貝·布托在競選中許諾要努力發展經濟，消滅貧困和社會不公正，鏟除腐敗，維護社會安定等。但她執政後，由於安排了一些親屬和親信居於高位，引起黨內外的不滿。
1989年，人民黨元老、前旁遮普省首席部長穆斯塔法·卡爾脫黨後重返人民黨，期望得到重用，但遭冷遇，因而與貝·布托決裂。貝·布托被總統解職後，他被看守政府總理賈托伊任命為內閣部長。人民黨總書記古拉姆·侯賽因因不滿黨的並列主席貝·布托的一些作法而移居國外。由於黨內矛盾激化，有些人民黨領導成員也公開指責貝·布托政府。
另外，貝·布托政府上台時許諾的一些提高人民生活水平的福利項目，因無法兌現也引起人民和人民黨基層群眾的不滿。
第四，社會治安和經濟形勢日益惡化。
1990年以來，巴基斯坦各省連續發生暴力事件和惡性案件。特別是在人民黨的基地信德省，本地人和印巴分治時流入巴基斯坦的移民之間衝突連綿不斷。
移民的政治組織“全國移民運動”在1988年大選前曾是人民黨的盟友，並在1988年12月與人民黨組成聯合政府。後因與人民黨在一些政策上產生分歧，於1989年10月退出貝·布托的聯合政府。全國移民運動倒向反對黨後，攻擊人民黨違背結盟協定，與人民黨的矛盾激化，從而導致雙方的基層群眾不斷發生衝突，卡拉奇和海德拉巴等城市連續發生騷亂。人民黨政府在平息這一動亂時，又偏袒信德本地人，致使事態日益嚴重，最後隻得動用軍隊平息騷亂。
1988年人民黨政府上台時就麵臨財政拮據等經濟困難，上台後又被迫忙於應付反對黨的挑戰，無法集中精力搞建設。由於中央財政預算的45％以上用於軍費支出，國債的利息支付又占30％左右，政府財政除了支付雇員的工資外，所剩無幾。近年來，巴基斯坦的經濟發展速度下降，由原來的7％降至4％，通貨膨脹率從4．8％上升至11％。1989財政年度的外債已達到140億美元，內債達到3280億盧比，經濟形勢非但沒有好轉，反而進一步惡化了。
對此，貝·布托也坦率地承認政府有失誤。但她辯解說：“也許我們沒有一個有經驗的領導集體，否則我們可以把事情辦得更好些。我們不是天使……我們的成就大大超過了我們的失誤。這些缺點和失誤不能成為解散我的政府的根據。”
被解職後的貝·布托並未因此而沉淪。她一麵抨擊伊沙克·汗總統的決定是“不合乎法律的專斷行為”；一麵號召人民黨黨員保持鎮靜，堅持鬥爭，並稱總統宣布的大選如能按期舉行，人民黨一定能重返政壇。
穆斯塔法·賈托伊任看守政府總理後，一再保證10月24日大選將如期舉行。並說已下令給選舉委員會，“為自由、公正的選舉進行充分的準備”。
1990年10月的巴基斯坦大選，候選人將競爭國民議會217個席位，其中207個是普通席位，10個是少數民族議席。並為婦女保留了20個議席。
賈托伊的看守政府為了獲得證據以剝奪貝·布托參加競選的權利，8月7日就通知移民局禁止貝·布托、她的丈夫阿希夫·紮爾達利及她的公公哈金·阿裏·紮爾達利等33人在看守政府對他們進行調查過程中出國。貝·布托在卡拉奇住所的私人秘書法希姆·英古爾，巴基斯坦毒品管製委員會地區主任阿迪·西昆德，商人阿裏·卡茲米和祖爾菲·米爾紮，前信德省首席部長的特別助理穆斯塔法·庫紮伊等5人首批被捕，罪名是貪汙或走私軍火。
8月12日，總統伊沙克·汗、看守政府總理賈托伊和軍隊高級將領三方磋商後，宣布隻要貝·布托和她的一家離開巴基斯坦並退出政界，政府將不對她提出貪汙指控。意即要貝·布托從此後告別政壇。因為他們認為，一旦貝·布托告別政壇，移居國外，人民黨便會群龍無首，成不了氣候，從而消除他們在政治上麵臨的威脅。
由於貝·布托沒有像看守政府希望的那樣離開巴基斯坦，8月下旬，受伊沙克·汁總統之命，看守政府在全國建立了11個特別法庭，準備審訊貝·布托以及100名前國民議會議員和貝·布托內閣的部長。
9月22日，看守政府向拉合爾高級法院起訴，指控貝·布托曾下令竊聽其內閣部長和反對黨議員的電話。此外還指控她貪汙受賄和搞裙帶風以及在1989年11月議會就不信任案投票中動用情報機構的經費收買議員。另一方麵，伊沙克·汗總統又聲稱，如果貝·布托在預定於10月舉行的大選中獲勝，他依然準備同她分享權力。如果群眾要她重新掌權，他將第一個歡迎她回來執政。但是總統又說他將就貝·布托發表反對武裝部隊的講話對她提出訴訟。
貝·布托對來自伊斯蘭民主聯盟和看守政府方麵的指責—一加以反駁，決不屈服。另一方麵，她整肅人民黨內部，積蓄力量，製定新的鬥爭策略，力爭使人民黨東山再起，重新上台執政。8月10日，在卡拉奇舉行的人民黨中央執行委員會會議上，成立了憲法專家季員會，準備起草對總統解散貝·布托政府和國民議會的行政訴訟狀，然後遞交給黨的中央委員會討論。該專家委員會有權決定是否向高級或最高法院提出訴訟。
8月18日，貝·布托回到伊斯蘭堡後對聚集在哈哈爾廣場上的群眾說，指責她的政府貪汙腐化是沒有根據的。她發誓說要與她的政治對手作鬥爭。貝·布托指責看守政府設立特別法庭是針對其丈夫和一些朋友，並宣布他們將拒不到任何特別法庭去對質，但將到任何普通法庭對質。她表示自己與貪汙腐化無任何牽連，自己也決不會離開巴基斯坦。1990年10月24日，對於貝·布托來說，是她政治生涯中最沉重的一天。素日端莊秀美的臉龐消瘦了許多，她的心也處在痛苦、鬱悶中。
10月24日，巴基斯坦舉行了建國43年來的第5次選舉。全國共1330競選人參如國民議會217個席位的角逐。
10月25日，選舉結果揭曉。以貝·布托領導的人民黨為主的由三黨組成的人民民主聯盟遭到慘敗，在國民議會中僅獲45席；以穆斯林聯盟為主的伊斯蘭民主聯盟卻獲得105席；其餘席位被獨立人士獲得。在隨後舉行的省議會選舉中，人民黨僅在貝·布托的家鄉信德省獲勝，在100個議席中獲得46席，居領先地位，而在其他三個省所得議席都遠遠落在伊斯蘭民主聯盟後麵。
這一結果不僅出乎貝·布托的預料，也是許多分析家所始料不及的。大選前人們曾普通認為人民民主聯盟同對立的伊斯蘭民主聯盟兩大對手旗鼓相當，難分伯仲，選舉中必有一番激烈爭奪。
貝·布托10月24日在信德省拉卡納老家參加投票之前很有信心地說：“盡管預言並不妥當，但我相信人民黨將取得壓倒性勝利”。她的母親努斯拉特·布托I0月19日在美國紐約代表女兒接受一項婦女領袖獎時也表示，如果當局剝奪她女兒的參政資格，她準備出任總理。然而，事實卻是殘酷的，人民黨所得的選票比1988年選舉所獲得的93席少了一半還多。其失敗之慘，令巴基斯坦國內外人士膛目結舌。
在這次大選中，盡管貝·布托同母親努斯拉特·布托及丈夫阿希夫·紮爾達利一道再次當選為國民議會議員，但至少有15名原人民黨的內閣部長在此次選舉中落馬。相反，伊斯蘭民主聯盟幾乎所有重要領導人都在選舉中獲勝。穆斯林聯盟領導人、前總理居內久和現任看守政府總理的賈托伊在1988年選舉中均在家鄉信德省各自的選區慘敗，而此次卻都擊敗了人民黨候選人。伊斯蘭民主聯盟主席納瓦茲·謝裏夫和前總統齊亞·哈克的長子伊賈茲·哈克更以遙遙領先的票數輕取對手。伊斯蘭民主聯盟的一位發言人稱選舉結果“比他們預料的最好結果還要好！”
然而，這次選舉付出的代價也是極大的。盡管有十多萬軍警在全國各地維持秩序，但暴力事件仍有發生，致使至少9人喪生，60多人受傷。選舉是在緊張的氣氛中進行的，這與1988年大選形成了鮮明對比。
選舉結果公布後，貝·布托指責以伊斯蘭民主聯盟為主的看守政府利用職權，操縱選舉，並對選舉中發生的舞弊行為感到憤怒和震驚。她說，伊斯蘭民主聯盟阻止人民黨成員前往投票，公然在警察眼前更換投票箱，選舉結束後又遲遲不公布統計結果，這次大選有嚴重的舞弊行為。
6支國際觀察小組應邀觀察了巴基斯坦這次選舉。總部設在美國的“國家民主協會”派出了一支由來自17個國家的40名成員組成的觀察組。它在一份初步報告中稱：“觀察員們獲悉選舉中發生了一些嚴重問題，但這些問題不致嚴重影響選舉結果。”“總的說來，選舉是自由的、有秩序的。”