東林黨前一陣表示了今後會跟朝廷合作，而不是要繼續通過對朝中人物的評論彰顯自己的獨立性，但是他們在“濟世救民”的口號下想獨立於皇權體係外的宗旨沒有改變。也就是說他們在行動上願意合作但在思想上不想依附，因為限製皇權是東林黨創始人顧憲成的核心思想，如果放棄了這一點東林黨也就算走了修正主義道路。
在高攀龍與趙南星的私下商議中，東林黨今後對以皇帝為代表的朝廷是合作為明為主，監督為暗為輔，假如皇權過大甚至開始排斥異己走向獨裁，東林黨也要有相應的應對措施。雖然他們沒有公開說出來，但明眼人都看得清清楚楚洞若觀火。這次在官員的選擇製度方麵的討論上，盡管他們知道天啟通過直接幹預的方式任命的幾乎都是東林黨人，但因為這是他們要盡量抵製的手段，所以才顯得有些不作為還頗有微詞，這是典型的“端起碗吃肉放下碗罵娘。”
出於解決隱患的目的，天啟覺得有必要把話說明，因為他知道現在的大明有包藏禍心的還有飄洋過海來的什麼人都有，一個獨立於朝廷體係外的有自己獨立思想的政治集團，很容易被蒙蔽而走火入魔。
見高攀龍神色尷尬，天啟直接說道：“朕知道東林書院的人自稱東林黨，是一個有獨立思想的政治團體，合作隻是手段而不是你們的最終目的，你們的想法就是思想上的不依附，以求自身的正確與獨立，不知道朕說得對不對？”
高攀龍說：“無論怎麼說臣等對皇上都是無條件忠心的，對國家、對百姓都是一心一意沒有私念的。”
天啟說：“朕一點也不懷疑你們的忠誠，但很多時候很多人都在忠誠的外表下做錯事。因為忠誠所以認為自己正確，因為忠誠所以做事不計後果。就像這次張貼小報的兩個東林黨人，難道他們不忠誠嗎？正是因為他們的自以為是才被別人利用。再說了，你們這代人是無條件忠心的，那你們敢保證你們的下一代、下下一代也是無條件忠心的嗎？”
見高攀龍和劉宗周都沒有啃聲，天啟歎了口氣說：“你們想一想，一個跟朝廷離心離德的政治團體，在大家沒有分歧的時候自然會相安無事，但假如某一天互相有了都不肯讓步的爭執，這個團體不是被打壓取締不存在，就是要自己尋求武裝力量自保。這個時候分道揚鑣是肯定的了，互相間你死我活也不是不可能，這種隱患你們難道就沒有發現？”
高攀龍低頭說：“臣惶恐，請皇上指一條明路。”
天啟點了點頭說：“既然高大人說你們對朕是無條件忠誠的，那麼就需要將這個隱患消除在萌芽之中，以此來表明你們的忠誠。朕的意思是你們要出個綱領性的文件，表明你們跟朝廷始終是一心一意的，風雨同舟榮辱與共忠貞不渝。就算朝廷的某些地方做得不對，你們也應該用完善、補充的態度來提出意見和建議，而不是像以往那樣站在一邊說風涼話顯得事不關己，現在要做的就是要思想上和行動上都參與進來融合進來。”
見高攀龍在思考，天啟繼續說道：“當然，朕知道你們有顧慮，怕今後無條件融入參與進來後朝廷做了錯事你們不好開口指責。其實大可不必有此顧慮，既然你們對朕是無條件忠誠，那麼真出了這種事朕也會無條件支持你們的，東林黨還是那個心係國家和百姓的東林黨，不會讓你們死後無顏見顧憲成先生的。”
劉宗周這時問道：“皇上，臣問個有點大不敬的話，假如在某件事上皇上做錯了卻固執己見，還能支持臣等反對你自己嗎？”
天啟笑道：“既然是固執己見還支持你們幹什麼？朕又不是傻子。”