盡管如此，煉金術畢竟還是熱衷於實際操作的活動，具有著突出的實踐性質，因而它的實際的化學對象也還是在從事物質的化學轉變活動，正如一部煉金術名著所指出，還要“研究金屬和礦物的成分、起源及其它變化”，以及“金屬製備、淨化及各種顏料的製造”等。這就是說，盡管煉金家所追求的化學對象是“製取金銀”或“製取金液”或“尋找哲人石”，然而實際的化學對象都是在探索物質的化學轉變。這樣，煉金術的實質也就可以“在更廣泛形式下把它看成是使某些實物轉變成另一些實物的手藝”，隻不過是煉金家本人並沒有自覺地意識到而已。
因此，煉金術的出現就逐步推動古代化學從實用性的化學工藝活動，轉入到帶有一定探索性的準實驗性質的物質轉變活動，使萌芽期實用性的化學對象演化為具有一定探索性的化學對象，並為近代化學科學的誕生創造了有利條件。例如當時的煉金家羅吉爾·培根已經認識到，“實驗才能給科學知識以確定性”，並成了科學史上最早的一位接近於現代意義上的科學家。此外，煉金家還發明了許多至今仍在使用的化學實驗儀器，創造了蒸發、蒸餾、升華和鍛燒等一係列操作方法，發現了許多單質和化合物，從而為整個化學科學的誕生奠定了基礎。煉金術也就成了化學科學的前驅。可以看出，煉金期的化學對象已經成了萌芽期化學對象向近代科學期化學對象轉化的一條紐帶或橋梁。
三、醫藥期的化學對象
到了16世紀以後，由於煉金活動不斷遭到失敗和受到嘲笑，就使得一些煉金家轉而去製造醫藥，用以治療人們的疾病。這種煉金術的轉向適應了當時方興未艾的資本主義發展的需要，並推動化學發展進入到了新的醫藥化學時期（16世紀到17世紀中葉），化學對象也隨之發生了演變。
當時，16世紀的醫藥化學代表人物帕拉塞斯開始強調，煉金術的任務“非在製造黃金，但在製藥”，因而煉金術的“首要目的是製取藥物”，“使患病的機體恢複平衡”。這就促使千百年沿襲下來的煉金術所追逐的“點石成金”的目標發生重大改變，從而逐步使虛幻的煉金術轉變成具有一定實用價值的醫藥化學。化學對象也隨之具有了可行的實用性色彩。正如帕拉塞斯所說，化學對象就是“研究藥物並製取藥劑”。因此，當時的煉金家就把化學定義為是一門製取藥物的技術，例如16世紀著名醫藥化學家李巴烏（A.Libavius）認為，化學就是“通過從混合物中析出實體的方法來製造特效藥物和提煉純淨精華的一門技術”。這裏已經是把煉金術、製藥學和冶金學都包括其中了。
隨著醫藥化學的發展，化學的實用價值日益明顯，化學的應用範圍日益廣泛，就使得化學對象以製取藥物為中心逐漸擴展到製取一切有益產品，從而也使化學定義具有了前所未有的廣義性。帕拉塞斯已經提出，化學就是一門“把天然原料轉變成對人類有益產品的科學”，包括了金屬冶煉、藥物製造和食品加工等任何製造有益產品的化學過程和生物化學過程。這已經是比過去的任何定義“都更接近現代的化學觀念”了。
當然，醫藥期實際的化學對象並沒有當時化學定義所規定的那麼廣泛。因為當時醫藥化學家所製取的藥物主要是無機礦物和金屬製劑，主要研究的是無機物質及其變化規律。這也可以說是醫藥期的主要的或實際的化學對象。所以，從醫藥化學家的主要貢獻來看，或從化學知識的積累方麵來說，也主要是推進了無機化學的發展，例如他們製出過二氧化碳，研究了金屬置換反應，意識到了質量守恒定律的存在和第一次提出了“氣體”的概念等。
從煉金術的帶有神秘色彩的化學對象演化到醫藥化學的注重實際需要的化學對象，就推動化學發展出現了一個重大的方向性轉折，從此煉金術開始名存而實亡，並逐步走上了科學發展之路，直到演化成為近代化學科學。
四、確立期的化學對象
17世紀中葉以後，隨著資本主義生產的迅速發展和自然科學的巨大進步，就使得一些化學家不再滿足於化學隻是單純為醫學服務的實用性質，而主張有自己特殊的研究目的，從而誕生了近代化學，跨進了科學化學的確立期（17世紀中葉至18世紀末葉）。
他們能夠具有這一認識的科學基礎，是1661年波義耳首次提出的科學的元素概念。他指出，真正的元素並不是“四原性”或“三要素”等“性質”，而是那些“原始的、簡單的物質”。因此，化學的目的就應當是去分析、尋找、研究這些元素，認識物質的組成和性質，而不是為了製藥。由此波義耳認為，就“不應再把化學看成是某種技藝或行業的附庸，而應看成是對自然界巨大研究的一個重要部分”或“自然科學的一個分支”。這樣就把化學從醫學的附庸下解脫出來而成為一門獨立的科學，並從一門為醫學服務的實用性科學發展成為一門能夠探索物質本性的基礎性科學。化學對象也隨之再次發生了轉變。
這一時期化學對象的特點主要是表現為獨立性和基礎性。波義耳指出，化學對象就是“以求發現物質之組成及將化合物分裂成為元素”。這裏首次把真實的物質客體明確為化學對象，而不是把捉摸不定的“性質”和“製取藥物”列為化學對象，就使得化學研究首次具有了科學性和獨立性以及基礎科學性的特點。在此基礎上17世紀法國化學家列梅裏就為化學提出了較為科學的定義，認為化學是“傳授分出複雜物體中各種實物的手藝”。顯然這裏已經具有了某些接近於現代化學定義的表述。但是，這個定義所規定的化學對象範圍畢竟還是比較狹隘的，隻是強調了運用分解的方法去認識物質的靜態組成，還未能全麵地強調研究物質的動態反應過程，反映了當時化學科學發展初期的較低水平。