阮元的治學特點是由訓詁入手，長於比對歸納。和他之前的徽派樸學前輩一樣，阮元認為考據、義理、辭章三者是密不可分、兼顧並重的，不重考據，將無從窺探學問的門徑，無法升堂入室，但光重名物考據，不探求義理，仍然不能步入學問的殿堂。他在《揅經室一集》卷二《擬國史儒林傳．序》稱：“聖人之道貌岸然，譬若宮牆，文字訓詁，其門徑也。門徑苟誤，跬足皆歧，安能升堂入室乎……或者但求名物，不論聖道，又若終年寢饋於門廡之間，無複知有堂室矣。” 可見，阮元雖主張由訓詁求義理，但同時意識到漢學埋頭故紙，限於猥瑣的流弊，堅決反對“但求名物，不論聖道”的純粹訓詁之學，意在超越局部的研究而作融會貫通的工作，這也是阮元在學術見解上體現出與戴震之學的差異。阮元從事文字訓詁，著眼於源流和發展演變，著眼於字群音義上的相互聯係，不是進行一詞一義、一事一物的孤立的研究考證，而是以聯係的、發展的眼光來觀察研究事物。研究禮製典章，不糾纏於事物名稱的孤立考證，而是著眼於古代禮製的大體，不脫離曆史發展的背景和階段性，充分體現出他聯係、變化、會通的史學觀，誠如皮錫瑞所言：“今得阮元之通識，可以破前儒之幽冥矣！”（《經學通論．三禮．論明堂辟雍封禪當以阮元之言為定論》）
在考據方麵
阮元的業績主要體現在文字、主源、金石碑刻和對於典章製度的考等諸多領域，比如在考證文字本義和造字之始時，阮元與戴震提出的“讀書首在識字”的指導思想一脈相承，考證字的語源、本義、通假、訓詁並有所發揮。又如在對於古代的典章製度的研究中，阮元經過細密考證，寫出《明堂論》、《封泰山論》等文，認為所謂“明堂”、“辟雍”隻不過是上古沒有宮室時的一種簡陋的結構，很象後世遊牧地區的帳篷，上圓下方，四周環水，每逢大事如祭祀、行軍禮、學禮，或者發布政命，都在這裏舉行。阮元還說，“封”是統治者在南郊祭天，“禪”是統治者在北郊祭地。阮元這種解釋，都是他經過周密考證的結果，為時所稱。
阮元一貫主張“若義理從古訓中來，則孔子所得之義理，必自孔子以前之古訓中來”，正如在《詩書古訓》一文他說：“萬世之學，以孔、孟為宗；孔孟之學，以《詩》、《書》為宗。學不宗孔、孟，必入於異端。孔、孟之學所以不雜者，守商、周以來《詩》、《書》古訓以為據也。《詩》三百篇，《尚書》數十篇，孔、孟以此為學，以此為教，故一言一行，皆深表不疑。”此外，《論語論仁論》、《孟子論仁論》、《性命古訓》等都是阮元所作關於闡發義理的著述。
阮元先後在杭主政十二年，每到清明時節，他總要到郊外踏青，最喜歡去的就是遠離塵囂的半山（皋亭山）。他把半山比成紹興的蘭亭，和文人學士一起飲酒吟詩修禊。嘉慶
三年春天，杭城接連下了二十天的雨，天一放晴，他就邀好友陸耀遹、蔣徵蔚等人，坐著小船到半山看桃花。當船在半山橋靠岸後，半山一帶千樹萬樹的桃花絢爛奪目。他們在桃花叢中飲酒吟詩，直到遠處傳來隱隱的雷聲，醉意方醒，才踽踽登舟返回。
嘉慶五年阮元升任浙江巡撫，這年的三月上巳日，阮元邀了陳文述、吳文溥、孫韶、程邦憲、許珩、黃文暘等好友，坐著畫舫到半山，他們觀賞桃花後又作畫題詩，陳文述還在《皋亭山修禊作圖紀事》上，寫了一首“迎眸山色一痕清，修禊人來畫舫停；一種桃花與修竹，皋亭原不讓蘭亭”的詩句。
嘉慶八年閏二月，阮元到海寧一帶檢查海塘，回舟時特意從臨平過半山看桃花，他屈指一算這天是冬至後的第一百零二天，再過四天就是清明節了。他看到半山的桃花開得無比豔麗，漫山遍野都是黃燦燦的油菜花，便隨口吟出“江南江北花孰多，花多花少皆當歌，千紅萬紫不來看，花自春風人奈何”的詩句來，關照世人，切莫辜負這大自然賜予的美好春光呀！
嘉慶九年春，他和侄子阮常生等人乘船出城，沿著桃紅柳綠的河道，聽到了黃鶯婉轉的叫聲，看到了油菜花叢中飛舞的蝴蝶……舟行春色裏，身在明鏡中。當船行至石橋時，他走到橋上四處眺望，隻見一朵五色彩雲向半山方向飄然而去，他脫口而出：“春花何處來，消息甚輕捷；一夜皋亭山，綠遍新柳葉……”的詩句。
翌年，嘉慶十年 二月，半山的桃花又開了，阮元由於公事在身，不能親赴一年一度的半山修禊之會，便托其弟阮亨邀同人前往踏青觀桃，嗣後大家都作了詩給阮元看。
十年後的嘉慶二十年春三月，此時阮元已離杭赴他處任職去了，其弟阮亨仍然每年到半山來觀桃修禊。當他來到佛日寺，寺僧出示《皋亭雲隱圖》給他看，阮亨看後讚不絕口：大有黃鶴山人筆意。他在寺中小住數日，將自己和友人在半山觀桃修禊之詩，一首首地筆錄下來，輯成《皋亭唱和集》傳世。