他這位助理教授的，他也不會因一時衝動而幹出魯莽的事來。
兩人之間的戰爭持續了近一年。阿西莫夫聲稱，如果他被迫辭職，人們會認為學院與基福是愚蠢的。作為世界知名的作家，隻要他承認自己與學院有聯係，便可極大地加強學院的公眾形象。不僅如此，他還指責基福的行為是不道德的，甚至是非法的，錢是他的，並不屬於學院，如果基福固執己見，利用此事做文章，他，阿西莫夫，將把它公之於眾。
到1957年時，阿西莫夫已不需要波士頓大學，也不再想要這份工作了，但他仍想保留助理教授的頭銜與職稱。這主要是因為他喜歡被人稱為教授並視之為一種安全保障，如果寫作事業失敗了（當然這是不太可能的），他還有退路。基於這一考慮，他開始與基福周旋，並希望如能達成妥協，他將同意辭職，但得保留職稱。
經過不懈的努力，他達到了自己的目的。剛開始時，他沒什麼把握，基福根本不考慮他的建議，甚至還頂住了上司的壓力（阿西莫夫不知他是誰，但此人極想借阿西莫夫的名氣為學院揚名）。雙方僵持了數月，但在1958學年快結束，阿西莫夫以為自己隻能起訴基福與學院時，他們終於妥協了。阿西莫夫後來承認說，這個結局還不錯，因為當時他還沒有自己的律師，甚至連人都不認識。這場戰爭最終轉化為基福與阿西莫夫之間的個人恩怨，基福想把阿西莫夫清除出校門，而阿西莫夫則援引學院的規則，成功地保護了自己的職稱與頭銜。
1957—1958學年是他在波士頓大學從事教研工作的最後一年。自那以後，他再沒有返回過講壇。他巧妙地強調了自己在波士頓大學象牙塔外的廣闊世界裏占有如何重要的地位，從而在離開講壇的同時保住了職稱與頭銜。
此次紛爭結束後，在學院的一次活動中，阿西莫夫遇見了校長。他這才知道，隻要他找找關係，便可省去很多麻煩。校長告訴他，如果基福執意要趕盡殺絕，他一定會站出來為阿西莫夫主持公道的。
1953年春，阿西莫夫夫婦維持了近11年的婚姻出現了裂痕。
艾薩克風流成性，他對此也毫不避諱。許多人認為這是他性格中既可愛又可笑的一麵。晚年時，他嚴然為自己樹立起了“可愛的老色鬼”的形象，這個稱謂並沒有使他感到有絲毫的不自在。自1953年起，他的性觀念有了很大的改變，這最終導致了他婚姻的崩潰。