光陰荏苒，就在萬曆皇帝大肆怠政、縱情聲色的時候，東北的白山黑水之間，女真一族已悄然崛起。
萬曆四十四年（1616年），女真酋長努爾哈赤在赫圖阿拉（今遼寧新賓縣）建立“大金（後金）”，開始連連發動對明朝的進攻。
萬曆四十七年（1619年），薩爾滸一役（戰場在今遼寧撫順以東），明軍慘敗，開原、鐵嶺淪陷。明神宗調集八萬大軍征邊應敵，不料出師不利，八萬大軍幾乎全軍覆沒。遼東官兵“一聞警報，無不心驚膽喪”，甚至“裝死苟活，不肯出戰”。遼東軍情告急，嚴重威脅大明國都北京城的安全。舉朝震驚。朝廷急調永順、保靖、石柱、酉陽等土司兵赴遼救援。此時已四十六歲的秦良玉立即調遣其兄邦屏、弟民屏率五千白杆兵先行，接著自統精卒三千與子祥麟趕赴遼東戰場。邦屏、民屏率兵抵遼陽後奉命鎮守沈陽西南渾河附近。
萬曆四十八年（1620年），秦良玉的白杆兵已與後金軍隊打了幾場硬仗，極大地挫傷了後金兵的銳氣。這時，明神宗萬曆皇帝朱翊鈞駕崩，享年 58歲，葬於定陵。明光宗朱常洛繼位，光宗在位僅一個月就崩逝，十六歲的皇子朱由校登上皇位，是為明熹宗。萬曆長達三十年的罷工，明朝朝政長年陷於癱瘓，已內外交困，風雨飄搖；加之前後僅短短幾個月時間頻換皇帝，朝廷一時無人主事。天啟元年（1621年），後金再次乘虛而入，一舉攻占沈陽，氣焰更加囂張，勢頭更加猖獗。
為了盡快奪回大明國土，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏率“白杆兵”一馬當先，強渡渾河與後金兵激戰，無奈遭敵兵四麵襲擊，因寡不敵眾，秦邦屏和千餘士兵戰死沙場，秦民屏身陷重圍。秦良玉聞訊，親自率領百名白杆兵，渡河殺入重圍，拚死救出了弟弟，搶回了哥哥的屍體。渾河血戰雖未能取勝，卻在極其艱苦的情境下殺敵數千，重創後金部隊，被譽為“遼左用兵來第一血戰”。兵部尚書張鶴鳴奏稱：“渾河血戰，首功數千，實石砫、酉陽二土司功。”
渾河血戰之後，因秦良玉智勇雙全，朝廷命她鎮守榆關（山海關）。秦良玉則先遣使入都，趕製一千五百件冬衣撫恤士卒，隨後整頓餘部，親率三千精兵直赴榆關。榆關是後金占據遼陽進窺中原必經的咽喉要道。後金軍屢次派重兵前來叩關挑釁，秦良玉卻毫不理會，她坐鎮榆關，一方麵撫恤百姓，救濟饑民，安定民心；一方麵命令部下加強戒備，戮力防守，伺機而動，榆關防務固若金湯，有力地挫敗了敵軍的挑釁陰謀，有效地打擊了後金南侵的囂張氣焰。一次，秦良玉的兒了馬祥麟帶兵巡關時，被敵軍的流矢射中一目，他忍痛拔出箭鏃，援弓連發三箭，射死三個敵人，後金將領大驚，從此不敢輕易再來山海關挑釁。為此，馬祥麟在軍中還獲得了“趙子龍”、“小馬超”的美譽。
北上援遼卻遭遇兄亡子傷，年近五十的秦良玉悲痛萬分，她上書皇帝，陳述了白杆軍作戰及傷亡情況。天啟皇帝聞報，深為感動，禦賜“忠義可嘉”匾額，並賜良玉誥命夫人，進二品官服，任命其子馬祥麟為指揮吏，追封秦邦屏為都督僉事，授民屏都司僉事之職，也重賞了白杆兵眾將士。不久榆關戰事稍平，秦良玉奉令回川再征兵二千援遼，抵達石柱僅一天，正趕上永寧宣撫使猓玀族奢崇明反叛。奢崇明以奉詔率兵二萬援遼為名，進入重慶，久駐不發，自稱大梁王。繼而乘虛進逼圍困成都，嚴重破壞了抗清的形勢。奢崇明的黨羽樊龍占據重慶後，聽說秦良玉帶兵回到了石柱，由於同為“土司”鄉親，便派人攜大筆珍寶前往石柱與秦良玉“通好”。秦良玉大怒：“我受朝廷厚恩，正思報效國家，豈能與叛賊為伍！”當即斬了賊使，並火速發兵，溯江西上趕到重慶，出其不意地打敗了樊龍的部隊，攻占重慶。緊接著，她又揮師西上救援，派民屏、侄兒翼明、拱明率四千兵馬倍道兼行，自帶六千精兵長驅西進，直赴成都，趕走了圍攻成都的奢崇明部眾，先後拿下紅崖墩、觀音寺、青山墩等幾個大寨，徹底消滅了叛軍勢力。當時川地一帶諸土司“自治”部落皆收受叛軍賄賂，大多數逗留觀望，唯獨秦良玉率石柱兵奮勇拚殺。明廷敘功，授秦良玉為都督僉事，拜為石柱總兵官，她的兄弟和子侄皆獲擢升。成都之圍順利解除之後，秦良玉率領白杆兵騎馬進城時，成都的百姓紛紛湧上街頭，扶老攜幼，爭相一睹女將軍風采。這時秦良玉已是五十開外，雖然青春不再，但是數十年的戎馬生涯，卻將其磨礪得英姿勃發、氣宇軒昂，雙目炯炯有神，雙頰紅潤飽滿，身跨桃花馬、手持梨花槍，盡顯大將風範。成都百姓將其奉若神明，紛紛在她走過的路上焚香跪拜。都人聞白杆兵至，聚觀者如堵，馬不能前。