當時，大部分藥廠仍隸屬軍隊係統的衛生部門，地方籌建的一部分藥廠也是分散管理，產品主要供應部隊、機關和醫院。一九五二年九月二十九日，政務院財政經濟委員會批準輕工業部設立專門機構；同年十一月二十五日輕工業部正式成立了醫藥工業管理局，統一管理全國醫藥工業（當時包括醫療器械、中成藥生產），領導19個直屬廠。各軍區和地方衛生部門的藥廠也逐步移交地方工業部門領導。
二、大力發展原料藥
解放初期，絕大部分化學原料藥國內都不能生產。一九五○年八月，醫藥工業管理局在北京召開了第一次全國性的製藥工業會議，討論確定了醫藥工業"麵向工農兵，中藥科學化，西藥中國化"的發展方向，製訂了"發展原料藥為主，製劑為輔，自強奮鬥，生產自給"的方針。會議確定首先研製生產療效顯著、應用廣泛的抗生素、磺胺藥以及廣大農村急需的防治地方病、傳染病用藥，鼓勵國營藥廠和有條件的私營藥廠發展原料藥生產。
上海市利用國民黨政府善後事業保管委員會留下的部分設備，在原青黴素試驗組的基礎上成立了青黴素實驗所；同時在藥品一廠成立合成藥研究室，開始了化學合成藥的研究。童村教授主持青黴素的試製工作，他們利用一個汽車修配廠廠房，自己設計、加工和安裝了生產青黴素的全套裝備，找出了一條原料能夠自給、符合我國當時實際情況的工藝路線，在一九五一年七月，生產出了第一批合格的國產結晶青黴素。
黑熱病是我國解放前流行很廣的一種多發性地方病，蔓延在長江以北13個省區，對農村生產力危害極大。當時進口藥物價格昂貴，治療一個病人要付出四、五畝地的代價，許多家庭為此傾家蕩產，貧苦農民得病後無錢治療，隻能在痛苦中死亡。新中國建立後，政府首先組織黑熱病防治隊，開展防治工作。山東新華製藥廠接受了試製生產治療黑熱病的藥物葡萄糖酸銻鈉的任務，在儀器設備不全、試驗條件很差的情況下，千方百計克服困難，反複研究試製，於一九五○年四月生產出第一批產品，取名"斯銻黑克"，臨床應用療效好，毒副作用很小，治愈率達98.6%以上，而且價格便宜，治療一個病人隻需相當於10斤小米的藥費。這種藥很快投入大批量生產。同時，上海藥品一廠和河南省製藥廠也試製生產了這種藥物，供應當地病區。
東北製藥廠在建廠初期招聘了一批科技人員，成立化學合成藥研究室，開始了磺胺藥、合（氯）黴素、維生素C、鹽酸氯胍的研究。一九五一年，試製成功第一種國產化學合成抗瘧藥百樂君（鹽酸氯胍），在六分廠投入生產。
磺胺藥是治療細菌感染的重要藥物，療效可靠，抗菌譜廣，價格低廉，而且不需以糧食做原料。因此被列為我國醫藥工業發展的重點，上海、沈陽都投入了一定的技術力量進行研究。一九五○年，當時常用的磺胺藥品磺胺噻唑投入生產，以後又有磺胺脒、磺胺嘧啶等品種試製成功。為了給發展磺胺藥提供原料，東北製藥廠還試製生產了氯磺酸。
西南製藥廠建立後，聘請藥物化學家鄭壽為特約研究員，主持科研工作。根據當時四川省防治鉤蟲病的要求，及時試製成功驅鉤蟲的有效藥物四氯乙烯，先後共生產了1,300多噸，滿足了需要。
大同麻黃素廠恢複麻黃素粗品生產後，在北京、天津等兄弟廠的幫助下，經過一年多試驗，鹽酸麻黃素精品於一九五○年投入批量生產，赤峰麻黃素廠一九五一年也開始生產麻黃素，不僅保證了國內需要，而且逐步轉為大量出口。
到一九五二年，我國已能生產各類化學原料藥90多個品種；抗生素、磺胺藥、地方病藥等6大類化學原料藥產量達到88噸；醫藥工業總產值達到2.78億元（按一九五二年不變價）。
三、扶植私營藥廠發展生產
解放初期，私營藥廠在醫藥工業中占有較大的比重，國家對私營藥廠采取了積極扶植的措施，幫助它們克服困難，恢複生產。通過擴大收購和增加軍需訂貨的辦法，使私營藥廠克服了因銷路不暢而造成的資金周轉不靈；組織私營藥廠參加物資交流會，活躍城鄉交流，疏通渠道；發放工業貸款，有重點地幫助解決資金來源；組織私方人員到內地省、區參觀，幫助開辟新的市場；針對當時製藥原料來源不足，價格波動的問題，政府迅速加強了市場管理，穩定原料藥價格，並通過各種渠道組織進口原料藥，使私營藥廠能夠維持正常生產；幫助有條件的私營藥廠生產原料藥，從技術指導、虧損補貼和產品收購等方麵加以支持。以上措施，不但使原有私營藥廠恢複和發展了生產，並有一批新的私營藥廠開業。到一九五二年底，私營藥廠已增加到278戶，職工達到1萬1千多人，產值占全國醫藥工業總產值的50.4%。其中有6戶實現了公私合營。
四、生產抗美援朝急需的藥品
一九五○年，醫藥工業戰線的廣大職工積極投入了抗美援朝、保家衛國的運動，武漢、南京、北京、天津、石家莊等地的國營藥廠，不分晝夜地趕製戰傷藥品和衛生材料，支援前線。東北製藥廠的職工，除加緊生產前線急需的各種藥品，同時還為誌願軍趕做"炒麵"，許多職工從生產崗位下班後，又到做"炒麵"的現場搶幹最重的活。為了適應形勢的發展，東北製藥廠將部分車間和研究室遷往黑龍江省白城子（後劃歸吉林省）建廠生產。廣大職工以最快的速度拆卸機器設備，裝箱發運。押運列車是非常艱苦的工作，每趟都要在冰冷的貨車箱裏呆幾天，有時吃不上飯、喝不上水，但押運人員堅守崗位，克服困難，圓滿完成了任務。在白城縣建廠過程中，職工們冒著攝氏零下30多度的嚴寒，修建廠房、安裝設備，僅用一個多月，就建起了麻醉藥品車間、磺胺車間和研究室，使東北製藥廠第五分廠及時投入了生產。東北製藥廠還試製生產了滴滴涕、六六六、清水龍等一批殺蟲藥、殺鼠藥和飲水消毒劑。武漢中南軍區製藥廠（現武漢製藥廠）也及時趕製了滅虱粉。各藥廠生產的救急包和戰傷藥品源源運往前線。
在抗美援朝中，各製藥廠的廣大職工積極開展了愛國主義生產競賽和獻工活動，努力增加生產，用增產收入購買飛機大炮支援"最可愛的人"，僅上海市製藥業就捐獻飛機6架，許多職工都踴躍捐款。
五、進行企業民主改革，加強生產管理
在恢複生產的同時，還逐步開展了企業的民主改革，加強了工廠的生產管理。解放後，各廠廢除了壓迫工人的管理製度，逐步建立新型的民主管理製度。全國製藥工業專業會議提出了"管理民主化，經營企業化"，一九五一年國營藥廠都建立了有工人代表參加的工廠管理委員會和職工代表大會製度，國營和私營藥廠普遍成立工會組織。私營藥廠經過民主改革，改變了勞資關係，廣大工人在維持工廠生產和督促資方信守訂貨合同、保證產品質量方麵，起了不小的作用。一九五○年，上海遭國民黨飛機空襲後，電力中斷，工人們主動用人力操作代替電力，堅持了生產。在工廠經濟困難的時候，工人自動提出減少工資，並將年終獎金借給企業，不使工廠倒閉。同年，天津偉迪氏藥廠發生火災後，職工自動要求停薪兩月，使該廠迅速恢複了生產。
在生產管理上，一九五○年國營藥廠普遍建立了原材料入庫出庫保管製度，開始實行定額管理。一九五一年開展清產核資以後，又建立了成本核算和費用稽核製度，在生產上還製訂了技術操作規程，建立原始記錄、質量檢驗和各種責任製等，使企業的經營管理逐步走上了軌道。
▓加強醫藥工業的重點建設
輕工業部醫藥工業管理局成立後，加強了全國醫藥工業的領導和統一管理，充分發揮中央和地方兩個積極性，從一九五三年開始有計劃有步驟地建設醫藥工業。根據發展國民經濟的第一個五年計劃綱要，集中主要力量建設規模較大的抗生素、磺胺藥等新廠，以解決主要藥品的自給問題；各大行政區和省市也根據本地需要新建或擴建一批藥廠；還對老廠適當投資，進行必要的改造和擴建，挖掘生產潛力。一九五六年成立化學工業部，醫藥工業劃歸化工係統。
華北製藥廠和太原磺胺廠，都是國家第一個五年計劃的重點建設項目。華北製藥廠是一個大型醫藥聯合企業，一九五三年開始籌建，由抗生素廠、澱粉分廠、玻璃分廠組成。抗生素廠和澱粉分廠分別由蘇聯保健部和食品工業部負責設計，提供成套設備。玻璃分廠由蘇聯轉包給民主德國負責設計並提供設備。設計能力為年產青黴素和鏈黴素85.6噸、葡萄糖3,362噸，澱粉1.49萬噸，以及玉米漿、玉米油和為抗生素生產配套的各種玻璃瓶。總投資7,400萬元。輕工業部和化學工業部集中了人力、物力和財力，從全國輕工、醫藥係統選調幹部和老工人支援該廠，醫藥工業管理局的主要領導幹部兼任籌備處主任和廠長，在現場指揮建設。經過充分準備，於一九五五年破土動工，一九五八年六月建成投產，形成固定資產7,200萬元，投產當年即實現利稅1.27億元，為建設投資的1.7倍。在建設過程中和建成以後，劉少奇、周恩來、朱德、鄧小平、彭真、彭德懷等黨和國家領導人；曾先後到該廠視察。
這個大型醫藥聯合企業，建設周期短、投資省、見效快，為建設醫藥企業積累了經驗。它的建成，扭轉了我國青黴素、鏈黴素長期依賴進口的局麵。二十多年來，通過選育高產優良菌種，改革生產工藝，綜合利用資源，使發酵單位和收率不斷提高，產量增加，成本降低，質量改善。到一九八三年，抗生素年產量已達1,802噸，品種增加到69種，累計上繳利稅35億多元，並向各地新建的抗生素廠輸送了大批幹部和技術工人，成為我國發展抗生素工業的重要基地。
太原磺胺廠（即現太原製藥廠）於一九五三年開始籌建，由蘇聯負責設計。第一期工程的主要生產車間和公用工程於一九五九年建成。一九五七年，鑒於磺胺藥的許多品種，在國內已有大量生產，化學工業部決定改變原設計方案，建設包括新磺胺藥、維生素、合黴素等品種的綜合性化學合成製藥企業，改由上海醫藥工業設計院設計；並作為第二期工程，列入第二個五年計劃進行建設。
隨著化學藥品產量的不斷擴大，解放初期創建的藥廠生產設備已不適應。因此，在第一個五年計劃期間，國家對這些藥廠進行了有重點、有步驟的改造和擴建。上海第三製藥廠是青黴素實驗所改建的，一九五三年投產，這是我國第一個抗生素生產廠。當時青黴素發酵車間使用的是750升發酵罐，經過幾次改造更新，到一九五四年已使用11,350升的大罐。山東新華製藥廠一九五四年建成了我國第一個自己設計和施工的大型化學合成藥非那昔丁車間。東北製藥廠新建了大型磺胺藥車間和氯磺酸車間後，又在一九五五年建成我國第一個全合成抗生素產品合黴素車間。這段時間，在老廠進行新建、擴建的車間共60多個，其中原料藥車間占70%以上。還有一部分廠重新選址建設。北京市化學製藥廠一九五五年在東郊建成新廠區。西北人民製藥廠一九五二年在西安郊區籌建新廠後，改名西安製藥廠。武漢製藥廠一九五四年在漢口新址建設了新廠。
隨著社會主義改造的逐步發展，到一九五五年底已有34家公私合營藥廠。一九五六年一月，300多家私營藥廠全部實現公私合營。上海、廣州、天津等城市陸續成立了醫藥工業公司，對全市藥廠實行統一領導和專業化管理。按照各廠的生產條件、技術力量和產品結構，進行了合理的調整和歸並，許多過去生產製劑的小廠，逐步發展成為生產原料藥的骨幹企業。上海科發藥廠（上海第四製藥廠）過去主要生產十滴水、眼藥水、咳嗽藥水，經過調整，逐步轉變成能夠生產合黴素、氯黴素、鏈黴素的原料藥廠。上海五洲製藥廠（上海第五製藥廠）由一個廠房老、工藝老、產品老、設備老的私營藥廠，逐漸改造成為生產維生素、解熱藥、抗結核藥和地方病藥的重點原料藥廠。杭州民生製藥廠（杭州第一製藥廠）由製劑廠發展成以生產植物化學藥物為主的綜合性藥廠。重慶大新製藥廠是全國最早實現公私合營的藥廠，解放前夕瀕臨倒閉，一九五一年一月實行公私合營後，經過改造、擴建，成為全國比較先進的葡萄糖生產廠。
為了適應醫藥工業建設的需要，一九五六年化學工業部以原輕工部設計公司石家莊分公司為基礎，成立了醫藥工業設計院。一九五八年遷往上海，改為上海醫藥工業設計院。
一九五三年在上海組建了醫藥機電安裝隊，先後完成上海第三製藥廠青黴素發酵罐和山東新華製藥廠非那昔丁車間全套設備的製造安裝任務。一九五五年安裝隊與東北製藥總廠工程隊合並；一九五九年，並入化學工業部第十一化工建設公司和北京化工實驗廠。擴建了與醫藥生產配套的上海玻璃廠，建設了遼陽製藥機械修造廠。
根據發展原料藥為主的方針，在三年經濟恢複時期，醫藥科研單位和有條件的藥廠積極開展了新產品的研製工作。輕工業部於一九五四年和一九五五年兩次召開"醫藥工業試驗研究會議"，製訂了全國醫藥科研規劃，對各研究單位進行分工，克服了同一個品種有幾個單位重複研究的現象，加強了技術協作和情報交流，加快了新產品的試製投產進度。一九五四年，輕工業部把東北製藥總廠研究室改為直屬的沈陽化學合成藥研究室（後改為北京醫藥工業研究設計院），將上海藥品一廠的合成藥物研究室和上海製藥三廠的青黴素實驗室合並到輕工業部上海工業試驗所。一九五七年化學工業部又將上海抗生素研究所、上海化學合成藥研究所、上海生物化學藥物研究所合並，組建了上海醫藥工業研究所，增設藥物製劑研究室，一九六一年改為上海醫藥工業研究院，成為我國醫藥工業第一個綜合性研究單位。此後，由地方領導的武漢醫藥工業研究所和天津醫藥工業研究所也相繼成立。
這些專業研究院所和廠辦研究單位，同生產單位密切配合，研製成功許多新品種。上海第三製藥廠和上海醫藥工業研究院合作，繼研製成功青黴素之後，又研製生產了金黴素、鏈黴素、四環素、土黴素等抗生素品種。沈陽合成藥物研究室和東北製藥總廠合作，研製生產了磺胺噻唑、磺胺脒等；上海合成藥研究所在雷興翰教授主持下，對磺胺藥的研究也取得成果。東北製藥總廠還研製成功全合成抗生素--合黴素和氯黴素，完成萊氏法生產維生素C的全部試驗工作，並都很快投入生產。山東新華製藥廠試製生產斯銻黑克、葡萄糖酸鈣之後，又先後試製生產了治療結核和麻風病的藥物氨硫脲，安眠藥巴比妥、苯巴比妥，解熱藥非那昔丁；利用非那昔丁廢液生產照像顯影劑米妥兒、大蘇打；試種成功絨毛茴蒿，提煉驅蟲藥山道年。西南製藥廠在地方病藥的研究中，先後研製成功四氯乙烯、溴萘酚、環氯胍（新百樂君）等多種產品。南京製藥廠研製生產了治療血絲蟲病的藥物海群生。北京製藥廠、上海信誼製藥廠研製生產了抗結核病的藥物異煙肼等。天津製藥廠一九五五年試製成功人工合成牛黃，投入大批量生產，解決了貴重藥材天然牛黃的緊缺問題，為發展傳統醫藥開辟了新的途徑。
醫藥工業和化工生產中不可缺少的防腐蝕設備搪玻璃罐，過去一直依賴進口。山東新華製藥廠從一九五一年開始研究，進行了200多次試驗，一九五三年十二月燒製成功100升搪玻璃罐。以後繼續進行放大試製，到一九五七年，已能燒製1,000-6,000升的大型搪玻璃罐以及與搪玻璃反應罐配套的搪玻璃攪拌器、冷凝器和各種閥門、塔節等。在此基礎上，遼陽製藥機械修造廠建設了搪玻璃車間。
到一九五七年底，我國醫藥工業已初具規模，共有國營藥廠43個，公私合營藥廠138個；六大類化學原料藥總產量達到2,196噸，比一九五二年增長23.9倍；針劑產量7.3億支，片劑產量272億片，分別比一九五二年增長2.65倍和4.55倍；總產值15.33億元（按一九五二年不變價），比一九五二年增長3.29倍，平均每年增長26.9%。
一九五八年，醫藥工業開始執行第二個五年計劃。以生產青黴素、金黴素、維生素B12等產品為主的四川抗菌素廠動工興建。一九五九年三月，太原製藥廠第二期工程開始施工，一九六○年建成。各地還根據需要重點建設了一批中、小型藥廠，其中有上海第二製藥廠、武漢抗菌素廠、福州抗菌素廠；河南省製藥廠建設了新廠區（後改名開封製藥廠）；少數民族地區的新疆製藥廠、延吉製藥廠，也在這個時期建成。
許多藥廠都組織了新產品研製小組。一些生產製劑的小廠開始研究生產原料藥。專業科研單位與生產單位、大專院校相結合，試製成功了一些技術難度較大的產品，如上海通用藥廠、華聯藥廠等在上海醫藥工業研究所配合下，試製成功了我國第一個甾體激素產品黃體酮。這時期還研製成功抗生素、新磺胺藥、維生素、解熱藥、抗癌藥等一批新品種。此外，還研製生產了多種為原料藥配套的化工產品。
在群眾性的技術革新活動中，不少產品改革了工藝，縮短了流程、提高了收率、降低了成本，特別是製劑生產開始擺脫手工操作，向機械化、半機械化邁進。中華製藥廠工人研製出具有先進水平的人丹包裝機，獲得國家發明獎，結束了半個世紀以來沿用的手工生產方式。