1894年，英國政府從東非公司手中接管了布幹達，並宣布成立烏幹達保護國。保護國成立後，英國繼續向布幹達周圍地區擴張。
布索加地區有若幹布索加人王國，它們以前都臣服布幹達。英國早在1891年就向布索加地區滲透，並在當地建立了一些殖民據點。烏幹達保護國成立後，英國殖民當局用武力征服了這些小國。1895年12月，英國與布幹達訂立《烏幹達——烏索加協定》，規定布幹達放棄對布索加的全部主權。此後，英國把布索加並入了烏幹達保護國。
布尼奧羅在英國入侵前一直是個獨立國家。英國為打通進入阿爾伯特湖的道路，派遣武裝力量入侵布尼奧羅，並在沿途建立四個殖民據點。布尼奧羅國王卡巴累加奮起抵抗，不斷襲擊英國殖民軍。1894年，英國依仗先進的武器裝備擊敗卡巴累加軍隊，卡巴累加被迫撤離本土。英國對布尼奧羅實行了軍事占領。
1896年7月，英國將布尼奧羅、布索加、安科累和托羅全部並入烏幹達保護國。
1895年，英國把自沿海至奈瓦沙湖之間的地區宣布為英屬東非保護國（1920年改名肯尼亞）。在這個地區，馬薩伊人由於內戰而削弱了力量，瘟役的流行更使他們大傷元氣，因此英國人進入內陸時並沒遇到強烈抵抗。英國殖民當局對馬薩伊人采取蠶食政策，逐步侵占其土地。然而，在占領吉庫尤人、南迪人和基皮斯吉人的土地時，英國還是通過一係列的殖民戰爭才得以實現。
德國於1889年10月宣布成立德屬東非保護國，最初由東非公司管理。但德國的殖民占領從一開始就遇到了當地人民有力的抵抗。1891年，德國政府取消了東非公司的特許狀，直接接管東非殖民地。德國對其殖民地的占領主要通過暴力行動，在鎮壓了各地人民的反抗後才得以實現。
三、英德對東非的殖民統治
英德瓜分和占領東非後，著手在各自殖民地建立殖民機構和各種統治製度。
1890年，馮·索台被任命為德屬東非的首任總督。他上任後逐步健全殖民統治機構，先後成立了財政部、測量及農業部、司法部、衛生部和公共工程部。
德國殖民當局對德屬東非各地采取了不同的統治形式。在沿海城鎮及其鄰近地區，各級政府由德國官員直接掌握和控製；在沿海地區和某些內陸地區，以德國人出任的地區專員為首，下設若幹名“阿基達”（中層官員，通常由阿拉伯人擔任），在阿基達之下又配備了許多“瓊貝”（村長，一般由非洲人擔任）；在大部份內陸地區，部落酋長（有些是被保留下來的原部落酋長，有些則是由殖民當局任命的部落酋長）直接從屬於殖民當局。上述地區的統治形式雖略有差別，但基本上屬直接統治。德國官員代表殖民當局握有最高權力，殖民當局任命的一些中下層官員，如阿基達、瓊貝和酋長們，雖有非洲人或阿拉伯人出任，但他們隻是執行殖民當局的指令，主要任務是征稅、為德國種植園提供勞動力、為公共工程征集勞工、監督農民種植當局規定的經濟作物等。在德屬東非的東北部高原地區，布隆迪、盧旺達和布科巴，情況有所不同。這些地區的傳統統治者和社會製度在形式上被保留下來，素丹和酋長在一定範圍內仍可行使某些權力，殖民當局向這些地區派駐一名駐節長官，名為顧問，實則監督素丹和各級酋長，進行間接統治。
德國的對外殖民政策同其對內政策一樣，帶有鮮明的軍事專製的特色。
在政治上，殖民當局完全依賴赤裸裸的暴力來維持對德屬東非的統治。1893—1906年間的四任總督全部來自軍人。非洲居民（包括各級酋長）稍有不滿或反抗，立即會遭到殘酷的懲罰和鎮壓。彼得斯公開表示：要讓非洲人“知道德國人的厲害”。他在任乞力馬紮羅地區專員時，在戈戈族人地區一次就慘無人道地燒毀12座村莊。
在經濟上，為把德屬東非變成宗主國的工業原料產地和商品銷售市場，殖民當局采取了一係列超經濟強製措施。
第一，強行剝奪非洲居民的主要生產資料——土地。1895年，殖民當局宣布，德屬東非的全部土地歸德皇所有，當局有權出賣、出租或分配這些土地。於是，大批良田落入德國和歐洲的移民或公司之手。據統計，1907年僅薩達尼一地，德國12家大公司占田就達12.5萬英畝。而分配給非洲人的土地則大多是零星和貧瘠的土地。
第二，全力推行單一經濟作物生產。德國為使東非殖民地生產其所需的農業原料，采取了雙管齊下的做法。一方麵，積極鼓勵和吸引德國及歐洲移民遷居東非，分給大量土地，支持他們開辦種植園，大規模種植單一的經濟作物。德國移民或公司建立的種植園，占地麵積一般都較大，如最早開辦的兩座棉花種植園占地麵積均達300平方公裏。至1910年，德屬東非已有橡膠種植園250座、劍麻種植園54座、棉花種植園17座。另一方麵，殖民當局應用行政手段，強迫當地農民種植橡膠、劍麻和棉花等經濟作物。因此，德屬東非單一經濟作物的種植麵積迅速擴大。僅以劍麻為例，1905—1913年，種植麵積由1390公頃增加到24750公頃。第一次世界大戰前夕，劍麻、橡膠和棉花已成為當地主要出口項目，1913年劍麻出口值為1030萬馬克，橡膠為650萬馬克，棉花也超過200萬馬克。
第三，肆意掠奪當地人力資源，為了給德國或歐洲人種植園提供大批勞動力，殖民當局實行強迫勞動製，成年居民每年需無償服役一個月。服役者大多被送往種植園，也有部份人在鐵路等公共工程工地勞動。此外，殖民當局還通過征稅等手段迫使土著居民外出出賣勞動力。征收的稅收名目繁多，如茅屋稅（每年3盧比，1912年後改為人頭稅，稅額上升至3—5盧比）、死亡稅等。1891—1892年度，德屬東非稅收總額為145.8萬馬克，1895—1896年度已猛增達621.5萬馬克。為了交納不斷增加的稅金，非洲居民或擴大經濟作物生產，或外出出賣勞動力，以換取現金。
第四，強化對貿易的控製。德國東非公司包購了幾乎所有的經濟作物和其他傳統產品，並壟斷了大部份進出口業務。1897年，德屬東非的出口僅有22%輸往宗主國，而72%卻經桑給巴爾轉運英國和印度；至1911年，對宗主國的貿易占其出口總額的59%，而轉運英國和印度的已降為10%。
第一次世界大戰前夕，德國壟斷資本已成為德屬東非經濟生活中的統治力量。當地傳統的經濟結構遭到破壞，農業生產中傳統作物生產萎縮，尤其是糧食生產，不但不能自給，反而需要進口。1913年的官方統計表明，當年的糧食進口已達504.9萬馬克。大量西方工業品的湧入，摧毀了當地傳統手工業。對外貿易逐步脫離了傳統的印度洋貿易體係，德屬東非經濟被納入了殖民地經濟的軌道。
在英國的東非殖民地，即桑給巴爾保護國、烏幹達保護國和英屬東非保護國（肯尼亞），英國所采用的殖民統治方式也各不相同。
在烏幹達，英國實行間接統治。曾在印度等地服役的盧加德，深受英國殖民統治技巧的薰陶。他曾在日記中寫道：“在我居住和目睹的眾多國家中，隻要有可能通過其原有的首領和習慣法來統治土著居民，英國就不會實行專製政策”。他對烏幹達提出實行間接統治的設想：“關於烏幹達的內政，我認為目標應該是利用固有的行政機構來治理這個國家。”1892年，盧加德用武力平息了教派爭鬥後，對布幹達的權力作了重新分配。姆旺加仍為“卡巴卡”（國王），他由三位首席部長輔佐，基督教新教派代表任第一首席部長，天主教派任第二首席部長，伊斯蘭教派任第三首席部長。各地區的酋長席位也在三個教派中重新派定，基督教新教派獲得了其中大多數席位。天主教派次之，而伊斯蘭教派僅得到三個酋長職務。盧加德此舉為英國在布幹達實行間接統治奠定了基礎。1894年，英國政府從東非公司手中接管布幹達，次年任命威爾遜為布幹達總督。威爾遜進一步完善了布幹達的間接統治製度，增設了土著法院等組織。1900年，英國專員約翰斯頓與布幹達國王簽署的布幹達協定，最終從法律上全麵確認了間接統治製度。協定規定，布幹達作為烏幹達保護國的一個省，其財政收入歸保護國。國王每年由殖民當局支付不少於1500英鎊的年薪。國王可任命一位首相、一位首席法官和一位財政部長協助其工作。國王的法庭僅審理布幹達臣民的案件，無權過問外國人的糾紛，該法庭判處死刑須經英王批準後生效。整個布幹達被重新劃分為20個郡，郡下設鄉和村。布幹達設立政務會議，由3位大臣、20名郡長及國王指定的60名其他成員、6名知名人士組成，其決議經英王政府代表批準後方能實施。十分明顯，協定在形式上保留了布幹達的傳統製度，但其實質已被改造，英國殖民當局掌握了當地最高權力，國王和各級酋長實際上成了殖民當局的雇員，成為他們進行統治的工具。布幹達的間接統治日後被推廣到整個烏幹達保護國。
桑給巴爾保護國也實行間接統治，但程度與烏幹達有所不同。殖民當局的最高官員是英國駐桑給巴爾總領事。英國政府為桑給巴爾素丹增設了首席大臣一職，但任此職的卻是英國人馬修斯（他還兼任素丹軍隊的總司令）。素丹名為國家元首，但不得過問外交、軍事、司法和財政等重大事宜。素丹本人的財政支出受到限製。素丹雖可以指定其繼承人，但事前必須經英國方麵首肯，新素丹還應向英王宣誓效忠。因此，桑給巴爾素丹僅僅是英國殖民當局的一具擺設而已。
在肯尼亞，英國原來計劃建立一整套既適合殖民者、又適合當地居民的政府機構，但這個計劃在實踐中碰壁，因為當地不存在傳統的行政管理體係。於是，英國實行直接統治。英國專員是當地最高行政長官；殖民當局設立了農業部、財政部、司法部、貿易與關稅部、林業部、衛生部和公共工程部；1906年後，專員之下又成立了立法議會和行政議會（這兩個議會中沒有一名非洲人的代表）。肯尼亞被劃為四個省，殖民當局曾在馬薩伊等族中任命了一批酋長。由於這批人不具備傳統的權威，英國人後來隻得改變做法，從當地有影響的頭麵人物或長期受殖民當局雇傭的人員中挑選。酋長由英國專員任命，並由當局支付薪水。他們主要負責征稅、召集勞動力等日常事務。在酋長之下，還設有村長一職，以協助酋長工作。1907年頒布的法院條令規定部落設立長老會議，行使司法權。
無論實行間接統治或是直接統治，英國對東非各殖民地的統治和掠奪都十分殘酷。
第一，掠奪非洲居民賴以生存的土地。在肯尼亞，英國殖民當局於1902年頒布了皇家土地法令，宣布一切土地歸英王所有，當局有權處理這些土地，有權把不超過1000英畝的耕田或5000英畝的牧場租讓給歐洲移民，租讓期為99年。1915年，英國竟把租讓期延長到999年。少數白人以此霸占了大量良田。英國東非辛迪加由外交部分配到500平方公裏土地；在裂穀地區，兩個辛迪加和四個白人移民竟占據當地1/2的土地；在肯尼亞高地，英國人德拉梅爾通過各種途徑獲得土地100萬英畝。在布幹達，殖民者入侵前，其全部土地屬於國王，各級酋長雖從國王手中分得土地並對農民征租，但他們不享受土地所有權，也無權轉讓土地。1900年的布幹達協議使這種傳統的土地占有製全麵解體。協議規定，布幹達一半土地作為英王財產，由殖民當局掌管，在另一半土地中，500平方英裏作為布幹達國王及王室的私產，其餘的8000平方英裏分配給酋長們。這不但使大量農民失去了土地使用權，而且產生了一個以酋長為主體的新的地主集團。這些人大多集地主和殖民官員於一身，作為地主，他們依靠殖民當局而占有土地，並向佃農征租；作為殖民官員，他們負責替當局征稅、籌集勞力、維持秩序，並從中取得報酬，成為英國殖民統治的主要社會基礎。