從加拉帕戈斯群島經太平洋、印度洋和大西洋到達英國
“貝格爾”號從卡廖出發，駛往加拉帕戈斯群島。這些島嶼位於赤道線上，離美洲西部很遠。這純粹是一些火山島嶼，島上有各種各樣的大小不同的火山口。盡管這些島嶼位於赤道線上，但是由於南極的氣流能到達這裏，所以島上的熱度便有所減輕。達爾文登上的群島中的第一個島是查塔姆島，島上荒無人跡，地麵被太陽曬得滾燙，布滿了一層波狀的黑色玄武岩熔岩。這裏全是大戟科構成的灌木以及洋槐樹和仙人掌，沒有什麼樹木。很多熄滅了的圓井形火山口以及很多懸崖峭壁和倒塌的火山頂使這個地方的地形顯得很不自然。
使達爾文覺得這個地方同象斯塔福德郡那些有很多鑄鐵廠的地方很相似，而艦長菲茨·羅伊諷刺地說，這個島是一個適合於集中各種魔鬼的地方。達爾文在路上碰見了兩個大烏龜，每個至少有九十公斤；在那黑色的熔岩中，在那無葉的灌木叢中和巨大的仙人掌中，這兩個烏龜在達爾文看來就好象是某些有生命的礦物。九月二十三日，“貝格爾”號駛往查理島；那裏有很多來自厄爪多爾的有色種族的流放犯，他們居住在將近三百米高處的一個有幾百人的殖民區裏，那裏有碧綠而密茂的植物和黑色土壤。當地居民經常獵捕野豬、山羊和烏龜，他們隻種甘薯和香蕉。達爾文竭力從這個島上收集各種動物和植物，以便如他在《航海日記》中所寫的那樣，“在將來的比較中弄清楚，這個群島上的有秩序的生物應當屬於生物的哪個範圍或哪個中心”。
十月二十八日，“貝格爾”號從南麵駛抵加拉帕戈斯群島中的最大島嶼--阿爾貝馬爾島。第二天，“貝格爾”號繞過該島的西南端後，通過了這個島和納爾博羅島之間的海麵，晚上停泊在阿爾貝馬爾島的邦克灣。翌日晨，達爾文上岸去散步，他考察了一個很大的橢圓形火山口，在火山口底有一個藍色的淺湖。難以忍受的炎熱和灰塵使達爾文喘不過氣來。於是他急速地走到淺湖處，貪婪地去喝水，但是水卻鹹得很。在沿岸的懸崖峭壁上，有很多灰黑色大蜥蜴，它們差不多有幾米長。而在丘崗上，則有很我另一種蜥蜴在跑來跑去，這種蜥蜴呈棕褐色，樣子很難看。前一種蜥蜴，腳上長有一種能遊水的蹼，蹼的邊緣處被蜥蜴的尾巴壓成了扁的。這種蜥蜴常常能遊到離岸好幾百米遠的地方。達爾文把這種蜥蜴的胃剖開後，發現它們吃的幾乎全是海中的藻類。這種海裏的蜴蜥在所有的島上都能看到。陸地上的那種蜥蜴，尾巴是圓的，腳趾之間沒有蹼。這種蜥蜴隻有在阿爾貝馬爾島、詹姆斯島、巴林頓島和英第法替給勃爾島上才能看到，而在南麵和北麵的很多島上卻碰不到。達爾文在日記中還提到他訪問詹姆斯島的情況，在這個島上，他曾同一位旅伴--“貝格爾”號的醫生拜·伊諾，在捉烏龜的人那裏和淦夫那裏過夜，還吃過烏龜。但是從他的收集品中可以斷定，他到過這個群島上的所有島嶼或幾乎所有島嶼。陸地上的蜥蜴也吃植物。它們吃仙人掌、各種樹葉、特別是洋槐樹葉（有時沿洋槐樹幹爬到很高的地方）和一種酸果。
這些島嶼上的居民告訴達爾文，他們區別各個島嶼的烏龜，不僅是根據其大小，而且還根據其它一些特征。達爾文在對生長在加拉帕戈斯群島上的動物和植物作了調查之後，得出了一個使人很感興趣的結論：鳥類、爬蟲類、昆蟲和其它一些種類的生物，都是這些島嶼上的“原有居民”，它們在其它地方是見不到的；從所指出的在各個島嶼上的烏龜之間的差別也可推及到其它各類動物。同時它們又都表現出與生長在美洲的動物有著明顯的種屬關係，盡管五百六十海裏這一廣闊的海洋地帶把它們同大陸隔離開來。當然，更確切的材料是他後來在英國經過專家們對收集品進行整理加工之後得到的。但是，毫無疑問，這些事實本身他在當時當地就已經看清了。
例如，他在這裏曾經找到了一隻特殊的、對美洲大陸來說是十分典型的白兀鷲，一隻鳳頭雞，三隻非常厲害的鶲和一隻斑鳩。這些動物都和美洲的很相似，但畢竟又有所不同。他還看到一種特殊的燕子（它與美洲的很接近）和幾隻反舌鶇（它們是美洲所特有的）。特別有意思的是幾隻花雞，它們的種類不同，嘴的形狀也不同：有寬形的，象蠟嘴雀的嘴；中等類型的，象海雀的嘴；有更尖細的，象知更鳥的嘴；有的象舍契德雀一類鳥的嘴，很象旋木雀的嘴。所有這些觀察對達爾文進化觀點的發展，具有重大的意義。按照當時博物學家們通常所固有的觀點來看，動物和植物是由“理性的始因”為它們所預先決定的要生存於其中的和它們正在其中生存的那一環境而創造的。
因此，根據這一觀點來看，在這些離大陸很遠的土壤性質相同的熱帶島嶼上的動物群和植物群，都應當是相同的，即使這些島嶼彼此距離很遠（象佛得角群島和加拉帕戈斯群島那樣）也是如此。但是達爾文吃驚地發現，情況並不是這樣，恰恰相反，位於熱帶美洲以西的加拉帕戈斯群島上的動物群和植物群，卻與美洲的形態接近。而佛得角群島上的動物群和植物群則與靠近大陸即非洲的動物群和植物群接近。同時，雖然島嶼上的動物和植物與靠近大陸的動物和植物接近，但它們畢竟不同，前者以其一定的特征而區別於後者。這就使人們認為它們都是由一個共同的根源產生的，因而又使人們認為物種是可變的，物種是進化的。“為什麼生長在加拉帕戈斯群島上的基本生物是按美洲類型的生物創造出來的呢？”--這是達爾文為自己提出的問題。
諾拉·巴爾勞在一八三五年發表了達爾文關於加拉帕戈斯群島上的反舌鳥的手稿：秦卡鳥。這種鳥從外表上看，同智利的秦卡鳥極接近。這是一種活潑、敏銳、活動性強、跑得很快的鳥，常棲息在房屋的旁邊，以便啄食那些掛出來（曬幹）的龜肉，它們叫得相當好聽；據說它們築的巢很簡單，是露天的，這種鳥很輕信，它有著和其他的鳥所共有的特征。不過我認為，無論是它們的歌聲或叫聲都和智利的秦卡鳥有所不同。它們在整個島上非常多，它們主要是被房屋和耕地吸引到一些（較）高的、潮濕的地方去。我有從四個大島上弄來的幾隻這種鳥；從查塔姆島和阿爾貝馬爾島上弄來的幾隻看起來是一樣的，但是另外兩隻則和（它們）不同。隻有這一種在每個島上都能碰到：它們的習性很難區別。
我回想起這樣一個事實，就是西班牙人根據烏龜軀體的形狀、甲殼的輪廓和體職的大小，能夠立即說出這個或那個烏龜是從哪個島上弄來的。我看到一些島嶼，它們一個接一個地排列起來，這些島嶼上隻有有限的幾類動物，在這些島嶼上棲居的鳥類在結構方麵沒有很大的差別，它們在自然界聚集在同樣的地方。當我想到和看到這些情況時，我不能不作出這樣的推斷：它們隻不過是一些變種。在這方麵我所知道的唯一事實，就是正如人們所經常斷言的那樣，在福克蘭群島東島和西島的狼形狐之間是有區別的。如果說這種見解多少有些根據的話，那麼對這個群島上的動物學就非常值得加以研究了，因為這類事實是會駁倒物種不變的觀點的”。這是我們知道的達爾文最早所明確表明的關於進化的見解。
一八三五年十月二十日，“貝格爾”號從加拉帕戈斯群島向西航行，開始進行三千二百公裏的長距離的轉移。由於天氣晴朗，又是順風，所以這次轉移並不困難。“貝格爾”號穿過了低群島或者叫做危險群島，在這裏由一些地勢低的珊瑚島形成的一些環形，環形內有一些靜水構成淺水海灣，剛剛露出海麵。十一月十五日，“貝格爾”號駛抵旅行史上有名的塔希提島，在馬塔凡灣停泊下來。象訪問過這個島嶼的一切旅行家一樣，達爾文也對山腳旁的這個低地十分讚賞。這個低地由一些構成靜水海灣的珊瑚礁擋住了海浪，而這個靜水海灣則可以用作停泊船隻的港灣。低地上長滿了非常好看的熱帶植物--香蕉樹、橙子樹、椰子樹和麵包樹，而在開辟出來的空地上則種著參薯、西洋甘薯、甘蔗和菠蘿。長著極其好看的大葉子、葉子上又有很深切口的麵包樹是塔希提島熱帶風景的獨特之處。達爾文在《日記》中寫道：“當看到整塊整塊的樹叢，樹幹粗壯、枝葉密茂（象英國的櫟樹）、同時又結滿了營養豐富的累累碩果時，真使人為之驚歎……當看到這些美妙的樹林，一想到它們將帶來很大的利益時，就更使人為之讚歎不已。”
這個島上的居民給達爾文留下了極其愉快的印象。第二天，將近兩百個當地人劃著小船把“貝格爾”號包圍起來，並且登上甲板要作買賣。早飯後，達爾文到近處的高達六百--八百米的陡峭的山上去遊覽，從那裏可以清楚地看到鄰近的一個被暗礁所包圍起來的愛米奧島。當達爾文從山上下來時，一位當地人迎接了他，並用香蕉、菠蘿、嫩椰子汁來招待他，這種椰子汁真使在炎熱的太陽下遊玩之後的達爾文十分解渴。達爾文同他約好，第二天由塔希提人帶他沿提阿烏拉河穀往上走到這個島的最高的地方去，提阿烏拉河在離金星角不遠的地方入海。在生長茂密的各種各樣植物之間，有一條深深的狹穀，狹穀之間是一條河床，這條道路就順著這條河床向前延伸，路上風景美麗如畫。幾位向導帶了一個掛在鐵環上麵的小魚網，潛入河水深處，“真象水獺那樣，瞪大眼睛，窺視著各個角落和穴洞中的魚，就這樣來捉魚”。
後來，當這條河流在上遊分成幾條小支流，象瀑布一樣降落下來時，塔希提人和達爾文便開始沿著幾乎是陡直的斜坡上那些稍微突出的部分向上爬，要不是各種植物遮住了他們腳下的那些深不可測的山穀的話，達爾文未必會在這裏向上攀登。在河岸上掛滿熟香蕉的香蕉樹林裏，塔希提人用一些竹竿、樹皮和香蕉葉，很快造成了一個小屋子來過夜，而用枯萎的樹葉當被褥。塔希提人把一根木棍的一端在另一根木棍上的孔眼處轉上幾圈，很快就取得了火，把篝火點燃起來；他們用篝火把一些石頭燒熱，然後把用葉子包起來的牛肉塊，魚肉塊、香蕉和歐竽頭放在這些石頭上麵，並全部蓋上土。二十五分鍾之後，晚飯就非常理想地完全烤製成了。
第二天淩晨，下了一陣暴雨，但是由於這幾個行路人躲在用芭蕉葉蓋的屋頂下，所以沒有被淋透。他們沿著原來陡峭的山坡往下走，二十日中午時分回到了馬塔凡。第二天，菲茨·羅伊命令起錨，“貝格爾”號開往新西蘭。在無邊無際的太平洋上經過長期航行之後，十二月十九日達爾文及其旅伴們遠遠地望見了新西蘭。次日，“貝格爾”號駛進北島的群島灣，並在這裏停下來。這個外形柔和崗巒起伏的國家，被許多海灣切成一小塊一小塊，近處被蕨類植物所覆蓋，遠處則被一片片的樹林所覆蓋。岸上的茅舍用作傳教士及其仆從和工人停留的地方。英國人住在那些粉刷得潔白的小屋子裏，當地人則住在那些小窩棚裏。達爾文預定在第二天對周圍地區的遊覽並不是輕鬆的，因為這裏長滿了茂密的蕨類植物和灌木，許多小河和很深的海灣又截斷了道路。這裏無論在什麼地方，而尤其是在丘陵地帶，到處都可以看到過去構築的工事、台階、台地和塹壕的遺跡。在達爾文所處的時期構築的新工事已經是另外一種情況了，它們構築在平坦的地方，其形狀是兩道曲折的柵欄，柵欄外麵再堆起一些土圍牆。早在科克艦長航行時期就表現得非常英勇的新西蘭人，在達爾文所處的時期還保持著這種英勇精神，並且具有殘忍、粗暴和狡猾的特點。
十二月二十二日晚，達爾文和菲茨·羅伊到科羅拉季卡這個大村莊去閑遊了一次。當時新西蘭住有許多流放犯，那些傳教士們對本國同胞所作所為的不滿遠遠超過了對當地人所作所為的不滿。傳教士們甚至常常請求當地的領袖來保護他們，免遭其他國人和英國人的欺侮。
十二月二十三日，達爾文坐著一條小船，沿著一道小灣，在英國領事布貝和一位新西蘭領袖的陪同下，到一個距離群島灣有十五海裏的叫作惠馬特的小地方作了另一次短途旅行。這位新西蘭的領袖是達爾文深入新西蘭各村莊去旅行時的向導。這裏的居民們吃的是歐洲人運來的馬鈴薯、蕨類植物根和海濱的一些軟體動物。當地人見麵時要通過相互碰鼻子和握手來表示歡迎對方。他們的茅屋很象肮髒的露天牛棚，這種茅屋有一堵牆把一間用來睡覺和保存財物的小屋隔開。這裏土地肥沃，屬於火山土壤。覆蓋在土地上麵的蕨類植物，在那些從前長著樹木、後來被燒光並加以開墾的地方，長得非常茂密。在樹林裏，達爾文觀賞了那些高大的貝殼杉鬆，這種鬆樹的根部，周圍約有十米長。樹幹高達二十五英尺，樹幹上沒有樹枝，是一種光滑的圓柱，上下粗細差不多。新西蘭的樹林根本無法通行。樹林中鳥很少。可以看到很多由英國人和法國人運進來的歐洲植物，它們已開始在有力地排擠著當地的植物。