崔永元的父輩屬於完全沒有個性的時代追隨者，崔永元從小到大也是個聽話的孩子，他從來都是三好學生，也沒有那麼多想法，“基本上都會覺得別人說的挺對的。直到上大學以後，價值觀發生了根本的變化。”
1981年，崔永元進入傳媒大學新聞係學習，他從小到大都喜歡曆史課，有一次老師講南昌起義。他覺得挺吃驚。“這時發現南昌起義是政府軍裏的起義，不是共產黨組織的秋收起義暴動，等於是一幫人反叛了，開始跟著共產黨人要開始做事。忽然意識到是這麼個意思。然後就想到會不會還有這樣的事情呢？會不會國民黨還有往共產黨走的？共產黨是不是也有往國民黨走的？這些以前都沒仔細想過。”
崔永元讀書的1980年代，恰逢全民進行知識重構的時候，思想解禁但又有控製，物質貧乏但欣欣向榮，各種海外知識、書籍聯係開始海量出現，這十年，大學生就像海綿吸水一樣，大學裏麵經常會有各種各樣的講座和活動。和許多今天那拔充滿理想主義者的文化人一樣，崔永元的“理想主義”也正是在彼時慢慢形成的。
很多年以後，崔永元從《實話實說》出來轉而去做“口述曆史”，這並不是一種偶然，柴靜在新書《看見》當中有一段描述這樣說道：“他（崔永元）說現在一遍遍看自己片子裏的這些抗戰老兵：‘我每看這個，就覺得自己非常渺小，我們受那點委屈算什麼啊。這裏所有的人都是九死一生，家破人亡，多沉重的詞啊，對他們來說小意思。受盡委屈，有誤會，沒有錢，半輩子吃不飽飯，兒女找不到工作，女朋友被人撬走，鄰居一輩子在盯著你。當我每天看他們經曆的時候，我忽然覺得我這個年齡經曆的所有事都特別淡。’”
做《口述曆史》前，也是網傳崔永元有鬱抑症的時候，還有一段崔永元和柴靜的對話，“他一句寒暄沒有，談的都是直見性命的事。這些話題我不陌生——讓人失望的現實，缺少良知，缺少希望，缺少堅守的人……這些話，很多人在攝像機的紅燈麵前說，很多人在文章裏說，很多人在喝酒後說。他是在一個平凡的下午，坐在一個並不熟絡的同事麵前談這些。他說話的樣子，就好像這些東西都是石頭一樣，死沉地壓著他，逼著他。”
傳媒大學的同學，《舌尖上的中國》總策劃陳曉卿說崔永元是個“對任何人都充滿善意的人”，崔永元的理發師從1996年開始給他理發，兩個人之間非常熟。崔永元一有好煙就會送給他。“有的人會說，你送他幹嗎呀？我覺得特別莫名其妙，我不送他我送誰呢？我送台長啊？他也不抽煙啊，他抽也有的是人送啊。對我來說，理發師小劉是我哥們。部隊大院裏就沒這東西。每個人都是一樣的。”
“聰明人辦的糊塗事”
2013年，崔永元遇上了轉基因，他的聲譽似乎遭遇了前所未有的危機。
崔永元和方舟子是在微博上展開轉基因論戰的。2013年年底的一天深夜，崔永元發布了一條諷刺性的微博，內容上升到“問候對方母親”。該微博引來大量網民圍觀，有評論稱“小崔有點掉進自己的坑了，理性說事很難嗎？”隨後，崔永元回複表示“不難，我和所有人都理性探討，‘肘子’除外，抱歉！”
有人覺得，崔永元已經過於沉淪於這場論戰，在這條路上走得太遠。一位新聞傳播方麵的資深人士說“我尊重小崔的人文主義精神和社會關懷，但科學是科學，他根本不懂。”陳曉卿則說崔永元這次的表現有些奇怪。另外一位知識份子則解析說：“方舟子能把所有的好人變成壞蛋。方舟子是一個正確的壞人，小崔是一個有缺點的好人。”