然而，精明算計的朱元璋怎麼也想不到他的煞費苦心雖然在表麵上防住了外人對朱家江山的覬覦，但卻無法阻止自家兒孫對皇位的貪婪！自朱棣“靖難之役”後，藩王之亂便此起彼伏，穀王朱穗、漢王朱高煦先後舉兵反叛，正德年間更先後爆發寧夏安化王朱寘鐇、江西寧王朱宸濠之亂。
正德五年（1510年），寧夏安化王朱寘鐇率兵發動叛亂，和當年的燕王朱棣一樣，安化王打出的旗號也是“清君側”，針對的就是宦官劉瑾，他斬殺了劉瑾派往寧夏以“清理屯田”為名進行搜刮的大理寺少卿周東等人後起事。為平定安化王之亂，武宗重新起用禦史楊一清，楊巧用反間計，利用“八虎”之一的宦官張永扳倒了劉瑾。這次叛亂從舉事到失敗，前後隻曆經 19天。
武宗開始還不以為然，當他親眼見到從劉瑾府邸查抄出無數金銀財寶（據說有 250萬兩黃金和 5000萬餘兩白銀，富可敵國），還有印璽玉帶、弓箭盔甲等禁物，在劉瑾經常拿著的扇子中甚至藏著的兩把異常鋒利匕首後，才勃然大怒。當年的八月，劉瑾被淩遲處死。在封建社會，除非謀反、殺父母親等屬於“十惡”的大罪，一般的死刑犯要等到秋天的霜降以後，在冬至以前才能處死，也就是秋後問斬之說。據說這是順應天時（季節變化），春天萬物生長的時候禁止行刑，也禁止捕殺幼小的鳥禽和走獸。
但劉瑾屬於謀反的第一重罪，所以不等到秋天的霜降到來就行刑了。
然而，安化王之亂無疑給同樣不滿武宗統治的朱宸濠做出了示範。正德十四年，江西寧王朱宸濠在南昌造反。
寧王朱權是明太祖朱元璋的第 17子，洪武二十四年 (1391年 )封王，逾二年就藩大寧，其封地最初在長城喜峰口外 (今內蒙寧城西邊 )，這是聯係大明東西邊境的戰略要塞。燕王朱棣發起靖難之役時，用計挾製寧王朱權，使大寧邊軍聽其指揮，朱棣還哄騙朱權：“事成，當中分天下。”朱權麾下的朵顏三衛更是英勇善戰的精良騎兵，這支剽悍的蒙古鐵騎為朱棣奪取皇位立下了汗馬功勞。朱棣即皇帝位後，為酬報朵顏三衛，將大寧一帶賜給了三個蒙古王（兀良哈部族的首領們）防守。而當初中分天下的諾言不但沒有履行，就連朱權改封蘇州、錢塘等南方之地的要求，也遭朱棣拒絕。永樂元年 (1403年 )二月，朱權改封南昌，寧王與皇帝間的矛盾也由此而生。
朱宸濠，是朱元璋的五世孫，寧王朱權的後裔，弘治的皇弟，正德的皇叔。孝宗弘治十年（1497年），襲封寧王。
朱宸濠之亂可以說是蓄謀已久，他先後賄賂太監劉瑾及佞臣錢寧、伶人臧賢等，恢複早在天順年間祖父朱奠培因罪被裁撤的護衛，同時畜養亡命之徒，肆意殺戮幽禁地方官員，強奪百姓田產。因正德沒有子嗣，野心勃勃的朱宸濠又企圖以長子入嗣武宗，妄想不費一兵一卒、名正言順地取得皇位。然而他的狼子野心很快被大臣們察覺。
正德十四年 (公元 1519年)，禦史蕭淮上疏揭發寧王的罪行：“寧王不遵祖訓，包藏禍心，招納亡命，反形已具”，並指出“不早製，將來之患有不可勝言者”。武宗感到事關重大，於是下旨收其護衛。
也許是做賊心虛，寧王覺得皇帝開始懷疑自己了，決定先下手為強。同年六月十三日，朱宸濠利用江西各地方官員為其祝壽之機，命令幾百個帶甲持刀全副武裝的侍衛將他們包圍起來，聲稱“奉太後密旨，令起兵入朝”。
而這時，適逢正德皇帝西巡剛回朝不久，閑不住的皇帝正醞釀南巡。為了諫阻南巡，還惹出一場朝臣大請願，大臣們幾乎把所有理由都搬出來了，什麼不合祖製、江南災荒之類，總之萬萬去不得，最後甚至集體跪在皇宮門前，要求皇帝停止南巡。
被朝臣們這一鬧，正德本對南巡之事已興趣索然，可就是那麼巧，朱宸濠叛亂了，而且這場叛亂還波及了武宗極為信任的鐵飛花。
據說，鐵飛花和寧王的弟弟鎮國公朱宸浫關係不錯，才因此受到牽連。當時禦史蕭淮上奏武宗，說鐵飛花勾結反賊，請求武宗立即擒拿反賊同黨。
武宗當然不同意，蕭淮的奏折給駁了回去。
此時，滿朝文武已是議論紛紛，各種說辭滿天飛，甚至說鐵飛花數度升遷都是由於與寧王勾結。
為了避嫌，也為了證明自己的清白，鐵飛花毅然上表辭官，可武宗還是不批。
最後，鐵飛花留下一個辭表不告而別。
結黨營私，鐵飛花自認不擅長；爾虞我詐，鐵飛花自認不擅長；巧言令色，鐵飛花自認不擅長；她擅長的是勘驗破案、是恪盡職守、是問心無愧。既然再無力兼濟天下，隻能就此離去，“留取丹心照汗青”好了。