穆罕默德·阿裏改革和埃及淪為半殖民地
1798年拿破侖遠征埃及，以失敗而告終，但它打開了埃及的大門，沉重打擊了統治埃及的馬木路克軍事封建集團。
在民族危機日益嚴重，馬木路克集團可能死灰複燃的曆史條件下，以穆罕默德·阿裏為代表的新地主—商人集團，徹底消滅了馬木路克軍事封建主，在軍事、經濟和文化教育等方麵實行改革，意在強兵富國。這次改革同有限的對外開放結合，學習歐洲先進的科學技術，引進先進的軍事裝備、機器設備和人材，發展農、工、商業，使19世紀初年的埃及成為中近東最有生氣的國家，也是亞非最先開始實行近代化的國家。這次改革無論在埃及和非洲曆史上都具有重要作用。
穆罕默德·阿裏的改革沒有觸動封建製度的基礎，阿裏王朝的封建專製和對外擴張，始終對改革的積極潮流起著逆向作用。第二次埃土戰爭，在列強的武力幹預下，埃及遭到失敗，阿裏被迫接受了列強提出的苛刻條件。從此，改革夭折，埃及開始淪為歐洲列強的半殖民地。英國商品潮水般湧入埃及，阿裏建立的近代化工業被衝得七零八落。在阿裏的繼承者統治時期，埃及的半殖民地化程度進一步加深。
拿破侖入侵埃及
18世紀末，埃及名義上仍是奧斯曼帝國的屬地，但實際上處在馬木路克軍事封建集團的統治之下。掌握實權的是擔任全國24個（後為16個）地區行政長官的馬木路克貝伊，其中勢力最大者一般擔任謝赫——貝萊德（Shaikhal—Balad），即開羅行政長官。奧斯曼素丹派駐埃及的總督按理說是埃及的最高長官，但實際上已被架空，地位類似奧斯曼宮廷派來的使節。據記載，當馬木路克上層集團對總督不滿意時，隻需派一個穿黑袍的使者去見總督，對他說一聲“走開”，總督就得滾蛋。
馬木路克集團對外奉行閉關鎖國政策，視一切先進的思想文化和科學技術為異端；對內實行封建專製統治，將一個曆史悠久的文明古國搞得滿目瘡痍。當時親身遊曆過埃及的法國學者沃爾尼指出：“政治混亂、社會衰敗和知識停滯使18世紀最後25年成了埃及整個曆史上最悲慘的時期。”
馬木路克貝伊們經常為爭權奪利而互相攻伐。僅18世紀60—80年代的短短30年裏，規模較大的爭鬥就出現了三次，共達10年之久，致使埃及內戰連綿，動亂不休。他們還不斷發動對外戰爭，僅1769年對敘利亞的戰爭就消耗軍費2600萬英鎊，死了無數青壯年。馬木路克頭目又是埃及的大封建主，一般擁有大片名義上仍屬於奧斯曼國家所有的土地，承包這些土地的稅收，僅將小部分稅款作為國稅上繳，而把大部分占為己有。馬木路克封建主征收的苛捐雜稅名目繁多，有的地方竟達70多種。至18世紀末葉，土地包稅製度盛行全埃及，包稅權已演變為世襲權利，並可轉讓或出賣，使包稅人實際上成了土地所有者。當時，擁有大部分包稅權的馬木路克封建主控製了全埃及70%的土地。
在馬木路克集團的腐敗統治下，埃及人民處於水深火熱之中。埃及人口曾超過800萬，但到18世紀末已不足300萬。勞動力缺乏和灌溉係統的殘破使農業遭到破壞，肥沃的尼羅河三角洲有1/3的耕地荒廢。外貿日趨衰落，昔日地中海東部的大商港亞曆山大成了僅有8000居民的小漁鎮。埃及的文化事業也停滯不前，高等教育僅限於攻讀伊斯蘭教神學和法學，初等教育隻是背誦《古蘭經》；圖書十分稀有，隻有極少數宗教學者才能看書寫字；全國大多數人都是文盲，包括幾乎所有的馬木路克貝伊在內；許多聞名世界的曆史文物年久失修，破損崩塌。
埃及人民對馬木路克封建主的黑暗統治已忍無可忍，一些地方的農民聯合起來抗捐抗稅，城市手工業者、商人和中下層僧侶的不滿情緒也日益高漲，埃及社會正醞釀著新的變革。就在這樣的形勢下，拿破侖·波拿巴率領的法國遠征軍侵入了埃及。
資本主義在歐洲興起後，位於東西方交彙處的東地中海地區便成了歐洲殖民列強侵略擴張的重要目標，扼歐亞非三洲要衝的埃及對它們特別有吸引力。18世紀下半葉，英國和法國在埃及展開了激烈的商業競爭。隨著法國國內危機日益深重而無暇外顧，英國在這場爭奪中逐漸占了上風。1789年法國大革命爆發後，英國不但成了歐洲反法聯盟的支柱，而且大肆奪占法國的海外領地，還對法國本土實施嚴密的封鎖，英法矛盾更趨尖銳。1798年，為了打擊英國這個最危險的對手，法國督政府決定采取轉守為攻的大規模出擊，並將中東、印度一線作為主攻方向。具有重要戰略地位的埃及成了這次行動的突破點。
1798年5月19日，拿破侖率大小作戰艦隻30餘艘、運輸船艦300餘艘、士兵35000人、水手和其他非作戰人員數千人，從法國南部的土倫港啟程出航。6月10日，法軍攻占馬耳他島。7月1日，法國艦隊駛抵埃及亞曆山大港。駐守亞曆山大的埃及軍隊兵力單薄，武器落後，且毫無作戰準備，對法國遠征軍略作抵抗便屈膝投降了。拿破侖在亞曆山大稍事休整後，指揮大軍分水陸兩路向開羅推進。7月13日，法軍在拉赫馬尼耶—舒卜拉希特地區擊潰馬木路克騎兵3000多人。接著，法國遠征軍溯尼羅河而上，進抵與開羅隔河相望的因巴巴，已可望見對岸開羅大清真寺的尖塔在閃閃發光。
亞曆山大的失陷和拉赫馬尼耶—舒卜拉希特一戰的慘敗，使馬木路克統治集團驚慌失措。當時在馬木路克集團中居統治地位的穆拉德貝伊和易卜拉欣貝伊，急忙召集軍政頭目和上層長老們商議對策。經過一番爭吵，會議決定由穆拉德貝伊率數萬人馬過河迎戰法軍，易卜拉欣貝伊則坐鎮河東。此時，開羅城內已是群情激昂，各階層人民紛紛捐錢贈物，要求拿起武器抗擊侵略者。然而，大多數馬木路克頭目和顯貴則忙於將家室和財產轉移出開羅。以穆拉德和易卜拉欣為首的軍事指揮官，既沒有發動人民群眾積極備戰，也沒有仔細摸清敵情並製定周密的作戰方案。
7月21日，在尼羅河西大金字塔群附近的開闊地上，法軍和馬木路克軍展開了曆史上著名的金字塔戰役。法軍參戰的是近30000名訓練有素的精銳步兵，指揮官大都久經沙場，經驗豐富。馬木路克方麵參戰的是12000名騎兵、20000餘名步兵、數千名民兵和30000餘名其他勤雜人員，雖然士氣很高，但武器低劣，缺乏訓練，根本沒有與近代歐洲軍隊作戰的任何經驗。戰鬥打響後，法軍組成一個個方陣，緩緩向前移動。穆拉德貝伊立即指揮騎兵發起攻擊，向法軍方陣猛撲過去。法軍各方陣利用精良的武器，以密集的交叉火力大量殺傷馬木路克騎兵。穆拉德眼看騎兵損折過半，不得不下令撤退。這時，拿破侖發出總攻擊令。法軍兵分三路出擊，一路攻敵左翼，一路攻敵右翼，拿破侖親率一路從中間突破。馬木路克軍頂不住法軍的凶猛攻勢，終於全線敗退，大批馬木路克步騎兵走投無路，被驅入尼羅河溺死。在這次戰役中，馬木路克方麵傷亡10000多人，數萬人潰散，僅3000名殘兵隨穆拉德逃往埃及南部，而法軍僅損失300人。易卜拉欣見大勢已去，也率部撤往敘利亞。7月24日，法軍乘勝占領開羅。
正當拿破侖打算繼續向東進軍之時，一個沉重的打擊落到了法國遠征軍頭上。8月1日，滯留亞曆山大的法國艦隊在阿布基爾海戰中被納爾遜率領的英國艦隊殲滅。駐埃及的法軍與本土的聯係被完全切斷。由於一切軍需都得就地解決，拿破侖被迫推遲實行繼續東進的計劃，轉而全力鞏固埃及這一前進基地。
9月2日，奧斯曼帝國正式對法宣戰。奧斯曼帝國和英國的聯軍從海路和陸路向埃及進逼；同時，埃及人民在各地的反法鬥爭此起彼伏，馬木路克殘部也在伺機反攻。麵臨這樣的處境，拿破侖在進行殘酷鎮壓和瘋狂掠奪的同時，也在埃及實施了一係列帶有資產階級性質的改革措施。
為了加強對埃及的控製，拿破侖首先著手按資產階級的方式組建聽命於法國占領軍的行政機構。在法軍占領的地方，都建立了臨時行政會議，協助法國人管理民政事務。1798年10月初，拿破侖在開羅主持召開了全埃及國務會議，開羅和全國16個地區均派出了由九人組成的代表團與會。代表團包括三名宗教長老、三名商人、一名村長、一名農民和一名部落酋長。會議以埃及曆史上從未有過的無記名投票方式，選舉曾任愛資哈爾教長的謝爾戈維為全埃國務會議主席。拿破侖采取的這一措施在客觀上有助於加強埃及的中央集權，結束長期存在的地方分權狀態。然而，全埃國務會議本身實際上隻是從屬於法國當局的傀儡機構。據記載，這個國務會議的一切活動均受到法國人特別是拿破侖本人的操縱，國務會議代表隻能“解答一些必要問題，以便總司令采取適當的行動”。
馬木路克集團的傾覆，意味著埃及農村的包稅人階層遭到了沉重打擊。拿破侖按照法國革命中沒收所有逃亡者土地財產的做法，宣布沒收所有已死亡或逃亡在外的馬木路克封建主的土地財產，廢除原由他們征收的租稅。此後，埃及農村中的包稅製開始消亡。拿破侖還於1798年9月16日頒布法令，對所有私人財產進行登記，登記後發生任何變化均須申報，由法國人、科普特人和穆斯林組成的機構根據登記的財產調整應繳捐稅的數額。之所以這樣做，主要是為了應付日益增長的軍費需求。以後法軍的處境日益困難，稅收措施也越來越帶有強製性，遭到埃及人民的強烈抵製。
拿破侖在發展工業、農業、水利和恢複外貿方麵也采取了一些措施。法國人在埃及建立了一批食品廠、彈藥廠、軍服廠、機械廠等，並培養了少量埃及技術工人。為了提高農業產量，拿破侖組織力量修複灌溉係統，擴大可耕地，引進新的農作物品種；還積極推廣歐洲式的風磨和水磨以代替落後的手推磨，提高糧食加工效率，以致後來埃及人把風力磨坊稱為“波拿巴磨坊”。拿破侖親率技術人員考察蘇伊士地峽，打算恢複這條昔日的貿易路線，並組織勘測設計蘇伊士運河。法國當局的這些措施主要是為了解決後勤供給問題並加強自身的戰略地位，但也在埃及推廣了歐洲的先進技術。
拿破侖在遠征埃及期間，還組織了一個龐大的科學藝術考察團。該團由四名法國科學院院士（蒙熱、貝托萊、多洛米厄、德農）和上百名著名學者組成，其中有數學家、化學家、物理學家、天文學家、生物學家、畫家、音樂家、詩人、作家和建築師等。他們在埃及進行了多方麵的科研工作。考古學家們開展了大規模的考古活動，特別是深入到歐洲人以前很少去的上埃及地區，發現、辨析、解釋了大量珍貴文物。那塊刻有古埃及象形文字、古埃及通俗文字和希臘文三種銘文的羅塞達刻石的發現，轟動了世界，被認為是埃及學誕生的標誌。當然，法國人把搞到的珍貴文物統統掠為己有，而在他們被擊退後，這些珍品大都又落到了英國人手中。法國專家首次對埃及的地理和地質情況作了勘察和測量，後來繪製出了第一部埃及地圖集。法國學者還收集了大量動、植物標本，為後人研究尼羅河流域的生物留下了寶貴資料。法國醫生也對長期以來折磨埃及農民的眼病進行了研究，在防治方麵取得了進展。文學藝術家們則在各地進行研究和創作。法國科學藝術工作團的考察和研究成果後來被逐步整理出來，形成了多卷本的巨著《埃及紀事》，向世界展示了當時埃及的全貌，至今仍是研究埃及不可缺少的百科全書。埃及曆史學家在揭露法國侵略者進行文化掠奪的同時，也公允地指出：雖然拿破侖的軍事征服失敗了，“但隨行的學術調查團是成功的”。
1798年8月23日，拿破侖在開羅建立了埃及研究院，由蒙熱任院長，拿破侖自任副院長。研究院下設數學、物理、政治經濟和文學藝術四部，並附設圖書館、印刷廠、實驗室。拿破侖為研究院規定的任務是：“(1)在埃及發展和普及科學；(2)探查、研究和發表關於埃及自然、工業和曆史的資料；(3)對政府要解決的各種問題提出建議。”一句話，是要以法國資產階級的麵貌改造埃及，為鞏固法國在埃及的殖民統治服務。
盡管拿破侖以改革者的麵目出現，但他畢竟是侵略者，與埃及各階層人民處於完全對立的地位。在這種情況下，拿破侖將歐洲資產階級的一些做法硬搬到埃及，自然難以奏效。而法國占領軍強製推行各項措施，必然遭到埃及人民的激烈反抗，開羅人民的兩次大起義便是這一反抗運動的高潮。
1798年10月20日，法國當局頒布對所有店鋪和住房征收新稅的法令，立即激起了開羅人民的憤怒。次日清晨，成千上萬市民和城郊農民走上開羅街頭，強烈抗議法國當局的這一掠奪措施。法軍開羅衛戍司令迪比聞訊，立刻帶領騎兵前來鎮壓，悍然向人群開槍射擊。憤怒的示威者操起長矛、刀劍、棍棒和石塊回擊，當場擊斃迪比，並迅速攻占了開羅大部分街區，愛資哈爾清真寺成了起義的中心。起義群眾缺乏強有力的領導和周密的組織，他們既沒有乘勝直搗法軍司令部，也沒能及時發動支持起義的城外農民前來支援。這樣，拿破侖得以調兵切斷開羅與外界的聯係，占領了城內外的製高點。22日下午2時許，法軍以重炮對愛資哈爾清真寺進行瘋狂轟擊，將這座舉世聞名的清真寺炸成斷垣殘瓦。隨後，法軍分幾路圍攻愛資哈爾清真寺，經過一場血戰，起義軍因孤立無援、彈藥耗盡而失敗。在鎮壓這次起義後，拿破侖在開羅實施血腥的大屠殺，並一度解散了全埃國務會議。
1798年底，英國、俄國、奧國、奧斯曼帝國等組成第二次反法聯盟，歐洲戰端又起。拿破侖率領的法國駐埃遠征軍成了歐陸法軍的側翼。他決定出征敘利亞，先打垮奧斯曼帝國，然後進軍英屬印度。1799年2月，拿破侖率法軍越過西奈攻入敘利亞。3月20日，法軍開始圍攻地中海沿岸的戰略重鎮阿克。駐守該城的奧斯曼帝國軍政長官吉劄爾帕夏率軍拚死抵抗，並得到英國陸海軍和法國保王黨人的大力支持。經過兩個多月的拉鋸戰，拿破侖未能攻占阿克，傷亡慘重，損折5000餘名官員，同時埃及的反法鬥爭又頻頻發生，拿破侖不得不下令法軍撤回埃及。7月，從歐洲傳來消息，法軍在歐洲戰場連遭挫敗，丟失了意大利。野心勃勃的拿破侖感到在埃及難以有所作為，急欲回歐陸穩定局勢，一顯身手。臨行，他命克萊貝爾繼任駐埃法軍總司令。陷於困境的克萊貝爾一麵繼續加強對埃及的控製，一麵意欲與奧斯曼帝國媾和。但由於英國從中阻撓，法土之間的和解難以真正實現，時談時打，互有勝負。就在這樣動蕩不定的形勢下，開羅人民的第二次大起義又爆發了。
1800年3月，克萊貝爾以英國從中作梗為由，撕毀法土之間簽訂的協議，並以突然襲擊打垮了土軍。開羅人民聞訊義憤填膺，再次拿起武器走上街頭，展開了聲勢浩大的反法武裝鬥爭。起義者以愛資哈爾清真寺和布拉格區為基地，向全城推進，並一度攻占了法軍司令部。克萊貝爾急忙調集重兵向起義軍發動猛攻，並千方百計從內部分化瓦解起義隊伍。4月上旬，在克萊貝爾的威脅利誘下，一部分馬木路克頭目投靠法軍，起義力量被削弱。4月中旬，法軍援兵不斷進駐開羅，克萊貝爾下令對愛資哈爾清真寺和布拉格區展開總攻擊。這時，仍留在開羅的小股土耳其軍和馬木路克軍先後向法軍投降，起義隊伍中的一些上層長老也主張妥協，隻有以奧馬爾·麥克萊姆和穆斯塔法·巴什提利為首的中下層群眾仍堅持戰鬥。克萊貝爾見法軍在巷戰中難以占上風，竟下令縱火焚燒開羅，使這座古城化為一片火海。經過最後的浴血奮戰，起義群眾大都犧牲在法軍屠刀之下和熊熊烈火之中，起義領袖巴什提利等人壯烈犧牲，布拉格區和愛資哈爾清真寺先後陷落。到4月21日，開羅人民的第二次反法大起義終於失敗。但是，埃及人民的反法鬥爭並沒有停息。起義失敗後不到兩個月，一個痛恨法國侵略者的熱血青年便刺死了屠殺埃及人民的劊子手克萊貝爾。
繼任法國遠征軍司令的梅努還想賴在埃及，但畢竟抵擋不住英國和奧斯曼帝國聯軍的東西夾攻，更無法撲滅埃及人民的反抗鬥爭，終於在1801年8月底被迫向英土聯軍投降。10月18日，梅努率最後一批法國殘兵撤出埃及，法國殖民者對埃及的三年統治就此告終。
拿破侖遠征軍的入侵給埃及人民帶來了深重的災難，同時也猛烈衝擊了埃及封建社會結構，結束了它與世隔絕的狀態，從而揭開了埃及社會大變革的序幕。此後幾十年裏，長期停滯不前的埃及社會在劇烈的動蕩中開始向前邁步。正是從這個意義上看，許多曆史學家（包括埃及曆史學家）將拿破侖的入侵作為埃及近代史的開端。
穆罕默德·阿裏王朝建立
法軍雖然撤走，但埃及從此卻卷入了歐洲列強爭霸的漩渦之中。英國軍隊不但進占開羅、亞曆山大等主要城市，而且竭力網羅馬木路克殘餘勢力，試圖長期占領埃及，以實現控製歐亞非三大洲要衝的戰略目標。奧斯曼帝國與法國本來一直保持著友好關係，隻是由於法軍入侵埃及才轉而與英俄等國結盟。現在法軍既已撤出埃及，奧斯曼帝國便很快與法國恢複了友好關係，以強硬的姿態抵製英國對埃及的滲透。1801年末，駐埃及的土軍鎮壓親英的馬木路克，英軍公然出兵幹預，雙方在埃及問題上的矛盾趨於激化。
1802年3月，英法等國簽訂亞眠和約，實現了歐洲大陸的休戰。次年3月，在法國和其他一些強國不斷施加壓力之下，英軍終於被迫撤出埃及。但是，英國仍繼續支持馬木路克中的親英勢力在埃及一些地區實行武裝割據，以便為日後再次幹涉埃及作好準備。奧斯曼帝國政府一直把妄圖卷土重來的馬木路克視為眼中釘，竭力限製、打擊其勢力，冀圖重新在埃及確立支配地位。法國深知英國對埃及的圖謀，自然不甘示弱，也千方百計在馬木路克中尋找自己的代理人，與英國在埃及展開激烈的爭奪。這樣，在英法對抗的背景下，土耳其軍隊與馬木路克之間以及馬木路克內部的衝突都日益激烈，致使整個埃及繼續因戰亂而動蕩不寧。在民族危難之際，廣大埃及人民迫切需要有見識，有膽略的人物來領導他們反抗侵略，結束內亂，振興國家。正是在這樣的亂世之中，穆罕默德·阿裏登上了埃及的曆史舞台。
穆罕默德·阿裏（1769—1849）是阿爾巴尼亞族人，出生於馬其頓沿海城市卡瓦拉。他早年曾經營煙草生意，後應征入伍，成了奧期曼軍隊的下級軍官。1799年，阿裏隨奧斯曼軍隊開赴埃及，參加抗法戰爭。由於他能征善戰，屢建功勞，很快嶄露頭角，步步晉升。1803年5月，他已成為駐埃及的奧斯曼軍隊主力之一——阿爾巴尼亞軍團的指揮官，擁有6000名精銳士兵，是埃及國內一支舉足輕重的力量。
穆罕默德·阿裏敏銳地察覺到，埃及人民與英法殖民者、奧斯曼宗主國以及馬木路克封建軍閥的矛盾已達到無法調和的地步；趕走侵略者，結束奧斯曼帝國的統治，鏟除馬木路克勢力，實現國家統一，已成為全體埃及人民的共同願望。因此，他決心奪取埃及政權，在尼羅河畔建立一個能與奧斯曼帝國和歐洲列強抗衡的強大帝國。為實現這一計劃，他開始憑藉手中的軍隊，聯合各階層人民，利用英國、法國、奧斯曼帝國和馬木路克各派別之間錯綜複雜的矛盾，不斷擴充自己的力量。
穆罕默德·阿裏需要掃除的一大障礙是那些地位比他高、影響比他大的駐埃土耳其將領。他擺出一副謙恭的姿態，一再擁立這些人為埃及總督，然後再利用馬木路克的叛亂和人民的反抗，在宮廷政變中將他們推翻。接連幾任總督的倒台及其心腹和部屬的覆滅，幾乎使所有能與阿裏匹敵的土耳其將領都一一消失了，也使除阿爾巴尼亞軍團以外的駐埃奧斯曼軍隊基本上都被打垮了。到1803年底，穆罕默德·阿裏及其統帥的阿爾巴尼亞軍團在埃及已處於一種十分有利的地位，既是能在名義上代表奧斯曼帝國宗主權的唯一實力派，又與埃及人民群眾、特別是以奧馬爾·麥克萊姆為代表的愛國者建立了良好關係，還和馬木路克頭目們維持著暫時的聯盟。
當然，穆罕默德·阿裏的心腹大患還是盤根錯節的馬木路克勢力。他對馬木路克也采取了先拉後打的策略。1804年初，在他的支持下，馬木路克親法派頭目巴爾底西奪取了埃及總督的寶座，並消滅了前來鎮壓的奧斯曼軍隊。此後，阿裏便開始把打擊矛頭指向馬木路克。首先，他利用馬木路克內部親英派和親法派的矛盾來削弱馬木路克勢力。1804年2月，馬木路克親英派頭目埃勒弗在英國支持下向開羅進軍，妄圖奪取埃及的控製權。阿裏便支持巴爾底西攻擊埃勒弗，一舉挫敗了親英派的圖謀。接著，阿裏便利用人民的不滿來直接推翻巴爾底西。1804年3月7日，開羅人民成群結隊湧上街頭，反對馬木路克當局的苛捐雜稅。示威很快發展為暴動，一些群眾手持兵器和棍棒，向總督府發起了攻擊。在這緊要關頭，阿裏率阿爾巴尼亞軍團介入衝突，宣布支持開羅人民，隨即開始進攻馬木路克軍。巴爾底西的統治遭此致命一擊，土崩瓦解。巴爾底西等馬木路克頭目率殘部逃出開羅，竄到上埃及沙漠，以後再也沒能重占開羅並控製埃及政權。
至此，埃及的控製權實際上已落入穆罕默德·阿裏手中。但是，阿裏覺得自己仍沒有得到人民的充分理解和奧斯曼素丹的足夠信任，便再次擺出謙讓姿態，請亞曆山大長官古爾希德帕夏出任埃及總督。一年後，古爾希德的橫征暴斂又激起人民的反抗。阿裏故伎重演，再次領兵站到人民一邊反對古爾希德。1805年5月13日，以奧馬爾·麥克萊姆為首的長老召開會議，宣布廢黜古爾希德，擁立穆罕默德·阿裏為埃及總督。這時，阿裏才表示同意擔任這一職務。7月9日，奧斯曼素丹承認阿裏為埃及總督，並授予他帕夏封號。這樣，穆罕默德·阿裏終於奪取了埃及政權。
穆罕默德·阿裏上台之初，埃及正麵臨著英國侵略的嚴重威脅。當時，法國與反法聯盟之間的戰爭再次爆發，拿破侖統帥的法軍在歐洲大陸上連連獲勝。但是，海上的優勢仍在英國手中。1805年10月，由納爾遜率領的英國艦隊在特拉法加海戰中一舉殲滅了法國與西班牙的聯合艦隊。此後，英國統治集團決心在海上對法國實行封鎖，而要做到這一點，控製埃及十分重要。1806年，英國對奧斯曼素丹施加壓力，要他將穆罕默德·阿裏調離埃及，以便由親英的馬木路克頭目埃勒弗取而代之，但沒有成功。1806年底，看到法軍在歐陸已處於絕對優勢，為借助法國的力量對付自己的宿敵俄國，奧斯曼帝國轉而與法結盟並對英俄宣戰。在這種形勢下，英國唯恐埃及落入法國手中，便決定出兵搶占這一戰略要衝。
1807年3月20日，英將弗雷澤率6000人攻占亞曆山大。穆罕默德·阿裏聞訊，一度驚慌失措。不但沒有立即赴援，反而試圖避免與英軍遭遇。但是，廣大埃及人民立即動員起來，並積極投入到抗英戰爭之中。3月底，英軍1400人進抵拉希德（即羅塞塔）城。守城軍民先誘敵入城，然後發起突襲，一舉斃傷敵軍500餘人、俘敵120人，獲得了重大勝利。捷報傳來，開羅人民在奧馬爾·麥克萊姆等人的領導下捐錢獻糧，修築工事，準備與來犯之敵決一死戰。4月7日，英軍再次向拉希德發起進攻。守城軍民頑強抵抗，使英軍傷亡慘重，難以取得進展。在全民抗英衛國的潮流推動下，穆罕默德·阿裏這時才下決心抗戰。4月19日，阿裏親率6000名步騎兵開赴拉希德。4月21日，依靠武裝群眾組成的義勇軍的支持，阿裏在哈馬德村擊潰英軍。英軍不得不解除對拉希德的包圍，退回亞曆山大。兩個多月後，歐洲形勢又發生突變，拿破侖與沙皇亞曆山大簽訂提爾西特和約，俄國退出反法聯盟。奧期曼帝國對拿破侖的背信棄義十分惱怒，轉而靠攏英國。這樣，為了與奧斯曼帝國改善關係，也為了集中力量對付更為咄咄逼人的法國的威脅，英國政府決定盡快結束對埃及的入侵。1807年9月，英軍撤離亞曆山大。借助人民的力量挫敗英國入侵，使穆罕默德·阿裏在執政初期消除了來自外部的直接威脅，從而得以集中力量來清除國內隱患。
在反對法英殖民侵略、推翻馬木路克統治、擁立穆罕默德·阿裏的過程中，長老階層起了重要作用，因而勢力迅速擴大，並開始插手和幹預國內重大事務。穆罕默德·阿裏深感不安，千方百計抑製和削弱長老勢力。同時，由於大量原屬馬木路克的土地、房屋、財產轉入長老們手中，他們逐漸成為驕奢淫逸的新封建主，甚至脫離了宗教事務和傳統社會職責，引起人民群眾的極大不滿，也為阿裏打擊長老階層提供了有利條件。1809年6月，他頒布法令，規定所有宗教地產不再享有免稅權，長老們必須在40天之內將其管理的宗教地產的證明文件交給政府查驗，否則就取消其管理權。此舉使許多長老因證件不合規定或沒有證件而喪失了原來掌握的宗教地產，使整個長老階層陷入一片驚恐之中。這時，奧馬爾·麥克萊姆等長老階層的領袖們仍以為自己十分強大，完全可以迫使阿裏取消這一法令。然而，他們的估計完全錯了，雖然有少數靠宗教地產為生的群眾走上街頭鬧事，但大多數老百姓並沒有因這一法令而起來反對阿裏政權，反而對這一打擊長老的措施暗暗感到高興。阿裏抓住有利時機，分化瓦解長老集團，於8月9日斷然下令革除奧馬爾·麥克萊姆的貴族首領職務，將其流放杜姆亞特。許多有影響的長老紛紛倒戈投靠阿裏，阿裏則以金錢和神職將上層長者們一一收買。此後，長老勢力一落千丈，對阿裏政權已不構成什麼威脅。
馬木路克的殘餘勢力也仍然困擾著阿裏。他們不但依舊是埃及許多土地的包稅人，而且時時發動反對阿裏政權的叛亂。在對付長老勢力的同時，阿裏也繼續狠狠打擊馬木路克。在1809年6月頌布的法令中，規定包稅人擁有的烏西葉土地不再享有免稅權，包稅人應將包稅餘額的50%上繳國庫。這實際上剝奪了許多身兼包稅人的馬木路克封建主所享有的主要特權。1811年3月1日，阿裏以慶祝他的兒子圖鬆受命統率大軍出征阿拉伯半島為名，邀請包括所有重要的馬木路克頭目在內的達官顯貴到撒拉丁堡出席盛大的儀式和宴會。儀式進行過程中，阿裏一聲令下，事先埋伏好的武士們將馬木路克大小頭目及侍從470人殺戮殆盡，據說僅一人逃脫。這就是埃及曆史上著名的撒拉丁城堡屠殺事件。此後，阿裏又在全國各地搜捕並處死馬木路克骨幹分子數千人，徹底鏟除了在埃及橫行幾個世紀的馬木路克軍事封建勢力。
這樣，穆罕默德·阿裏通過堅持不懈的努力，終於在埃及實現了數百年未有的全國統一局麵，使新王朝的統治基礎趨於穩固，並為推行各項改革措施掃清了道路。
穆罕默德·阿裏推行經濟改革
為了實現自己建立一個獨立、強盛的大埃及帝國的目標，穆罕默德·阿裏推行規模宏大的改革計劃，其核心便是采取一係列高度集權的強製性措施來促進埃及經濟的振興和發展。
在埃及這樣一個落後的農業國，經濟改革能否成功主要取決於農業生產。阿裏首先大刀闊斧地改革舊的土地製度和賦稅製度，以提高農業勞動者的生產積極性和國家的財政收入。前麵提及，1809年6月頌布的法令已廢除了包稅人享有的大部分特權，取消了宗教地產享有的免稅權並沒收了一批宗教地產。1811年撒拉丁城堡屠殺事件後，阿裏下令沒收馬木路克封建主的包稅土地，使其歸國家所有。1813年，政府頂住長老們的抗議，又將一大批宗教地產收歸國有。1814年，阿裏宣布徹底廢除包稅製，沒收了全部包稅領地。通過這一係列措施，阿裏已控製埃及絕大部分耕地。雖然他將大批土地封賜給阿爾巴尼亞族、契爾克斯族、土耳其族的達官顯貴以及一些原包稅人和土著官吏豪紳，但仍有約一半土地被迅速分配給無地農民，一般每個農戶能分到3—5費丹的土地。與此同時，阿裏將原來由包稅人隨意確定的五花八門的苛捐雜稅合並為一種土地稅，由國家統一按土地優劣確定稅額，簡化納稅手續。在阿裏統治初期，埃及農民的納稅額要比馬木路克時期低得多。由於實行了度量衡的標準化並對全國的土地進行了徹底的丈量，向國家納稅的實際土地麵積比包稅時期大增，因而在農民負擔有所減輕的同時，國家的稅收上升了。埃及學者認為，包稅製的消亡和土地私有製的出現標誌著埃及古老的封建土地製度開始解體。