洪武二十六年（1393年），“胡惟庸案”塵埃落定僅三年之後，也是馬皇後、太子朱標相繼去世之後，朱元璋以謀反罪處死大將軍藍玉。藍玉是開國功臣常遇春的妻弟，因平定邊疆立下赫赫戰功，受封涼國公。但其人卻飛揚跋扈、霸占民田、仗勢欺人。由此又一場大屠殺拉開序幕，受“藍玉案”牽連被殺的有一萬五千人。
曆史上將“胡惟庸案”和“藍玉案”稱為“胡藍之獄”。
胡惟庸、藍玉均因其貪贓枉法、肆意妄為死不足惜，然而那些因此而受牽連獲罪的眾多無辜之士難道真的該殺？“胡藍之獄”恐怕僅僅是個幌子，朱元璋是打著反貪的旗幟行屠殺功臣之實。
右丞相徐達之死便是很好的說明。這個朱元璋兒時的玩伴，幾十年來出生入死，屢建奇功，一直是明軍的統帥，被公認為功臣之首。他對朱元璋忠順恭謹，朱元璋一直也找不到他的過失。然而陰狠的朱元璋，竟乘徐達身患背疽忌吃鵝肉的時候，賜他蒸鵝。君命難違，徐達流涕而食，不日即死。
個性敦厚的懿文太子朱標，看到功臣們的悲慘下場，心中不忍，曾勸諫說：“陛下殺人太濫，恐傷和氣。”朱元璋把一根棘杖丟在地上，讓太子拿起來，太子麵有難色，朱元璋語帶雙關地說：“棘杖有刺紮手，我替你把刺除掉，再交給你，不是更好嗎？”
“飛鳥盡，良弓藏；狡兔死，走狗烹”，那些跟隨朱元璋出生入死打下大明江山的功臣在國家穩定之後竟成了皇帝眼中危及後世子孫基業的“荊棘之刺”，除湯和外均不得善終。為了保住老朱家的“家國天下”，朱元璋不惜將刺一一剔除，甚至連根拔起。相形之下，宋太祖“杯酒釋兵權”的手段似乎溫和太多了，漢高祖劉邦誅殺的也隻是韓信、彭越、英布等幾個將領，而因“胡藍之獄”受株連被殺的足足有四萬五千人之眾。以致朝堂中人人自危，唯恐哪日就將飛來橫禍，每日早朝總要先和妻兒訣別，交代後事。
相較朱元璋的陰狠毒辣，馬秀英依然不改賢良淑德、仁慈寬厚之本色，恪守“定天下以不殺人為本”，對於傳言、密報之類更能保持客觀態度，注重調查研究。自洪武十三年“胡惟庸案”目睹夫君大興黨獄、大肆屠戮功臣，馬皇後憂心忡忡，時時留心政事，想方設法諫忠言、千方百計保良臣，以一己之力挽救了多人性命。若非馬皇後巧妙地進諫，恐怕會有更多的人卷入冤案，命喪朱元璋的屠刀之下。
洪武十三年（1380年），大儒宋濂（做過太子的老師，編撰過《元史》）因長孫宋慎卷入胡惟庸案而受牽連獲罪，明太祖要將他處死。馬皇後及時勸說：“老百姓尚且懂得尊師重道，更何況帝王家呢！宋先生早已告老還鄉，怎可能牽連京中的事情？”朱元璋卻不為所動，一意孤行，“既為逆黨，怎能寬容？”隨後，馬皇後陪皇帝吃飯，她不喝酒，也不吃肉，悶悶不樂，朱元璋問起緣由，馬皇後回答：
“我不近葷酒，為宋先生祈福。” 朱元璋丟下筷子走了，第二天還是赦免了宋濂的死罪，改判謫守茂州。可年逾古稀的宋濂僅行至夔州，便染病身亡。
有一次，有人告發和州參軍郭景祥的兒子要殺自己父親，朱元璋大怒，當場表示要以不孝罪處死這個逆子。馬皇後知道了，趕緊滅火：“這是傳聞之詞，不一定真實，何況郭景祥就這麼一個兒子，雖說獨子容易驕縱，但也未必就盡如人言，須查明屬實，方可加刑，否則處死了他，郭家就絕後了。”後來經調查，果然是不實傳聞，如不是馬皇後勸說，郭家的香火可就斷了。