返回英國的最初兩年
劍橋和倫敦由於日夜在郵車上顛簸，達爾文在上路的第一天自然感到疲倦，特別是在長時期的暈船使他幾乎處於半死狀態之後，更是如此。但是，當他的郵車驅近故鄉的城市時，英國的田野、菜園和森林使他愈來愈感到高興。十月四日，他回到施魯斯伯裏時，時間已經很晚了，因此他在一家旅店裏住下，決定不在夜裏驚動親人。第二天，快吃早飯時他來到了芒特。他看到父親和姐妹們都很健康，和離開他們時的樣子差不多。
隻有父親在離別五年間有些衰老了。父親滿意地打量著兒子高高的個子（他現在能為兒子感到自豪），對女兒們高興地喊道：“瞧，他的頭型甚至全變了”！姐妹們都不同意這個說法，因為在她們麵前的仍然是那個可愛而善良的兄弟，和從前一樣，用他那含情的眼光看著她們。但是，父親的話裏有很多是正確的。五年的旅行生活使查理大大變樣了。現在他已經是一個向自己提出並解決了許多科學問題（主要是地質方麵的問題）的人，他已經是一個發展了自己的意誌的人，他已經習慣於經常精力充沛地進行勞動和觀察，習慣於遵守體力紀律和腦力紀律。這種紀律和孜孜不倦的精神立即表現出來。
在旅行中，每到一個新地點，“第二天”他就登上山頂，觀察新的地方，並著手搜集材料；和這種情況相類似，現在，在施魯斯伯裏也是這樣，第二天他就登上了自己的“山頂”，從那裏可以最清楚地觀察自己將要活動的“場所”，帶回來的搜集品要求按專家的意見進行分類加工；要作關於“貝格爾”號的報告；要寫一係列的在他頭腦中已經形成的地質著作（火山島的地質、南美洲的地質、珊瑚礁的理論），然後關於與加拉帕戈斯群島上的生物分布有關的“物種”問題也要解決；《旅行日記》要準備出版（這部日記在旅途中連同詳細的材料一起分批寄到了施魯斯伯裏）。在達爾文看來，他始終不渝的忠誠朋友漢斯羅，就好象是這樣的“山頂”，從這裏可以最清楚地觀察到所有這一切。達爾文必須盡快地“向自己的首席海軍大臣”（這是達爾文在旅行結束時從路上寫信給漢斯羅時對他開玩笑的稱呼）作一番自我介紹。達爾文要親自同漢斯羅談一談，因為他知道，漢斯羅不僅在他的一切創新中會給他出最好的主意，而且還會幫他的忙。雖然達爾文“由於同親人見麵而高興得頭腦完全發了昏”，但他真的“第二天”就寫信給漢斯羅，詢問漢斯羅是否在劍橋。同一天，他還給那位同自己親密相處多年的艦長寫了一封信，告訴他，為了歡迎查理先生的歸來，仆人們都痛飲了一番。
信寫得特別親熱，全是“最好的話”。把搜集品加以分類，以便進一步整理和確定，這在開始時是一件很不容易的事。達爾文的熟人、待他十分友好的賴爾勸他，他應當親自研究地質學。解剖學家和古生物學家奧溫不反對解剖一些用酒精浸製的動物。當時擔任倫敦大學教授、他的老朋友格蘭特準備研究某些珊瑚。但是，起初誰也沒有準備去建立完整的隊伍。一些博物學家不參加，許多象昆蟲學家雅瑞爾這樣的人則忙於其他工作。漢斯羅建議把動物的各科在劍橋的博物學家中加以分配。達爾文把這當作工作中第一階段的計劃，因為在劍橋享有崇高威望的漢斯羅所給予的幫助，在他看來是重要的。他打算在劍橋度過幾個月並在那裏開始自己的工作。然後達爾文認為必須把自己的工作移到“汙穢的、可憎的倫敦”去，因為在那裏，隻有他在場，才能推動專家們對旅行期間搜集的動物資料進行研究。
但是，他不喜歡倫敦的那些動物學家。他曾出席過動物學會的一次會議，看到與會者“用那種與有教育的人的身份不相稱的腔調相互攻擊……”於是，達爾文就著手實現自己的打算。十月底，他把自己的東西和搜集品從“貝格爾”號上卸下來運往劍橋。在倫敦，達爾文結識了許多大博物學家。其中，賴爾表現得非常熱情，他對達爾文的計劃非常關心，並且產生了興趣。要是我們回憶一下，英國的那些老地質學家們，曾經如何仇視賴爾的唯一神教派，他的地質學思想在傳播並被人接受方麵曾遇到過多麼大的困難，那我們就可以理解為什麼賴爾會對達爾文采取這樣的態度了。達爾文不僅熱烈地擁護賴爾的地質學思想，而且還準備在地質學方麵超過他這位老師。因此，賴爾急不可耐地等待著達爾文旅行歸來。當“貝格爾”號還在新西蘭時，賴爾就寫信給塞治威克說：“我由於盼望達爾文的歸來，感到非常的寂寞。我希望你們在劍橋不要把他獨占了。”
我們已經知道，達爾文對賴爾曾經作了多麼高的評價，而賴爾在發展達爾文的地質學思想和生物學思想方麵又起了多麼大的作用。可見，他們彼此之間是互相需要的，因此，他們兩人在相識之後彼此都相當滿意，並且很快就成了朋友，這是毫不奇怪的。賴爾當時年近四十歲。達爾文不久就被選為地質學會會員，接著又被選為動物學會會員。十一月，達爾文來到梅爾的韋季武德家，在那裏，人們正焦急地等待著他，因為有關他取得成就的名聲已經遐邇皆知了。所有遠親都被邀請來“看他”。埃瑪很想向他詳細詢問關於旅行的情況，不過她又擔心由於自己對查理到過的那些國家知道得太少，他會不樂意給她講的。她的擔心是沒有必要的，查理一直在非常親切地談論，人們毫不客氣地向他提了很多問題。正如埃瑪在一封信中寫的那樣，他的姐姐卡羅莉娜是“那樣地為他感到幸福和驕傲，以致看到她就使人感到高興”。
談論的話題還有達爾文的日記，日記是同信件和科學劄記一起由達爾文分批寄往家中的，因此他的姐妹們早已知道了。菲茨·羅伊看了這本日記後，建議把它同自己的日記合在一起作為一個完整的讀物出版。姐妹們和埃瑪卻堅持一定要把達爾文的日記同艦長的報告分開出版。正如達爾文所預計的那樣，他在劍橋度過了冬天，他是在一八三六年十二月十日來到劍橋的。起初，他住在親切熱情的漢斯羅那裏，後來他租了一個單獨的房間。在劍橋呆的時間拖長了，因為他想在這裏檢查完他的地質搜集品（米勒教授在這裏鑒定了他的礦物和礦石），此外，他還下很大功夫致力於《一個博物學家的考察日記》。達爾文已經不再覺得自己是在基督學院曾經享有很高聲望的大學生了！
一八三七年春天，三月六日，達爾文從劍橋來到倫敦，安頓在大馬爾勃羅大街（他哥哥伊拉司馬斯就住在這條街上不遠的地方），一直住到九月，在這期間他主要是對《日記》進行加工。菲茨·羅伊艦長出版了描述他乘“貝格爾”號作兩次旅行的著作。第一卷描述的是他於一八二六--一八三○年在金克率領下的旅行，第二卷描寫的是有達爾文參加的一八三一--一八三六年的旅行；第三卷應該是達爾文寫的《一個博物學家的日記》。
但是，達爾文在日記中所遵循的不是時間的順序，而是地理的順序；他正確地認為，把注意力放到對訪問國的描寫方麵，這對讀者來說要更容易理解一些，在這種描寫中，他有意包括了動物的生活方式、地質考察、風景描寫以及個人的印象。他在六月份寫完日記之後，正如他給福克司的信中所寫的那樣，他“給自己放了假”，動身到施魯斯伯裏去。但《日記》中仍然存在一些缺陷，需要最後整理好，以便付印，然後還要看校樣。如果不知道達爾文在旅行期間已經對《日記》作過認真的修改，那就會對達爾文整理《日記》的速度感到驚奇。剩下來的隻是要對那些隻有在專家的參與下才能弄清楚的最有意義的航行結果作一些壓縮和補充。在“貝格爾”號上，菲茨·羅伊的圖書館裏藏有大量的旅行南美和周遊世界的著作，達爾文當然經常地研究這些著作。在旅行期間，達爾文廣泛地奉行著培根的箴言（他後來把這個箴言介紹給剛參加工作的年輕的地質工作者，要他們注意）：“閱讀使人全麵，商談使人有經驗，而寫作則使人準確”。達爾文在結束《日記》時，再一次重新考慮了加拉帕戈斯群島留給他的印象。而物種起源問題又非常複雜地擺在他的麵前。他認為，應當學習賴爾在地質學方麵作出的榜樣，首先搜集與動植物的變異現象有某種關係的事實。
達爾文，正如他本人在自傳中所說的，是以真正的培根精神在工作的，他不受任何帶有偏見的理論的影響，廣泛地搜集主要與人工培育的品種有關的事實，利用出版的著作，同有經驗的畜牧家和植物栽培學家保持聯係。七月份，他開始第一本關於物種問題筆記的寫作。在這個期間，達爾文還作了兩個地質報告（關於《南美的巨漂礫》和關於地震），這兩個報告受到了地質界的讚揚。他以前從來沒有這樣忙過。這種活動是符合他的科學願望的，但是留給他從事其他工作的時間就太少了。在旅行結束時，他曾向往將來能生活在施魯斯伯裏，生活在他親愛的父親和姐妹們中間，而現在他在幾個月的時間裏好不容易才能找到一個星期的時間來故鄉小祝看來，查理來到倫敦和賴爾的援助，對他為《‘貝格爾’號的動物學》一書搜集的材料進行分類整理是有幫助的，這本書應當根據準備情況出版成一些單獨的論文或篇章，以使作者不至於相互阻礙。那些自以為博學多才曾嚇唬過達爾文的植物學家，開始對他有好感了。他在寫給詹寧斯的信中說：“請告訴漢期羅，我認為我的那些化石樹已熔化了布朗（著名植物學家羅·布朗）的鐵石心腸，因為他談到了加拉帕戈斯群島上的植物，而以前對於這些植物他卻隻字未提”。